本发明公开了一种燃料电池热管理系统、方法、电子设备和存储介质。该系统包括：燃料电池、第一温度传感器、第一控温模块、第二控温模块、四通阀和控制器；第一温度传感器，用于采集燃料电池的出口管路的第一冷却液温度；控制器，用于获取第一温度传感器采集的第一冷却液温度，并基于第一冷却液温度和第一温度阈值，控制四通阀的第一出口、第二出口和/或第三出口的阀门开度；第一控温模块，用于基于第一出口和第二出口的阀门开度调整第一冷却液温度；和/或，第二控温模块，用于基于第三出口的阀门开度调整第一冷却液温度，从而可以在简化管路设计的同时，实现更准确的燃料电池热管理，从而降低燃料电池热管理系统的功率消耗。