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    プログラムおよび支援方法
    2.
    发明专利
    プログラムおよび支援方法 有权
    程序和支持方法

    公开(公告)号：JP2016166159A

    公开(公告)日：2016-09-15

    申请号：JP2015047642

    申请日：2015-03-10

    申请人： 桑田 一夫 ,  馬 彪 ,  公益財団法人先端医療振興財団

    发明人： 桑田 一夫 ,  馬 彪

    IPC分类号： G06F19/16 ,  C40B30/02

    摘要： 【課題】標的生体分子の活性を制御する化合物の候補をより正確に予測することができるプログラムを提供することを目的とする。 【解決手段】受容体の立体構造を示す立体構造ファイルおよび複数のリガンドの立体構造を示す情報を有する低分子化合物データベースを用いて、受容体と複数のリガンドとの結合エネルギーや結合モデルを算出する第1シミュレーション(DS)を計算機に実行させる第1処理ステップ(S1)と、前記複数のリガンドのうち選択された一のリガンドが受容体にドッキングされたリガンド複合体の一の立体配置を計算する第2シミュレーション(MD)を計算機に実行させる第2処理ステップ(S2)と、当該一の立体配置の量子化学計算を行う第3シミュレーション(QC)を計算機に実行させ、受容体と選択された一のリガンドと相互作用エネルギーとの情報をもつ算出結果を得る第3処理ステップ(S3)とを、含む。 【選択図】図2

    摘要翻译： 要解决的问题：提供可以更精确地预测控制目标生物分子的活性的化合物候选的程序。解决方案：程序包括：第一处理步骤（S1），允许计算机执行第一模拟（DS） 通过使用显示受体的三维结构的三维结构文件和具有显示三维结构的信息的低分子化合物数据库来计算受体和多个配体的结合能力或结合模型 多个配体; 第二处理步骤（S2），其允许计算机执行第二模拟（MD），其中将多个配体中选定的一个配体停靠在受体上的配体复合物的一个三维排列; 以及第三处理步骤（S3），其允许计算机执行其中执行一个三维排列的量子化学计算的第三模拟（QC），以获得具有关于受体的信息的计算结果，所选的一个配体和相互作用 能量。选择图：图2

    Virtual screening methods and apparatus of compound
    5.
    发明专利
    Virtual screening methods and apparatus of compound 有权

    公开(公告)号：JP5211458B2

    公开(公告)日：2013-06-12

    申请号：JP2006262595

    申请日：2006-09-27

    申请人： 日本電気株式会社

    发明人： 礼仁 寺本 ,  広晃 福西

    IPC分类号： C40B30/02 ,  G06F19/00 ,  G06F19/16

    CPC分类号： G06F19/706 ,  C40B30/02

    摘要： PROBLEM TO BE SOLVED: To further improve the accuracy of estimation in the case of performing virtual screening for a compound based on a protein structure by docking simulation in order to search for a compound bonded with protein. SOLUTION: A virtual screening method includes: steps (step A2-A3) of calculating energy of conformation of a compound generated by computer using a plurality of energy functions; a step (a step A4) of performing supervised learning concerning the obtained energy value and a bonding index between the protein and the compound; and a step (a step A5) of estimating the conformation of the compound based on the results of the supervised learning. COPYRIGHT: (C)2008,JPO&INPIT

    Synthesis path evaluation system, and method and program thereof
    7.
    发明专利
    Synthesis path evaluation system, and method and program thereof 有权
    合成路径评估系统及其方法与程序

    公开(公告)号：JP2010009257A

    公开(公告)日：2010-01-14

    申请号：JP2008166649

    申请日：2008-06-25

    申请人： Yamaguchi Univ ,  国立大学法人山口大学

    发明人： HORI KENJI ,  YAMAGUCHI TORU

    IPC分类号： C07B61/00 ,  C40B30/02 ,  G06F19/00

    CPC分类号： G06F19/702 ,  G06F19/701

    摘要： PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a synthesis path evaluation system for automatically ranking, narrowing down, and proposing a synthesis path from among a plurality of synthesis paths given for a target compound to be synthesized. SOLUTION: This synthesis path evaluation system 1 is configured to extract an optimal synthesis path from among a plurality of synthesis paths with respect to target compounds to be synthesized, and provided with: a computational processing means 3 composed of a quantum chemistry calculation unit 7, a reaction mechanism analysis unit 8, and a synthesis path ranking unit 11; and a memory means 4 for storing data (hereinafter referred to as synthesis path data) 15 related with the synthesis paths. COPYRIGHT: (C)2010,JPO&INPIT

    摘要翻译： 要解决的问题：提供一种综合路径评估系统，用于从为要合成的目标化合物给出的多个合成路径中自动分级，缩小和提出合成路径。 解决方案：该合成路径评估系统1被配置为从要合成的目标化合物的多个合成路径中提取最佳合成路径，并且具有：计算处理装置3，其由量子化学计算 单元7，反应机构分析单元8和合成路径排序单元11; 以及存储装置4，用于存储与合成路径相关的数据（以下称为合成路径数据）15。 版权所有（C）2010，JPO＆INPIT

    Molecular design device, molecular design method and program
    9.
    发明专利
    Molecular design device, molecular design method and program 有权
    分子设计装置，分子设计方法和程序

    公开(公告)号：JP2008222574A

    公开(公告)日：2008-09-25

    申请号：JP2007059268

    申请日：2007-03-08

    申请人： Chiba Univ ,  Fujitsu Ltd ,  国立大学法人 千葉大学 ,  富士通株式会社

    发明人： TAMURA YUTAKA ,  HOSHINO CHUJI ,  FUJI HIDEYOSHI ,  ADACHI MUNEMORI ,  SHIOBARA NORIYUKI ,  SUGIYAMA HAJIME

    IPC分类号： C40B30/02 ,  G06F19/00 ,  G06F19/16 ,  G06F19/28

    摘要： PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a molecular design device and the like for designing a molecule to be bonded to a target molecule in a short time at low cost or without requiring an advanced skill. SOLUTION: A processing unit 1 acquires a plurality of zero-th generation peptide data representing a peptide as the design object and a target molecule data representing the target molecule and specifies, for each candidate data, a numerical value that represents easiness of coupling between the peptide represented by the candidate data and the target molecule based on the candidate data and the target molecule data, and then selects a peptide having favorable characteristics of coupling with the molecule represented by the target molecule data from each candidate data based on the specified numerical value and according to predetermined standards, and generates a peptide data in the next generation representing a mutation of the selected peptide and further specifies a numerical value. COPYRIGHT: (C)2008,JPO&INPIT

    摘要翻译： 要解决的问题：提供用于在短时间内以低成本设计要结合到靶分子的分子或不需要先进技术的分子设计装置等。 解决方案：处理单元1获取表示肽作为设计对象的多个第零代肽数据和表示目标分子的目标分子数据，并且为每个候选数据指定表示容易的数值 基于候选数据和靶分子数据，将由候选数据表示的肽与目标分子之间的偶联，然后基于候选数据选择具有与来自每个候选数据的目标分子数据所表示的分子的有利特征的肽 指定的数值并根据预定的标准，并产生代表所选肽的突变的下一代肽数据，并进一步指定数值。 版权所有（C）2008，JPO＆INPIT