公开(公告)号：US20060183128A1

公开(公告)日：2006-08-17

申请号：US10641321

申请日：2003-08-12

申请人： Kurt Berlin ,  Alexander Olek ,  Stephan Beck ,  Thomas Hildmann ,  Joern Lewin ,  Karen Novik

发明人： Kurt Berlin ,  Alexander Olek ,  Stephan Beck ,  Thomas Hildmann ,  Joern Lewin ,  Karen Novik

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6881 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/16

摘要： The present invention provides, inter alia, a method for generating a genome-wide epigenomic map, comprising a correlation between methylation variable CpG positions (MVP) and genomic DNA sample types. MVP are those CpG positions that show a variable quantitative level of methylation between sample types. Particular genomic regions of interest (ROI) provide preferred marker sequences that comprise multiple, and preferably proximate MVP, and that have novel utility for distinguishing sample types. The epigenic maps have broad utility, for example, in identifying sample types, or for distinguishing between and among sample types. In a preferred embodiment the epigenomic map is based on methylation variable regions (MVP) within the major histocompatibility complex (MHC), and has utility, for example, in identifying the cell or tissue source of a genomic DNA sample, or for distinguishing one or more particular cell or tissue types among other cell or tissue types. Analysis of epigenetic characteristics of one, or of a set of nucleic acid sequences, in the context of an inventive epigenomic map, allows for the determination of an origin of the nucleic acids.

摘要翻译： 本发明尤其提供了一种生成全基因组表观遗传学图谱的方法，其包括甲基化可变CpG位点（MVP）和基因组DNA样品类型之间的相关性。 MVP是显示样品类型之间甲基化可变定量水平的那些CpG位置。 特定的感兴趣的基因组区域（ROI）提供优选的标记序列，其包含多个，优选接近MVP，并且具有用于区分样品类型的新颖效用。 表征性地图具有广泛的用途，例如，在识别样本类型中，或用于区分样本类型和样本类型。 在优选的实施方案中，表观基因组图基于主要组织相容性复合物（MHC）内的甲基化可变区（MVP），并且可用于例如鉴定基因组DNA样品的细胞或组织来源，或用于区分一个或 更特定的细胞或组织类型与其他细胞或组织类型。 在本发明表观遗传学图谱的上下文中，一种或一组核酸序列的表观遗传学特征的分析允许确定核酸的来源。

公开(公告)号：US20090170089A1

公开(公告)日：2009-07-02

申请号：US12036030

申请日：2008-02-22

申请人： Joern Lewin ,  Kurt Berlin ,  Thomas Hildmann ,  Alexander Olek ,  Stephan Beck ,  Karen Novik

发明人： Joern Lewin ,  Kurt Berlin ,  Thomas Hildmann ,  Alexander Olek ,  Stephan Beck ,  Karen Novik

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6881 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/16

摘要： The present invention provides, inter alia, a method for generating a genome-wide epigenomic map, comprising a correlation between methylation variable CpG positions (MVP) and genomic DNA sample types. MVP are those CpG positions that show a variable quantitative level of methylation between sample types. Particular genomic regions of interest (ROI) provide preferred marker sequences that comprise multiple, and preferably proximate MVP, and that have novel utility for distinguishing sample types. The epigenic maps have broad utility, for example, in identifying sample types, or for distinguishing between and among sample types. In a preferred embodiment the epigenomic map is based on methylation variable regions (MVP) within the major histocompatibility complex (MHC), and has utility, for example, in identifying the cell or tissue source of a genomic DNA sample, or for distinguishing one or more particular cell or tissue types among other cell or tissue types. Analysis of epigenetic characteristics of one, or of a set of nucleic acid sequences, in the context of an inventive epigenomic map, allows for the determination of an origin of the nucleic acids.

摘要翻译： 本发明尤其提供了一种生成全基因组表观遗传学图谱的方法，其包括甲基化可变CpG位点（MVP）和基因组DNA样品类型之间的相关性。 MVP是显示样品类型之间甲基化可变定量水平的那些CpG位置。 特定的感兴趣的基因组区域（ROI）提供优选的标记序列，其包含多个，优选接近MVP，并且具有用于区分样品类型的新颖效用。 表征性地图具有广泛的用途，例如，在识别样本类型中，或用于区分样本类型和样本类型。 在优选的实施方案中，表观基因组图基于主要组织相容性复合物（MHC）内的甲基化可变区（MVP），并且可用于例如鉴定基因组DNA样品的细胞或组织来源，或用于区分一个或 更特定的细胞或组织类型与其他细胞或组织类型。 在本发明表观遗传学图谱的上下文中，一种或一组核酸序列的表观遗传学特征的分析允许确定核酸的来源。

公开(公告)号：US20090191548A1

公开(公告)日：2009-07-30

申请号：US12088384

申请日：2006-09-28

申请人： Kurt Berlin ,  Stephan Beck ,  Matthias Burger ,  Rene Cortese ,  Florian Eckhardt ,  Carolina Haefliger ,  Joern Lewin ,  Fabian Model ,  Alexander Olek

发明人： Kurt Berlin ,  Stephan Beck ,  Matthias Burger ,  Rene Cortese ,  Florian Eckhardt ,  Carolina Haefliger ,  Joern Lewin ,  Fabian Model ,  Alexander Olek

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6881 ,  C12Q2600/158

摘要： The present application provides methods and nucleic acids the classification of a biological sample. This is achieved by the analysis of the expression status of at least one of the genes selected from Table 1 as disclosed.

