公开(公告)号：CN110491445B

公开(公告)日：2023-05-30

申请号：CN201810450617.1

申请日：2018-05-11

申请人： 广州华大基因医学检验所有限公司 ,  深圳华大医学检验实验室 ,  深圳华大基因股份有限公司 ,  天津华大医学检验所有限公司

发明人： 刘继龙 ,  刘足 ,  叶明芝 ,  程少敏 ,  谭美华

IPC分类号： G16B20/20 ,  G16B20/30

摘要： 本申请公开了一种UID测序、UID序列设计、UID去重质量值校正方法及应用。本申请方法包括UID序列设计和UID去重质量值校正步骤；UID序列设计包括预先为待测样本添加较长UID；统计常规去重的重复序列组中的序列总数；再UID去重，统计重复序列组中的UID组数；拟合序列总数和对应UID组数；根据需要数据量，从拟合函数中获得预期UID组数；利用R语言编程，模拟UID长度n取不同值时，UID添加到所有预期UID组数中，并确保所有组都连接不同UID概率95％或以上的最小n值，即最佳UID长度。本申请可动态设计UID长度，能在满足UID随机性前提下更少占用测序数据量；质量值校正，可根据质量值的提升能体现UID测序的精确性；运用到变异检测算法中，能支撑更低频变异检出。

公开(公告)号：CN110660451B

公开(公告)日：2023-04-28

申请号：CN201810607450.5

申请日：2018-06-13

申请人： 广州华大基因医学检验所有限公司 ,  深圳华大医学检验实验室 ,  深圳华大基因股份有限公司

发明人： 刘继龙 ,  刘足 ,  谭美华 ,  叶明芝 ,  茅矛

IPC分类号： G16B30/00

摘要： 本发明涉及基因检测领域，具体涉及一种确定生物样本中是否存在融合基因的方法及系统和应用。确定生物样本中是否存在融合基因的方法，包括：将来源于所述生物样本的全基因组至少一部分的测序序列与所述生物样本的参照序列分别进行第一比对处理和第二比对处理，其中在所述第一比对处理中，使所述测序序列与所述参照序列强制左端匹配，在所述第二比对处理中，使所述测序序列与所述参照序列强制右端匹配；基于所述第一比对处理和所述第二比对处理的结果，确定生物样本中是否存在融合基因。并提供了相应的设备和计算机可读存储介质。本发明方法对于融合支持序列的识别能力更强，且可排除单端信号引入的错误信息，判定结果更加准确，检测限更低。

公开(公告)号：CN110791813B

公开(公告)日：2023-06-16

申请号：CN201810864455.6

申请日：2018-08-01

申请人： 广州华大基因医学检验所有限公司 ,  深圳华大基因股份有限公司 ,  深圳华大医学检验实验室

发明人： 王晶晶 ,  刘继龙 ,  宋炎 ,  刘磊 ,  叶明芝 ,  谭美华

IPC分类号： C40B50/06 ,  C12Q1/6858

摘要： 对单链DNA进行处理的方法及应用，本发明涉及基因测序领域，具体涉及一种基于单链DNA构建文库的方法。所述方法包括：在所述单链DNA的3’末端连接第一接头，所述第一接头上连接有结合剂，所述第一接头包括两条部分互补的链，所述两条部分互补的链分别为第一条链和第二条链，其中，所述第二条链比所述第一条链多5～10个碱基；利用吸附剂对经过所述第一接头连接的单链DNA进行吸附，以便去除掉所述第二条链，从而获得含有所述单链DNA的双链DNA。通过本发明的方法构建基因文库，分子利用率高，建库用到的样本起始量低，而且最低检出限更低。

