公开(公告)号：US20060183128A1

公开(公告)日：2006-08-17

申请号：US10641321

申请日：2003-08-12

申请人： Kurt Berlin ,  Alexander Olek ,  Stephan Beck ,  Thomas Hildmann ,  Joern Lewin ,  Karen Novik

发明人： Kurt Berlin ,  Alexander Olek ,  Stephan Beck ,  Thomas Hildmann ,  Joern Lewin ,  Karen Novik

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6881 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/16

摘要： The present invention provides, inter alia, a method for generating a genome-wide epigenomic map, comprising a correlation between methylation variable CpG positions (MVP) and genomic DNA sample types. MVP are those CpG positions that show a variable quantitative level of methylation between sample types. Particular genomic regions of interest (ROI) provide preferred marker sequences that comprise multiple, and preferably proximate MVP, and that have novel utility for distinguishing sample types. The epigenic maps have broad utility, for example, in identifying sample types, or for distinguishing between and among sample types. In a preferred embodiment the epigenomic map is based on methylation variable regions (MVP) within the major histocompatibility complex (MHC), and has utility, for example, in identifying the cell or tissue source of a genomic DNA sample, or for distinguishing one or more particular cell or tissue types among other cell or tissue types. Analysis of epigenetic characteristics of one, or of a set of nucleic acid sequences, in the context of an inventive epigenomic map, allows for the determination of an origin of the nucleic acids.

摘要翻译： 本发明尤其提供了一种生成全基因组表观遗传学图谱的方法，其包括甲基化可变CpG位点（MVP）和基因组DNA样品类型之间的相关性。 MVP是显示样品类型之间甲基化可变定量水平的那些CpG位置。 特定的感兴趣的基因组区域（ROI）提供优选的标记序列，其包含多个，优选接近MVP，并且具有用于区分样品类型的新颖效用。 表征性地图具有广泛的用途，例如，在识别样本类型中，或用于区分样本类型和样本类型。 在优选的实施方案中，表观基因组图基于主要组织相容性复合物（MHC）内的甲基化可变区（MVP），并且可用于例如鉴定基因组DNA样品的细胞或组织来源，或用于区分一个或 更特定的细胞或组织类型与其他细胞或组织类型。 在本发明表观遗传学图谱的上下文中，一种或一组核酸序列的表观遗传学特征的分析允许确定核酸的来源。

公开(公告)号：US20090253584A1

公开(公告)日：2009-10-08

申请号：US12085212

申请日：2006-11-17

申请人： Joern Lewin ,  Kurt Berlin

发明人： Joern Lewin ,  Kurt Berlin

IPC分类号： C40B30/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827

摘要： Aspects of the present invention relate to the determination of the DNA methylation level at one or more CpG position within cells of a defined type in a tissue sample. This methylation level is deduced from the total DNA methylation level of all cells of the sample and from the content of said cells of interest. In aspects of the invention, the cell content is determined by means of histopatholoy, staining methods, antibodies, expression analysis or DNA methylation analysis.

摘要翻译： 本发明的方面涉及在组织样品中限定类型的细胞内的一个或多个CpG位置处的DNA甲基化水平的确定。 该甲基化水平是从样品所有细胞的总DNA甲基化水平以及所述感兴趣细胞的含量推断的。 在本发明的方面，通过组织病理学，染色方法，抗体，表达分析或DNA甲基化分析来确定细胞含量。

公开(公告)号：US09624530B2

公开(公告)日：2017-04-18

申请号：US12848239

申请日：2010-08-02

申请人： Joern Lewin

发明人： Joern Lewin

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12Q1/48 ,  C12N9/00 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6806 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2523/125 ,  C12Q2521/125

摘要： The present invention relates to methods and kits for preserving genomic DNA sequence complexity within chemically and/or enzymatically converted DNA by an enzyme or series of enzymes that adds a methyl group to a cytosine outside of CpG dinucleotide sequences of genomic DNA. Further, the present invention relates to methylation analysis of the genomic DNA.

公开(公告)号：US20150031021A1

公开(公告)日：2015-01-29

申请号：US14131445

申请日：2012-07-09

申请人： Joern Lewin ,  Manuel Krispin

发明人： Joern Lewin ,  Manuel Krispin

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6886 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/118 ,  C12Q2600/154

摘要： The invention provides methods, nucleic acids and kits for determining the prognosis of a subject having cancer. The invention discloses genomic sequences the methylation patterns of which have utility for the improved detection of said disorder, thereby enabling the improved diagnosis and treatment of patients.

摘要翻译： 本发明提供了用于确定患有癌症的受试者的预后的方法，核酸和试剂盒。 本发明公开了基因组序列，其甲基化模式可用于改善所述病症的检测，从而能够改善患者的诊断和治疗。

公开(公告)号：US20090191548A1

公开(公告)日：2009-07-30

申请号：US12088384

申请日：2006-09-28

申请人： Kurt Berlin ,  Stephan Beck ,  Matthias Burger ,  Rene Cortese ,  Florian Eckhardt ,  Carolina Haefliger ,  Joern Lewin ,  Fabian Model ,  Alexander Olek

发明人： Kurt Berlin ,  Stephan Beck ,  Matthias Burger ,  Rene Cortese ,  Florian Eckhardt ,  Carolina Haefliger ,  Joern Lewin ,  Fabian Model ,  Alexander Olek

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6881 ,  C12Q2600/158

摘要： The present application provides methods and nucleic acids the classification of a biological sample. This is achieved by the analysis of the expression status of at least one of the genes selected from Table 1 as disclosed.

摘要翻译： 本申请提供了生物样品分类的方法和核酸。 通过分析所公开的选自表1中的至少一种基因的表达状态来实现。