摘要翻译： 本申请提供了生物样品分类的方法和核酸。 通过分析所公开的选自表1中的至少一种基因的表达状态来实现。

公开(公告)号：US20090253584A1

公开(公告)日：2009-10-08

申请号：US12085212

申请日：2006-11-17

申请人： Joern Lewin ,  Kurt Berlin

发明人： Joern Lewin ,  Kurt Berlin

IPC分类号： C40B30/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827

摘要： Aspects of the present invention relate to the determination of the DNA methylation level at one or more CpG position within cells of a defined type in a tissue sample. This methylation level is deduced from the total DNA methylation level of all cells of the sample and from the content of said cells of interest. In aspects of the invention, the cell content is determined by means of histopatholoy, staining methods, antibodies, expression analysis or DNA methylation analysis.

摘要翻译： 本发明的方面涉及在组织样品中限定类型的细胞内的一个或多个CpG位置处的DNA甲基化水平的确定。 该甲基化水平是从样品所有细胞的总DNA甲基化水平以及所述感兴趣细胞的含量推断的。 在本发明的方面，通过组织病理学，染色方法，抗体，表达分析或DNA甲基化分析来确定细胞含量。

公开(公告)号：US08912129B2

公开(公告)日：2014-12-16

申请号：US12085212

申请日：2006-11-17

申请人： Joern Lewin ,  Kurt Berlin

发明人： Joern Lewin ,  Kurt Berlin

IPC分类号： C40B30/06 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827

摘要： Aspects of the present invention relate to the determination of the DNA methylation level at one or more CpG position within cells of a defined type in a tissue sample. This methylation level is deduced from the total DNA methylation level of all cells of the sample and from the content of said cells of interest. In aspects of the invention, the cell content is determined by means of histopatholoy, staining methods, antibodies, expression analysis or DNA methylation analysis.

摘要翻译： 本发明的方面涉及在组织样品中限定类型的细胞内的一个或多个CpG位置处的DNA甲基化水平的确定。 该甲基化水平是从样品所有细胞的总DNA甲基化水平以及所述感兴趣细胞的含量推断的。 在本发明的方面，通过组织病理学，染色方法，抗体，表达分析或DNA甲基化分析来确定细胞含量。

公开(公告)号：US20110159491A1

公开(公告)日：2011-06-30

申请号：US12925843

申请日：2010-10-29

申请人： Alexander Olek ,  Kurt Berlin

发明人： Alexander Olek ,  Kurt Berlin

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/686 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6872 ,  C12Q2523/125 ,  C12Q2565/519 ,  C12Q2565/627

摘要： Described is a method for detecting 5-methylcytosine in genomic DNA samples. First, a genomic DNA from a DNA sample is chemically converted with a reagent, 5-methylcytosine and cytosine reacting differently, and the pretreated DNA is subsequently amplified using a polymerase and at least one primer. In the next step, the amplified genomic DNA is hybridized to at least one oligonucleotide, forming a duplex, and said oligonucleotide is elongated by at least one nucleotide, the nucleotide carrying a detectable label, and the elongation depending on the methylation status of the specific cytosine in the genomic DNA sample. In the next step, the elongated oligonucleotides are analyzed for the presence of the label.

摘要翻译： 描述了在基因组DNA样品中检测5-甲基胞嘧啶的方法。 首先，DNA样品的基因组DNA用试剂化学转化，5-甲基胞嘧啶和胞嘧啶的反应不同，然后使用聚合酶和至少一种引物扩增预处理的DNA。 在下一步骤中，将扩增的基因组DNA与至少一种形成双链体的寡核苷酸杂交，并且所述寡核苷酸由至少一个核苷酸延伸，所述核苷酸携带可检测标记，延伸取决于具体的甲基化状态 基因组DNA样品中的胞嘧啶。 在下一步骤中，分析细长寡核苷酸的标记物的存在。

公开(公告)号：US07867701B2

公开(公告)日：2011-01-11

申请号：US10451646

申请日：2001-12-22

申请人： Jürgen Distler ,  Kurt Berlin ,  Alexander Olek

发明人： Jürgen Distler ,  Kurt Berlin ,  Alexander Olek

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/686 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2525/155

摘要： A method is described for the amplification of nucleic acids, in which the segments to be amplified are first hybridized with at least two primer oligonucleotides that have two domains, wherein the sequence-specific domain found at the 3-end hybridizes to the segment to be amplified, while the generic domain found at the 5-end does not hybridize. Then an amplification reaction is conducted by means of a polymerase and subsequently a labeled primer oligonucleotide, which binds to the generic domain of the first primer, is hybridized to the amplificate which is formed. In the last step, the sequence of the amplificate is investigated.