公开(公告)号：CN112881692B

公开(公告)日：2022-11-22

申请号：CN202110021899.5

申请日：2021-01-08

申请人： 深圳华大基因股份有限公司 ,  深圳华大医学检验实验室 ,  广州华大基因医学检验所有限公司

发明人： 曾柳红 ,  唐美芳 ,  叶明芝

IPC分类号： G01N33/574 ,  G01N33/68 ,  G01N30/72 ,  G01N30/34 ,  G01N30/06

摘要： 本发明公开了一种用于结直肠癌及腺瘤早期筛查的蛋白定量检测方法。本发明采用label‑free质谱的技术对结直肠癌及其腺瘤组织进行大规模蛋白组的鉴定及定量，筛选出32个蛋白标志物，特别是其中3个蛋白即TFR1、SAHH及HV307，在结直肠癌及腺瘤的组织、血浆不同样本类型中均检出一致，且与对照组具显著表达差异，ROC曲线AUC面积最高达1。本发明筛选的蛋白标志物在结直肠癌及其癌前病变腺瘤的早期筛查性能优于传统蛋白肿瘤标志物。本发明采用MRM质谱技术对测试血浆样本进行靶蛋白鉴定及定量，取代了传统ELISA技术，不依赖于抗体，基于物理的质谱信号，灵敏度高、重现性好、准确度高、通量高。

公开(公告)号：CN108251502B

公开(公告)日：2021-12-24

申请号：CN201711446648.1

申请日：2017-12-27

申请人： 深圳华大基因股份有限公司 ,  广州华大基因医学检验所有限公司 ,  天津华大医学检验所有限公司 ,  华大生物科技(武汉)有限公司

发明人： 宋炎 ,  刘磊 ,  叶明芝 ,  王晶晶 ,  刘继龙 ,  谭美华 ,  茅矛

IPC分类号： C12Q1/6806

摘要： 本申请公开了一种外周血游离肿瘤DNA的富集方法、试剂盒及其应用。本申请的富集方法，包括采用PAP探针对cfDNA文库进行肿瘤DNA片段捕获，并以PAP探针为引物，以捕获的肿瘤DNA片段为模板，进行扩增；PAP探针从5’端到3’端由通用引物序列和特异识别序列组成，特异识别序列3’端包括至少30bp的与肿瘤DNA片段杂交互补的序列，PAP探针3’末端为双脱氧核苷酸。本申请的富集方法，通过PAP探针对靶标肿瘤DNA片段进行捕获，并利用PAP探针进行延伸；特异性好，捕获效率高；保证了富集产物的纯度，为后续的测序提供了保障。本申请的富集方法，为cfDNA的临床检测提供了一种新的游离肿瘤DNA富集方案。

公开(公告)号：CN108823296B

公开(公告)日：2021-12-21

申请号：CN201710312512.5

申请日：2017-05-05

申请人： 深圳华大基因股份有限公司 ,  天津华大医学检验所有限公司 ,  广州华大基因医学检验所有限公司

发明人： 陈冬菊 ,  李红梅 ,  董燕 ,  吴海燕 ,  马媛 ,  马俊平 ,  叶明芝 ,  朱红梅

IPC分类号： C12Q1/6869

摘要： 本申请公开了一种检测核酸样本污染的方法、试剂盒及应用。本申请检测核酸样本污染的方法，包括采用SNP检测引物对待测核酸样本进行PCR扩增，分析待测核酸样本的单核苷酸多态性，根据单核苷酸多态性分析结果判断待测核酸样本是否存在不同个体来源的核酸污染；SNP检测引物由至少14个SNP位点的分析引物对组成。本申请检测待测核酸样本污染的方法，创造性的利用每个个体SNP的特异性，将其作为待测核酸样本的特异识别信息，如果检测出的待测核酸样本的SNP信息与其自身的SNP信息相符，则判断该待测核酸样本没有污染，如果不符则判断该待测核酸样本存在污染。本申请的检测方法能准确判断待测核酸样本是否存在污染。

公开(公告)号：CN110225979A

公开(公告)日：2019-09-10

申请号：CN201780083044.7

申请日：2017-05-23

申请人： 深圳华大基因股份有限公司 ,  天津华大医学检验所有限公司 ,  广州华大基因医学检验所有限公司

发明人： 刘军 ,  安德烈·阿莱克谢耶夫 ,  王玉秋 ,  叶明芝 ,  茅矛

IPC分类号： C12Q1/6844 ,  C12Q1/6869

摘要： 本发明提出了一种基因组目标区域富集方法。该方法包括：(1)将DNA片段样本进行环化处理；(2)将环化处理产物与目标区域特异性引物或目标区域特异性探针结合；以及(3)将结合有目标区域特异性引物或目标区域特异性探针的环化处理产物进行滚环扩增。

