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公开(公告)号：CN101307306A
公开(公告)日：2008-11-19
申请号：CN200810039604.1
申请日：2008-06-26
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N9/00 , C12Q1/25 , A61K31/53 , A61K31/4155 , A61P31/06
Abstract: 本发明属于医药技术领域，具体为一个可用于筛选抗结核药物的靶点蛋白。该靶点蛋白是结核杆菌H37Rv来源的吲哚－3－甘油磷酸合成酶IGPS。其抑制剂化合物I(N－苯基－6－哌啶基－N′－奎宁－8－并哒嗪－1，3，5－三嗪－2，4－二胺)和化合物II(5－[3－(3，5－二甲基－1－氢－吡唑)－2－羟基－丙氧基]－2－甲基－1－(p－苯甲基)吲哚－3－羧酸)在对结核杆菌生长的体外抑制试验中，能够显著的抑制结核杆菌的生长。其中，化合物I对结核杆菌H37Ra的最小抑菌浓度为0.625μg/ml；化合物II对结核杆菌H37Ra的最小抑菌浓度为0.2μg/ml；化合物I和化合物II对标准有毒株H37Rv的最小抑菌浓度都为0.1μg/ml；化合物I和化合物II对结核杆菌临床耐药菌株的最小抑菌浓度都为0.1μg/ml。
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公开(公告)号：CN115894710B
公开(公告)日：2023-09-15
申请号：CN202211075360.9
申请日：2022-09-04
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于蛋白质工程技术领域，具体为一种靶向SARS‑CoV‑2刺突S蛋白的纳米抗体同源三聚体及其获得方法和应用。本发明设计的纳米抗体三聚体是将靶向SARS‑CoV‑2的S蛋白的纳米抗体Nb6用18个氨基酸长的肽段连接在具有自组装能力的15型胶原蛋白三聚化结构域上而得，称之为Tribody。用分子动力学模拟技术评估Tribody，表明其三聚化结构域异常稳定；用生物膜层干涉实验检测Tribody与S蛋白的结合亲和性，结果说明三聚体与S蛋白的结合亲和性很高；采用假病毒中和实验检测三聚体的SARS‑CoV‑2中和能力，结果表明Tribody具有很强的病毒中和能力。故本发明的高亲和性纳米抗体三聚体具有开发成抗SARS‑CoV‑2的中和抗体药物的巨大潜力和应用价值。
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公开(公告)号：CN114990123B
公开(公告)日：2023-09-01
申请号：CN202210626699.7
申请日：2021-04-13
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53 , G16C10/00
Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明对之前已发现的TTX适配体AI‑57（平衡解离常数为28.34 nM）进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。该适配体的亲和力高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体AI‑52用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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公开(公告)号：CN113129996A
公开(公告)日：2021-07-16
申请号：CN202110304532.4
申请日：2021-03-22
Applicant: 复旦大学
IPC: G16B5/00 , G16B35/00 , G16B50/00 , G16C10/00 , C12N15/115
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于分子动力学模拟的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导核酸适配体序列的截短优化。本发明已用于特异结合毒素TTX的核酸适配体TTX‑27的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为90.73nM。通过优化得到TTX‑27的一个截短型核酸适配体(TTX‑D2)，适配体序列截去13个碱基，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了2倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110767262B
公开(公告)日：2021-02-26
申请号：CN201910879727.4
申请日：2019-09-18
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于结构的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导高亲和力核酸适配体的优化设计；进而采用核酸适配体表面结合能的能貌图评估设计方案。本发明已用于特异结合毒素GTX1/4的核酸适配体GO18‑T‑d的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为75.63 nM。通过优化得到GO18‑T‑d的一个截短型核酸适配体(GO18‑T‑d_S)，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了20倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN110718265B
公开(公告)日：2021-02-26
申请号：CN201910835138.6
申请日：2019-09-05
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核苷酸三级结构预测技术领域，具体为一种靶向生物毒素的G‑四联体式核酸适配体三级结构预测方法。本发明方法包括：G‑四联体二级结构预测；G‑四联体三级拓扑构型预测；核酸适配体末端补全和结构优化；温度依赖型分子动力学模拟（包括两个过程：恒温分子动力学模拟和升温分子动力学模拟）；采用RMSD分析方法获得最稳定核酸三级结构模型。本发明方法已用于预测靶向膝沟藻毒素的特异性核酸适配体序列GO18‑T‑d的三级结构，该序列为已知的通过指数富集配基进化技术筛选得到G‑四联体式适配体序列，通过圆二色谱实验检测到其G‑四联体构型为平行式G‑四联体构型，预测结果与圆二色谱实验检测结果完全吻合，证明本预测方法具有良好的准确性。
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公开(公告)号：CN112210587A
公开(公告)日：2021-01-12
申请号：CN202010924315.0
申请日：2020-09-04
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6811 , C12N15/115
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于单核苷酸分子对接的核酸适配体设计方法。本发明从靶标小分子的实验结构出发，通过水合对接获得结合在靶标小分子周围的核苷酸位置；随后将离散的核苷酸组装为完整的核酸适配体；最后采用MST实验检测所设计核酸适配体与靶标小分子的结合能力。本发明已用于毒素小分子冈田酸(OA)的核酸适配体设计中；该毒素是一种分布广泛的海洋生物毒素，会导致腹泻型贝类中毒，因此检测海产品中的OA对于食品安全具有重要意义。通过计算方法设计得到靶向OA的核酸适配体OA‑D1，MST实验验证该核酸适配体与OA的平衡解离常数为75.6 nM；说明该计算设计方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN110767262A
公开(公告)日：2020-02-07
申请号：CN201910879727.4
申请日：2019-09-18
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于结构的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导高亲和力核酸适配体的优化设计；进而采用核酸适配体表面结合能的能貌图评估设计方案。本发明已用于特异结合毒素GTX1/4的核酸适配体GO18-T-d的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为75.63 nM。通过优化得到GO18-T-d的一个截短型核酸适配体(GO18-T-d_S)，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了20倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN110718265A
公开(公告)日：2020-01-21
申请号：CN201910835138.6
申请日：2019-09-05
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核苷酸三级结构预测技术领域，具体为一种靶向生物毒素的G-四联体式核酸适配体三级结构预测方法。本发明方法包括：G-四联体二级结构预测；G-四联体三级拓扑构型预测；核酸适配体末端补全和结构优化；温度依赖型分子动力学模拟（包括两个过程：恒温分子动力学模拟和升温分子动力学模拟）；采用RMSD分析方法获得最稳定核酸三级结构模型。本发明方法已用于预测靶向膝沟藻毒素的特异性核酸适配体序列GO18-T-d的三级结构，该序列为已知的通过指数富集配基进化技术筛选得到G-四联体式适配体序列，通过圆二色谱实验检测到其G-四联体构型为平行式G-四联体构型，预测结果与圆二色谱实验检测结果完全吻合，证明本预测方法具有良好的准确性。
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