本发明公开了一种全装配后灌芯的柱式检查坑结构及施工方法，包括基础结构和若干检查坑组件，若干检查坑组件依次连接固定在基础结构上，检查坑组件包括预制底板、预制空心柱和若干预制挡土墙，在预制底板上设置有若干柱底连接槽，若干预制空心柱的一端一一对应插入柱底连接槽内，且与预制底板通过混凝土浇筑相连，若干预制挡土墙均固定安装在预制空心柱的侧壁上。本发明的有益效果是通过先预制后灌注的免模板方式进行施工，并且设计了安装允许的误差范围，降低了装配式柱式检查坑的施工精度要求，使得轨道系统施工更加方便、快捷，有效解决了传统现浇柱式检查坑湿作业量大及目前市面上装配式柱式检查坑的施工精度要求高的难题。