公开(公告)号：CN108103159A

公开(公告)日：2018-06-01

申请号：CN201611032170.3

申请日：2016-11-22

申请人： 天津华大医学检验所有限公司 ,  深圳华大基因股份有限公司 ,  广州华大基因医学检验所有限公司

发明人： 刘磊 ,  宋炎 ,  张乐橦 ,  刘军 ,  朱红梅 ,  叶明芝

IPC分类号： C12Q1/6858

摘要： 本发明公开了一种高特异性的碱基突变多重PCR检测方法，包括：在无3’‑5’外切酶活性且有焦磷酸解活性的DNA聚合酶的作用下，在焦磷酸盐存在的环境下，使用多对修饰引物进行PCR扩增，修饰引物的上下游引物的3’末端均是双脱氧核苷酸，该3’末端与待检测突变型模板上下游序列互补，DNA聚合酶依赖模板而焦磷酸解所述修饰引物的3’末端与模板互补的双脱氧核苷酸，多对引物特异性结合模板并正常延伸，实现多重PCR扩增。本发明解决了多重PCR非特异性条带干扰和引物二聚体的问题，提高检测特异性和灵敏度，增加体系对引物的容量；可针对肿瘤患者或健康人采集的体液DNA进行检测。

公开(公告)号：CN108823296A

公开(公告)日：2018-11-16

申请号：CN201710312512.5

申请日：2017-05-05

申请人： 深圳华大基因股份有限公司 ,  天津华大医学检验所有限公司 ,  广州华大基因医学检验所有限公司

发明人： 陈冬菊 ,  李红梅 ,  董燕 ,  吴海燕 ,  马媛 ,  马俊平 ,  叶明芝 ,  朱红梅

IPC分类号： C12Q1/6869

摘要： 本申请公开了一种检测核酸样本污染的方法、试剂盒及应用。本申请检测核酸样本污染的方法，包括采用SNP检测引物对待测核酸样本进行PCR扩增，分析待测核酸样本的单核苷酸多态性，根据单核苷酸多态性分析结果判断待测核酸样本是否存在不同个体来源的核酸污染；SNP检测引物由至少14个SNP位点的分析引物对组成。本申请检测待测核酸样本污染的方法，创造性的利用每个个体SNP的特异性，将其作为待测核酸样本的特异识别信息，如果检测出的待测核酸样本的SNP信息与其自身的SNP信息相符，则判断该待测核酸样本没有污染，如果不符则判断该待测核酸样本存在污染。本申请的检测方法能准确判断待测核酸样本是否存在污染。

公开(公告)号：CN108251502A

公开(公告)日：2018-07-06

申请号：CN201711446648.1

申请日：2017-12-27

申请人： 深圳华大基因股份有限公司 ,  广州华大基因医学检验所有限公司 ,  天津华大医学检验所有限公司 ,  华大生物科技(武汉)有限公司

发明人： 宋炎 ,  刘磊 ,  叶明芝 ,  王晶晶 ,  刘继龙 ,  谭美华 ,  茅矛

IPC分类号： C12Q1/6806

摘要： 本申请公开了一种外周血游离肿瘤DNA的富集方法、试剂盒及其应用。本申请的富集方法，包括采用PAP探针对cfDNA文库进行肿瘤DNA片段捕获，并以PAP探针为引物，以捕获的肿瘤DNA片段为模板，进行扩增；PAP探针从5’端到3’端由通用引物序列和特异识别序列组成，特异识别序列3’端包括至少30bp的与肿瘤DNA片段杂交互补的序列，PAP探针3’末端为双脱氧核苷酸。本申请的富集方法，通过PAP探针对靶标肿瘤DNA片段进行捕获，并利用PAP探针进行延伸；特异性好，捕获效率高；保证了富集产物的纯度，为后续的测序提供了保障。本申请的富集方法，为cfDNA的临床检测提供了一种新的游离肿瘤DNA富集方案。