本发明公开了一种栅对准选区JFET注入的VDMOSFET器件及其制备方法，该方法包括：在N+衬底上外延形成N‑漂移区，在N‑漂移区上淀积SiO2层；在SiO2层上使用预设的多晶硅栅的掩膜版形成反转胶图形；刻蚀反转胶图形之间的SiO2层形成凹槽；在SiO2层上表面及凹槽中进行离子注入以在凹槽下方形成JFET区；在N‑漂移区上方依次形成SiO2栅氧化层和多晶硅栅；利用多晶硅栅进行自对准离子注入，以在JFET区两侧分别形成一个P阱，在每个P阱上表面进行离子注入及退火推结，形成N+源区；在SiO2栅氧化层和多晶硅栅上淀积形成层间介质，并在整个器件的上表面形成源极；在N+衬底背面形成漏极。本发明提高了P阱处纵向PN结的承压能力同时有效减小JFET电阻进而提高了VDMOSFET器件导通性和功率优值。