本发明公开了一种适用于核动力商船驱动装置的驱动轴结构，包括输入驱动单元、输出驱动单元和多个中间驱动单元，所述多个中间驱动单元分成两组，其中一组中的中间驱动单元沿第一方向均匀间隔布置，另一组中的中间驱动单元沿第二方向均匀间隔布置，所述第一方向与所述第二方向平行且偏移设置，两组中的中间驱动单元错位分布且相邻的端部传动连接，所述输入驱动单元与一端的中间驱动单元传动连接，所述输出驱动单元与另一端的中间驱动单元传动连接。通过多个驱动单元组合，不仅可以实现长轴的驱动效果，同时由于采用了短轴形式，提高了各节驱动轴的固有频率，避免了产生颤振甚至共振的可能性，而且在驱动轴故障后维修方便且成本低。