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公开(公告)号：CN220753084U
公开(公告)日：2024-04-09
申请号：CN202321791759.7
申请日：2023-07-10
申请人： 元升生物科技(上海)有限公司
IPC分类号： G16B15/30
摘要： 本实用新型涉及基因技术领域，具体是一种ASO靶点预测系统，包括：信息获取模块、检测模块、筛选模块、匹配模块以及排序模块，其中信息获取模块用于获取靶标的mRNA序列以及ASO信息，检测模块将根据ASO信息，对靶标的mRNA序列中对应ASO信息的碱基靶点连接位置进行扫描检测，筛选模块将所述ASO信息以及对应ASO信息的碱基连接位置进行分析，通过统计模型筛选靶标的mRNA序列中具有较高结合力的ASO靶点集合，匹配模块将ASO靶点集合与ASO进行依次匹配评分，确定各个目标ASO靶点对应的匹配分值，排序模块按照所述匹配分值的大小，对各个所述目标ASO靶点进行排序，并展示排序后的所述目标ASO靶点，从而通过本实用新型提高ASO靶点预测的准确性。
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公开(公告)号：CN118969058A
公开(公告)日：2024-11-15
申请号：CN202410960102.1
申请日：2024-07-17
申请人： 暨南大学
摘要： 本发明提供研究ATP/ADP载体用质子化依赖机制的模拟方法，涉及生物信息学和计算生物学的交叉领域。该研究ATP/ADP载体用质子化依赖机制的模拟方法，包括：构建AAC与ATP/ADP复合物的初始结构模型；使用CpHMD模拟在特定pH值下对该模型进行模拟，以捕捉质子化状态的变化；通过模拟数据分析AAC在不同pH条件下的结构动态和功能行为；将模拟结果与实验数据对比验证，确保模拟的准确性和可靠性。通过模拟不同pH条件下的生物分子行为，有助于研究生物分子如何在多变的环境中保持功能，对于环境适应性研究具有重要意义，能够被广泛应用于不同的生物学问题，推动了跨学科研究的发展，尤其是在膜蛋白功能研究领域。
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公开(公告)号：CN118380163B
公开(公告)日：2024-11-15
申请号：CN202410809417.6
申请日：2024-06-21
申请人： 福建医科大学附属第一医院
摘要： 本发明提供了一种药物耐药状态预测模型的构建方法、系统、设备和介质，一种用于预测药物耐药状态的方法、系统、设备和介质，一种用于预测JQ1增敏药物模型的构建方法、系统、设备和介质，一种用于预测JQ1的药物增敏程度的方法、系统、设备和介质，涉及智能医疗领域。本研究通过建立JQ1药物耐药状态预测模型，对JQ1耐药相关的铁死亡基因进行打分，根据打分结果预测细胞对JQ1的药物反应状态；基于JQ1耐药相关的铁死亡基因建立JQ1增敏药物模型，有效评估JQ1耐药相关铁死亡基因的逆转情况。阐明了JQ1的耐药机制，识别了使JQ1增敏的潜在药物，为三阴性乳腺癌患者的治疗提供了新的途径。
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公开(公告)号：CN114420310B
公开(公告)日：2024-11-12
申请号：CN202210063363.4
申请日：2022-01-18
申请人： 河南大学
摘要： 本发明公开了一种基于图转换网络的药物ATC Code预测方法即DACPGTN，首先，获取与药物相关的靶标蛋白质与疾病，通过基于不同评价标准下的药物相互作用信息，得到7种药物相似性，并查找或计算与药物关联的靶标蛋白质、疾病相似性信息，将相似性信息作为特征，共同构建相应的复合特征矩阵，其次，考虑引入药物、靶标蛋白质、疾病三种实体间存在的已知关联信息，构建代表多个不同边关系的异构图，并使用图转化网络中Graph Transformer Layer，学习多个异构邻接矩阵的关联信息，从而学习到药物‑靶标蛋白质‑疾病之间的潜在多重关联图结构，最终将Graph Transformer Layer得到的关联信息图结构，与药物‑靶标蛋白质‑疾病复合特征矩阵，一起输入到端对端预测模块中进行学习，做出最终药物ATC Code预测；本发明简单有效，通过与其他方法比较，及在数据集上测试表明，该发明在药物ATC Code预测方面具有较好的性能。
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公开(公告)号：CN118866078A
公开(公告)日：2024-10-29
申请号：CN202410880652.2
申请日：2024-07-02
申请人： 中国中医科学院中医临床基础医学研究所
