本发明公开了一种双堆燃料电池系统整车能量控制方法，包括：针对目标车型，在特定工况下进行纯电模式运行，得到运行状态下整车需求的功率；根据高、中、低的原则，对整车功率进行分段并确定个功率段的占比；根据整车功率确定双堆燃料电池的功率分配；根据锂电池情况对其进行分区；根据外界环境温度确定燃料电池系统是否需要启动低温起动过程；根据锂电池温度、SOC区间、整车功率需求确定燃电池系统的功率输出。本发明基于燃料电池系统控制器、锂电池控制器和整车控制器，可通过整车数据完成燃料电池系统电堆功率匹配、整车能量控制策略制定与优化，并通过锂电池运行区间划分、燃料电池怠速功率降低等，进一步保证了整车和锂电池的性能。