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公开(公告)号：CN104899477B
公开(公告)日：2018-01-26
申请号：CN201510341211.6
申请日：2015-06-18
IPC分类号： G06F19/24
摘要： 本发明公开了一种使用词袋模型的蛋白质亚细胞区间预测方法，利用滑动窗口方法分割蛋白质序列，获得大量序列单词的集合，运用氨基酸组成获得序列单词特征，对序列单词特征进行聚类分析构建字典，并通过统计计算获得蛋白质序列的词袋特征，最后将词袋特征送入支持向量机多类分类器进行蛋白质亚细胞区间预测。可通过实验证明本发明能有效提高识别精度，尤其在传统方法预测准确率较低的亚细胞类上识别精度明显提高，对准确预测未知蛋白的亚细胞位置具有重要作用。
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公开(公告)号：CN104899477A
公开(公告)日：2015-09-09
申请号：CN201510341211.6
申请日：2015-06-18
IPC分类号： G06F19/24
摘要： 本发明公开了一种使用词袋模型的蛋白质亚细胞区间预测方法，利用滑动窗口方法分割蛋白质序列，获得大量序列单词的集合，运用氨基酸组成获得序列单词特征，对序列单词特征进行聚类分析构建字典，并通过统计计算获得蛋白质序列的词袋特征，最后将词袋特征送入支持向量机多类分类器进行蛋白质亚细胞区间预测。可通过实验证明本发明能有效提高识别精度，尤其在传统方法预测准确率较低的亚细胞类上识别精度明显提高，对准确预测未知蛋白的亚细胞位置具有重要作用。
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公开(公告)号：CN118901709A
公开(公告)日：2024-11-08
申请号：CN202410973139.8
申请日：2024-07-19
申请人： 南京农业大学
摘要： 本发明公开了2‑十二烷酮在制备青枯菌的群体感应抑制剂的应用。本发明公开了2‑十二烷酮在防控青枯病中的应用。2‑十二烷酮对青枯菌QL‑Rs1115的群体感应具有良好的体外抑制活性，可以显著抑制青枯菌群体感应、降低青枯菌胞外多糖产生和病情指数。与传统的群体感应抑制剂比较，2‑十二烷酮可以挥发性气体形式抑制青枯菌的群体感应，不仅作用范围更大更均匀，而且气体可以更容易地渗透到田间土壤等更复杂的环境中；同时由于2‑十二烷酮本身的挥发性性质，可以减少残留物的问题，也有利于未来大面积的应用。
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公开(公告)号：CN116364192A
公开(公告)日：2023-06-30
申请号：CN202310216689.0
申请日：2023-03-08
申请人： 南京农业大学
IPC分类号： G16B40/30 , G06F18/23 , G06N3/08 , G06N3/0464
摘要： 本发明公开了一种使用自监督特征学习的三代宏基因组分箱方法，其包括步骤为：步骤一、在已测序基因组数据基础上生成模拟长reads；步骤二、将长reads送入自监督特征表示模型训练，并保存最佳模型参数；步骤三、模型训练后，将三代reads送入模型提取特征，宏基因组long reads序列通过特征表示模型转换成特征向量后，将输入到聚类层通过聚类层进行分箱。本发明避免了以往大多数方法只看重核苷酸频率和覆盖度等统计特征而忽视long reads本身序列特征的缺点，其使用的具有半监督性质的对比学习能够有效利用已有的数据库信息，避免了以往无监督学习的盲目性。
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公开(公告)号：CN110059759A
公开(公告)日：2019-07-26
申请号：CN201910336951.9
申请日：2019-04-25
申请人： 南京农业大学
摘要： 本发明公开了一种基于加权LBP-颜色矩的堆肥腐熟度预测方法，它包括以下步骤：S1、获取堆肥图像；S2、分别获得堆肥图像的LBP纹理特征和堆肥图像的颜色特征；S3、将堆肥图像的LBP纹理特征和颜色特征进行加权融合，获得堆肥图像特征向量；S4、对堆肥图像特征向量做PCA降维获得降维堆肥图像特征向量；S5、降维堆肥图像特征向量输入至SVM分类器进行腐熟度预测；S6、SVM分类器输出预测结果。整个评价方法易操作，非常适于推广应用。
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公开(公告)号：CN108682006B
公开(公告)日：2021-07-20
申请号：CN201810379431.1
申请日：2018-04-25
申请人： 南京农业大学
