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公开(公告)号：CN116959570A
公开(公告)日：2023-10-27
申请号：CN202310873519.X
申请日：2023-07-17
申请人： 扬州大学 , 中垦种业股份有限公司
摘要： 本发明属于育种技术领域，涉及一种代谢标志物辅助的全基因组预测方法及其应用，获取亲本自交系的SNP、代谢物以及表型数据，进行代谢组关联分析，挖掘产量相关性状的代谢标志物，构建代谢标志物辅助的全基因组预测模型，并对表型未知的杂交种进行表型预测，根据表型预测结果选择具有高产潜力的候选杂交组合。本发明可以提高GS模型对玉米杂种表型的预测准确度，进而能够更精准地筛选出具有高产潜力的候选杂交组合，为进一步提高作物产量做出贡献。
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公开(公告)号：CN116863998B
公开(公告)日：2024-04-05
申请号：CN202310741264.1
申请日：2023-06-21
申请人： 扬州大学
摘要： 本发明属于生物信息领域，涉及一种基于遗传算法的全基因组预测方法及其应用，采用基因组最佳线性无偏估计模型来预测个体的育种值，包括以下步骤：获取待预测作物的分子标记；从中重复地随机选择一定比例的分子标记子集供遗传算法初始化，并构建基因组预测模型，计算不同分子标记子集的适合度，保留适合度较高的分子标记子集，将保留的分子标记子集以一定的比率进行突变、配对、交叉互换，产生新的分子标记子集；再次计算不同分子标记子集的适合度函数，保留适合度较高的分子标记子集，直到达到最大迭代次数或者收敛，得到最终的分子标记子集并构建基因组最佳线性无偏估计模型用于全基因组预测。本发明方法可用于提高杂交种全基因组选择的准确性，可以为杂交种的精准选育提供重要的技术支撑。
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公开(公告)号：CN117987588A
公开(公告)日：2024-05-07
申请号：CN202410124686.9
申请日：2024-01-30
申请人： 扬州大学
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12Q1/6874 , G16B20/20 , G06Q50/02
摘要： 本发明涉及生物信息学和基因组育种领域，涉及一种玉米全基因组选择的液相育种芯片及应用，所述玉米全基因组选择的液相育种芯片用于玉米品种选育，所述SNP位点包括SNP0001～SNP5851，芯片中包含经GWAS鉴定的多个性状关联位点及重要结构变异，分布在全基因组范围，在选育阶段，可利用芯片中的功能位点，对玉米自交系进行初步鉴定，提高基因组选择效率。
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公开(公告)号：CN114606335A
公开(公告)日：2022-06-10
申请号：CN202210282536.1
申请日：2022-03-22
申请人： 扬州大学
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
摘要： 本发明公开了玉米抗甘蔗花叶病毒病基因的KASP分子标记的开发及应用，属于生物技术领域。它包括检测待测玉米的基因型，根据待测玉米的基因型鉴定或辅助鉴定玉米抗甘蔗花叶病毒病；所述基因型为玉米基因组中KASP_scmv位点的基因型；所述KASP_scmv位点是玉米基因组中的一个InDel位点。本发明中分子标记是与玉米抗甘蔗花叶病毒病基因SCMV2紧密连锁的KASP标记KASP_scmv，该标记基于KASP技术开发，可高通量检测玉米基因组3号染色体的第129376861位碱基，本发明应用KASP技术对玉米抗甘蔗花叶病毒病基因SCMV2进行基因型鉴定，具有操作简便、成本低廉、检测周期短、标记稳定、绿色环保等优点，可精准检测玉米抗甘蔗花叶病毒病基因SCMV2，对促进玉米抗甘蔗花叶病毒病育种具有重要意义。
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公开(公告)号：CN113528696A
公开(公告)日：2021-10-22
申请号：CN202110703223.4
申请日：2021-06-24
申请人： 扬州大学
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了玉米糯性基因的KASP分子标记的开发方法及应用，属于生物技术领域。它包括KASP通过荧光探针特异性识别基因位点达到基因分型的效果，可用于检测SNP位点和InDel位点。与SSR、RFLP、InDel等分子标记相比，KASP标记具有检测快速，成本低，易于规模化应用等特点，KASP标记不需要根据DNA片段大小进行分型，能够摆脱传统凝胶电泳这种步骤相对繁琐，低通量，价格又较贵的检测方法，更加适用于现阶段飞速发展的高通量分子检测平台。因此，开发低成本、适合于高通量分子检测平台的玉米糯性基因KASP分子标记对于推广普及分子标记技术的应用、提高我国糯玉米的育种效率和育种水平具有重要意义。
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公开(公告)号：CN116863998A
公开(公告)日：2023-10-10
申请号：CN202310741264.1
申请日：2023-06-21
申请人： 扬州大学