摘要： 本发明公开了一种非小细胞肺癌间充质干细胞差异性模块分析的方法及系统，涉及生物技术领域；包括：获取第一样本基因；将第一样本基因中的相似的基因表达划分为不同的基因共表达模块，得到多个共表达模块；计算后获得多个共表达模块对应的目标共表达模块，对其进行比较后获得多个差异性模块；对多个差异性模块进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；分析多个差异性模块中的基因对非小细胞肺癌预后的影响；将多个差异性模块中的基因与预设的差异基因相比较，分析多个差异性模块中的差异基因的情况，获取最终分析结果。本发明用于精细化筛选与正常肺组织相比的差异性模块，对差异性模块中不同功能基因在NSCLC治疗和预后方面的价值进行分析。
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公开(公告)号：CN114609392B
公开(公告)日：2024-10-25
申请号：CN202210232521.4
申请日：2022-03-08
申请人： 武汉科技大学
摘要： 本发明提供一种用于HIV流行毒株抗体药物筛选的方法，根据该方法可有效筛选出对HIV国内流行毒株具有高亲和力的广谱中和抗体，所述方法具有操作简便、快捷、可视化、高通量等多方面优点，可极大的推进HIV药物的研发和治疗，并且为HIV疫苗设计和HIV‑1的抗体治疗和CAR‑T免疫细胞治疗提供参考。
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公开(公告)号：CN118748038A
公开(公告)日：2024-10-08
申请号：CN202410891793.4
申请日：2024-07-04
申请人： 上海浙江大学高等研究院
摘要： 本发明公开了一种基于结构信息的新生抗原成熟化方法，该方法创新性地将多肽与人类白细胞抗原(human leukocyte antigen，HLA)结合的复合物(peptide‑HLA，pHLA)构象为重点参考信息，同时兼用其他已有序列数据库信息的指导方法，用以辅助设计，可以将单个肽序列外推到扩展的变体库。本发明实施例中通过自由能微扰方法对本发明方法获得的成熟化抗原进行严格的亲和力评估，在38个设计的候选肽中有6个表现出更强的亲和力。进一步地，其中的5个候选肽得到了实验验证。这些结果表明，本发明不仅在识别和HLA分子结合具有更强亲和力的多肽表现出色，并具有更高的免疫原性潜力，展示了其在推进个性化免疫疗法中的实用性。
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公开(公告)号：CN118737264A
公开(公告)日：2024-10-01
申请号：CN202410875876.4
申请日：2024-07-02
申请人： 云南中医药大学
摘要： 本发明公开了九转黄精丸抗急性高原缺氧的应用、及分析其作用机制的方法，属于药物技术领域。本发明公开的基于网络药理学分析九转黄精丸抗高原缺氧机制的方法，通过预测九转黄精丸的潜在作用成分及其对应的候选靶点，构建“药物‑成分‑靶点‑疾病”PPI网络，对核心交集靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析，并利用分子对接验证核心靶点与主要成分的相互作用关系，对预测出的主要靶点进行验证，分析九转黄精丸在抗急性高原缺氧中的作用机制。结果表明九转黄精丸通过多成分、多靶点、多途径对缺氧损伤起防治作用。
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公开(公告)号：CN118737261A
公开(公告)日：2024-10-01
申请号：CN202410721602.X
申请日：2024-06-05
申请人： 上海精诚智研生物医药有限公司
IPC分类号： G16B15/30 , G16B40/00 , G06N3/0455 , G06N3/0464 , G06N3/048 , G06N3/08
摘要： 本发明公开了一种蛋白质配体相互作用多任务预测方法：使用Rostlab公开的prot_bert蛋白质预训练模型表示获得蛋白质的表示向量；使用transformer的encoder结构编码SMILES，获得SMILES的表示向量；使用交叉注意力处理蛋白质的表示向量和SMILES的表示向量，提取蛋白质与小分子的交互向量；将包含蛋白质与小分子交互信息的向量分别传入一个线性分类网络和一个线性回归网络得到输入蛋白质与小分子的相互作用预测结果，本发明采用共享特征表示提高数据效率，减少过拟合风险，使用课程学习的思想定义不同任务的训练顺序，促进模型收敛，节约计算资源，提高预测准确度，为亲和力预测任务提供了一个可靠稳健的方法。减少盲目的试验工作，节省药物研发的时间和成本。
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