摘要： 本发明公开了一种非接触式罐装堆肥腐熟判断方法，包括以下步骤：S1、提取t时刻图像数据；S2、预处理；S3、基于S2获得的数据，构建卷积神经网络CNN进行堆肥图像特征提取得到255维的特征向量；S4、将S1中热成像图颜色直方图数据同S3中图像特征提取卷积神经网络输出的特征向量组合在一起形成堆肥实时特征，并归一化处理；S5、基于长短期记忆网络LSTM进行预测；S6、输出判断结果。采用本方法基于温度、外观的实时检测堆肥状态的方法结果准确、操作难度小。
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公开(公告)号：CN112183635A
公开(公告)日：2021-01-05
申请号：CN202011047680.4
申请日：2020-09-29
申请人： 南京农业大学
摘要： 本发明提出一种多尺度反卷积网络实现植物叶部病斑分割与识别方法，该方法利用少量像素级标记，实现端到端的植物叶部病斑分割与识别。首先利用多尺度残差块构建多尺度特征提取模块，提取多尺度病害特征；然后引入分类与桥接模块获取特定类的激活图，此激活图包含特定类别病斑的关键信息，将它进行上采样，实现病斑的分割；最终设计反卷积模块，结合少量病斑标注引导特征提取网络关注病斑真实位置，进一步优化识别与分割效果。本发明的方法能够适用于像素级标注样本数量不足的植物叶部病害识别与分割的情况，实现识别与分割的一体化。模型在光线不足、有噪声干扰的病害图像中具有较强鲁棒性。
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公开(公告)号：CN118853724A
公开(公告)日：2024-10-29
申请号：CN202410974331.9
申请日：2024-07-19
申请人： 南京农业大学
摘要： 本发明属于微生物技术领域，具体涉及一种筛选土传青枯病菌群体感应抑制剂的红色荧光报告体系及其构建与应用；所述报告体系通过如下步骤构建：从含有mCherry的质粒pYC12‑mcherry上扩增出mCherry片段，然后将该片段与phcA的直接转录靶点xpsR的启动子区域融合，再将融合后的片段先后连接至pBluescript II KS+质粒载体和pYC12‑Gm质粒载体上，得到质粒pYC12‑xpsR‑mCherry‑Gm，再转化土传植物致病菌，筛选即可获得报告体系。本发明的报告体系可以直观评估青枯菌的群体感应系统的表达情况并筛选出群体感应抑制剂。
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公开(公告)号：CN117668693A
公开(公告)日：2024-03-08
申请号：CN202311681898.9
申请日：2023-12-08
申请人： 南京农业大学
IPC分类号： G06F18/2415 , G06F18/22 , G06F18/214 , G06F18/25 , G06F18/213 , G06N3/0464 , G06N3/047 , G06N3/048 , G06N3/08 , G16B30/00 , G16B40/00
摘要： 本发明公开了一种根据全基因组序列特征准确识别有益菌的方法，其包括：步骤1、数据获取及分类标记；步骤2、数据预处理；步骤3、使用k‑mer频率的方法，构建k‑mer频率特征作为输入特征；步骤4、构建网络预测模型，并利用模型进行预测识别：使用积分梯度方法获取基因权重定位关键基因。本发明为基于细菌基因组规模的有益性的精准识别提供新的思路和手段；同时，能够得到模型对每个基因的重视程度，定位到影响模型分类的关键基因；本方法的完善和推广具有广阔的前景和非凡的意义。
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公开(公告)号：CN114842908A
公开(公告)日：2022-08-02
申请号：CN202210294418.2
申请日：2022-03-24
申请人： 南京农业大学
摘要： 本发明公开了一种使用序列k‑mer频率优化特征精准识别土壤致病菌污染的方法，其步骤为：步骤一、选取合适的k‑mer片段长度，进行频率特征提取；步骤二、对提取的数据进行归一化处理；步骤三、构建交叉融合神经网络；网络由输入层、残差网络、深度网络、交叉网络和特征合并层组成；步骤四、模型预测；第一次使用先训练神经网络参数，再将待预测细菌DNA序列通过步骤一方法提取频率特征，送入训练好的残差神经网络，输出预测结果。本发明准确率优于现有k‑mer特征预测算法；自动地将k‑mer特征组合在一起，高效学习低维特征交叉和高维非线性特征，生成更优的模型。模型不需要人工特征工程或遍历搜索，具有较低的计算成本。
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