摘要： 本发明属于生物信息领域，涉及一种基于遗传算法的全基因组预测方法及其应用，采用基因组最佳线性无偏估计模型来预测个体的育种值，包括以下步骤：获取待预测作物的分子标记；从中重复地随机选择一定比例的分子标记子集供遗传算法初始化，并构建基因组预测模型，计算不同分子标记子集的适合度，保留适合度较高的分子标记子集，将保留的分子标记子集以一定的比率进行突变、配对、交叉互换，产生新的分子标记子集；再次计算不同分子标记子集的适合度函数，保留适合度较高的分子标记子集，直到达到最大迭代次数或者收敛，得到最终的分子标记子集并构建基因组最佳线性无偏估计模型用于全基因组预测。本发明方法可用于提高杂交种全基因组选择的准确性，可以为杂交种的精准选育提供重要的技术支撑。
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公开(公告)号：CN116574840A
公开(公告)日：2023-08-11
申请号：CN202310758749.1
申请日：2023-06-26
申请人： 扬州大学
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了一种玉米耐旱基因位点的开发方法及应用，属于基因组序列及植物生物技术领域。它包括检测待测玉米的基因型，根据基因型结果鉴定或辅助鉴定耐旱；ZmReDroSNP0201492位点是玉米基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为A或T，为序列表中SEQ ID No.1的第71位核苷酸；ZmReDroSNP1038761位点是玉米基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为G或C，为序列表中SEQ ID No.2的第71位核苷酸。本发明开发了新的玉米耐旱基因位点，并利用KASP分型技术对耐旱基因位点进行快速基因分型，可用于玉米分子标记辅助育种。分子标记辅助玉米进行耐旱性选育，选择效率高、周期短，可在苗期进行定向基因型选择，淘汰大量不耐旱的材料，降低育种成本，提高育种效率。
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公开(公告)号：CN114606336A
公开(公告)日：2022-06-10
申请号：CN202210282537.6
申请日：2022-03-22
申请人： 扬州大学
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了玉米糯性基因的KASP分子标记的开发方法及应用，属于生物技术领域。它包括KASP通过荧光探针特异性识别基因位点达到基因分型的效果，可用于检测SNP位点和InDel位点。与SSR、RFLP、InDel等分子标记相比，KASP标记具有检测快速，成本低，易于规模化应用等特点，KASP标记不需要根据DNA片段大小进行分型，能够摆脱传统凝胶电泳这种步骤相对繁琐，低通量，价格又较贵的检测方法，更加适用于现阶段飞速发展的高通量分子检测平台。因此，开发低成本、适合于高通量分子检测平台的玉米糯性基因KASP分子标记对于推广普及分子标记技术的应用、提高我国糯玉米的育种效率和育种水平具有重要意义。
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公开(公告)号：CN113373256A
公开(公告)日：2021-09-10
申请号：CN202110690760.X
申请日：2021-06-22
申请人： 扬州大学
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
摘要： 本发明公开了玉米抗甘蔗花叶病毒病基因的KASP分子标记的开发及应用，属于生物技术领域。它包括检测待测玉米的基因型，根据待测玉米的基因型鉴定或辅助鉴定玉米抗甘蔗花叶病毒病；所述基因型为玉米基因组中KASP_scmv位点的基因型；所述KASP_scmv位点是玉米基因组中的一个InDel位点。本发明中分子标记是与玉米抗甘蔗花叶病毒病基因SCMV2紧密连锁的KASP标记KASP_scmv，该标记基于KASP技术开发，可高通量检测玉米基因组3号染色体的第129376861位碱基，本发明应用KASP技术对玉米抗甘蔗花叶病毒病基因SCMV2进行基因型鉴定，具有操作简便、成本低廉、检测周期短、标记稳定、绿色环保等优点，可精准检测玉米抗甘蔗花叶病毒病基因SCMV2，对促进玉米抗甘蔗花叶病毒病育种具有重要意义。
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公开(公告)号：CN113053459A
公开(公告)日：2021-06-29
申请号：CN202110285285.8
申请日：2021-03-17
申请人： 扬州大学
摘要： 本发明涉及植物杂交种预测方法技术领域内一种基于贝叶斯模型整合亲本表型的杂交种预测方法，首先对亲本材料进行基因分型和田间表型鉴定，并由亲本基因型推断出杂交种基因型；构建杂交种训练群体并进行田间鉴定；建立整合亲本表型的BayesB模型，对杂交种表型进行预测，采用十倍交叉验证对该模型的准确性进行评价。本发明的杂交种表型预测方法中，通过构建贝叶斯模型整合亲本表型的杂交种预测方法来预测杂交种表型数据，从而提高杂交种预测的准确性，进一步提高育种效率，降低成本，并对提高作物产量等相关性状的准确预测提供了理论参考和实践依据。
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