本发明涉及细胞学技术领域，公开了一种细胞组织三维重构和细胞分析方法、装置及存储介质，本发明通过轮廓提取方法和特征提取算法对第一细胞组织切片图像进行处理，同时，通过初始仿射变换矩阵和特征提取算法对第二细胞组织切片图像进行处理。进一步，在得到的处理后的第一初始特征矩阵和第二初始特征矩阵的基础上，通过寻优算法处理可以确定出最终的目标仿射变换矩。进一步，通过目标仿射变换矩和预设处理方法对第二细胞组织切片图像进行处理，可以实现每个第一细胞组织切片图像和每个第二细胞组织切片图像的配准并得到对应的细胞组织三维重构图像，实现了三维组织层间的精确配准，实现了细胞组织的三维多组学的精准分析。