本发明公开了一种隧道内需保护原地下水系通道的结构及施工方法，涉及隧道内需要保护原地下水系通道结构施工技术领域。本发明结构包括溶洞卡口支撑结构、混凝土回填层、导水孔、大块石回填层和废旧逃生舱；采用工字钢在溶洞轮廓线处施作卡口，工字钢两端支撑锚固在完整基岩上，每榀工字钢按照一定的间距排列，将工字钢与钢板焊接成为一个整体，形成溶洞卡口支撑结构，在溶洞卡口支撑结构上浇筑混凝土回填层并预留一定数量的导水孔，接着在混凝土回填层上回填大块石，在回填大块石的过程中提前预埋废旧逃生舱，从而形成一种可以保护溶洞或溶腔中地下水系畅通的结构。本发明结构简单、受力明确，设计巧妙，能够极大程度保护原有地下水生态环境。