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公开(公告)号：CN117037907A
公开(公告)日：2023-11-10
申请号：CN202311059865.0
申请日：2023-08-22
Applicant: 上海交通大学
IPC: G16B20/30 , G16B40/00 , G16B50/10 , G06F18/241 , G06N3/045
Abstract: 本发明提供了一种肿瘤单细胞转录组测序数据细胞类型鉴定方法及系统，方法包括：向肿瘤细胞类型注释软件上传测序表达矩阵数据；设置测序表达矩阵数据类型参数和预设分值临界值；根据单细胞测序算法计算每个细胞的细胞类型和预设分值；判断每个细胞的预设分值是否高于预设分值临界值，若是，则将对应的细胞类型注释计算得到细胞类型信息，若否，则将对应的细胞类型标记为未知细胞类型；根据未知细胞类型和计算得到细胞类型信息进行汇总，得到细胞类型表格。本发明解决了现有技术中分类不准确、标准难以统一、分类成本较高的问题。
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公开(公告)号：CN113140259A
公开(公告)日：2021-07-20
申请号：CN202110532119.3
申请日：2021-05-17
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及一种基于云存储的生物医学数据分类管理控制方法，包括：S1、获取新提交的生物医学数据；S2、根据属性信息和样本名信息，判断是否存在相同的属性信息类别，若是则储存在相应的属性信息类别下，如否则增加新属性信息类别；S3、判断新属性信息类别是否存在同义属性信息类别，若是转至S4，否则转至S5；S4、发送重新选择属性信息类别的提示信息；S5、获取管理员的审核信息，判断是否通过审核，若是则进行的新类型数据的扩展和分类存储，若否则发送修改新属性信息类别并重新提交的提示信息；S6、对新提交的生物医学数据分配数据ID。与现有技术相比，本发明具有实现多元生物医学大数据的分类存储、对同义属性信息类别进行消歧等优点。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113138769A
公开(公告)日：2021-07-20
申请号：CN202110532124.4
申请日：2021-05-17
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及一种基于云存储的生物分析代码存储方法和装置，其中方法包括：当任一第一ID对应的代码被技术资料引用后，为该第一ID的属性添加第一标记信息；接收到上传的代码，解析得到该上传的代码的第一ID，判断该第一ID的属是否据具有第一标记信息，若为是，则创建新的第一ID并分配给所述上传的代码。与现有技术相比，本发明将被论文引用的代码进行锁定，后续新上传版本被重新赋予新的ID，为用户提供最接近文章结果的代码内容的下载。
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公开(公告)号：CN118969078A
公开(公告)日：2024-11-15
申请号：CN202410914627.1
申请日：2024-07-09
Applicant: 上海交通大学
IPC: G16B20/50 , G16B40/00 , G06N3/0464 , G06N3/042 , G06N3/084
Abstract: 本发明涉及一种基于图神经网络的空间组学肿瘤进化预测方法及系统，其中方法包括：获取不同类型的空间转录组数据并进行预处理和归一化；根据基因组位置为基因表达计数数据添加注释并排序，进而对基因进行分组；构建空间邻居图，计算空间统计；基于邻接矩阵构建空间邻居图，对图神经网络进行训练；识别可信的二倍体基本单元，并估计拷贝数；在空间邻居图中加入估计的拷贝数，重新训练图神经网络模型，得到潜在嵌入；根据估计的拷贝数，运用分割算法确定断点，获得每个基本单元和空间克隆的拷贝数轮廓；利用潜在嵌入进行下游任务分析，并扩展到不同空间组学样本进行比较分析。与现有技术相比，本发明具有肿瘤进化模式预测准确、分析效率高等优点。
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公开(公告)号：CN118780370A
公开(公告)日：2024-10-15
申请号：CN202410929436.2
申请日：2024-07-11
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及一种基于智能进化的自主知识挖掘方法、系统及介质，其中方法包括：获取用户提供的数据；调用知识大模型，对数据元信息进行解析；根据解析得到的数据元信息结合知识大模型进行自主推理，生成问题；若判断出需要额外数据，则将额外数据合并入输入数据；基于知识大模型对生成的问题和数据元信息进行数据分析；利用多模态大语言模型对自动分析的多种形式的结果进行解析，生成统一文本总结结果，并判断问题是否解决，如果解决则输出解析的结果，否则生成新问题，进入下一轮知识挖掘；根据问题重复度判断是否结束知识挖掘，并进行问题进化。与现有技术相比，本发明具有无需人工参与、挖掘结果准确有效等优点。
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公开(公告)号：CN113157291B
公开(公告)日：2024-04-02
申请号：CN202110559098.4
申请日：2021-05-21
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及一种基于云存储的生物分析软件管理方法及系统，其中方法包括：步骤S1：显示平台存储的软件信息，其中，软件信息包括软件ID、软件名称和版本号；步骤S2：判断是否收到确认信号，若为是，则执行步骤S4，反之，则执行步骤S3；步骤S3：接收上传的软件，分配软件ID并创建软件信息，返回步骤S2；步骤S4：根据输入信号基于平台存储的软件搭建工作流程；步骤S5：接收工作流程执行信号，并判断是否需要在线运行，若为是，则在线运行并返回运行结果，反之，则提供工作流程所调用的软件的下载。与现有技术相比，本发明具有提高工作流程运行的便捷性和可靠性等优点。
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公开(公告)号：CN113223621B
公开(公告)日：2023-10-31
申请号：CN202110532117.4
申请日：2021-05-17
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明涉及一种用于生物医学的全链条数据分析系统，包括与个人中心模块分别连接的用户管理系统、仓储管理系统和在线分析系统，仓储管理系统包括代码仓储模块、软件仓储模块和数据仓储模块，在线分析系统设有工作流应用发布子系统，调用代码仓储模块和软件仓储模块中的代码和软件，对数据仓储模块中储存的数据或接收到的在线上传的数据进行分析，并输出分析结果。与现有技术相比，本发明具有分析环节的纵向覆盖度广、分析对象的横向覆盖度广、开发复杂度低、良好的可扩展性以及可在线运行等优点。
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