摘要翻译： 描述了用于扩增核酸的方法，其中待扩增的区段首先与具有两个结构域的至少两个引物寡核苷酸杂交，其中在3端发现的序列特异性结构域与所述区段杂交为 而5端发现的通用域不杂交。 然后通过聚合酶进行扩增反应，随后与第一引物的通用结构域结合的标记的引物寡核苷酸与所形成的扩增子杂交。 在最后一步中，调查扩增序列。

公开(公告)号：US07229759B2

公开(公告)日：2007-06-12

申请号：US10229370

申请日：2002-08-27

申请人： Alexander Olek ,  Kurt Berlin

发明人： Alexander Olek ,  Kurt Berlin

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12N15/11

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q2523/125 ,  C12Q2537/163

摘要： The present invention concerns a method for the detection of cytosine methylation in DNA samples, wherein the following steps are conducted: (a) a genomic DNA sample, which comprises the DNA to be investigated and background DNA, is chemically treated in such a way that all of the unmethylated cytosine bases are converted to uracil, whereas the 5-methylcytosine bases remain unchanged; (b) the chemically treated DNA sample is amplified with the use of at least 1 primer oligonucleotide as well as a polymerase, whereby the DNA to be investigated is preferred as the template over the background DNA, and (c) the amplified products are analyzed and the methylation status in the DNA to be investigated is concluded from the presence of an amplified product and/or from the analysis of additional positions.

摘要翻译： 本发明涉及检测DNA样品中胞嘧啶甲基化的方法，其中进行以下步骤：（a）将包含待研究的DNA和背景DNA的基因组DNA样品进行化学处理，使其 所有未甲基化的胞嘧啶碱基被转化成尿嘧啶，而5-甲基胞嘧啶碱基保持不变; （b）使用至少1种引物寡核苷酸和聚合酶扩增化学处理的DNA样品，由此优选待研究的DNA作为背景DNA上的模板，（c）分析扩增产物 并且待研究的DNA中的甲基化状态从扩增产物的存在和/或从额外位置的分析得出。

公开(公告)号：US07824852B2

公开(公告)日：2010-11-02

申请号：US10220896

申请日：2001-02-23

申请人： Alexander Olek ,  Kurt Berlin

发明人： Alexander Olek ,  Kurt Berlin

IPC分类号： C07H21/04 ,  C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/686 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6872 ,  C12Q2523/125 ,  C12Q2565/519 ,  C12Q2565/627

摘要： Described is a method for detecting 5-methylcytosine in genomic DNA samples. First, a genomic DNA from a DNA sample is chemically converted with a reagent, 5-methylcytosine and cytosine reacting differently, and the pretreated DNA is subsequently amplified using a polymerase and at least one primer. In the next step, the amplified genomic DNA is hybridized to at least one oligonucleotide, forming a duplex, and said oligonucleotide is elongated by at least one nucleotide, the nucleotide carrying a detectable label, and the elongation depending on the methylation status of the specific cytosine in the genomic DNA sample. In the next step, the elongated oligonucleotides are analyzed for the presence of the label.

摘要翻译： 描述了在基因组DNA样品中检测5-甲基胞嘧啶的方法。 首先，DNA样品的基因组DNA用试剂化学转化，5-甲基胞嘧啶和胞嘧啶的反应不同，然后使用聚合酶和至少一种引物扩增预处理的DNA。 在下一步骤中，将扩增的基因组DNA与至少一种形成双链体的寡核苷酸杂交，并且所述寡核苷酸由至少一个核苷酸延伸，所述核苷酸携带可检测标记，延伸取决于具体的甲基化状态 基因组DNA样品中的胞嘧啶。 在下一步骤中，分析细长寡核苷酸的标记物的存在。

公开(公告)号：US20080026396A1

公开(公告)日：2008-01-31

申请号：US11835336

申请日：2007-08-07

申请人： Alexander Olek ,  Christian Piepenbrock ,  Kurt Berlin

发明人： Alexander Olek ,  Christian Piepenbrock ,  Kurt Berlin

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/04 ,  C12P19/34

CPC分类号： C07K14/82 ,  C07K14/4703 ,  C12Q1/6883 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2523/125 ,  C12Q2600/154 ,  C12Q2600/156

摘要： Chemically modified genomic sequences, oligonucleotides and/or PNA-oligomers for detecting the cytosine methylation state of genomic DNA. In addition, a method for ascertaining genetic and/or epigenetic parameters of genes for use in the characterization, classificaiton, differrentiation, grading, staging, treatment and/or diagnosis of astrocytomas, or the predisposition to astrocytomas.

摘要翻译： 用于检测基因组DNA的胞嘧啶甲基化状态的化学修饰的基因组序列，寡核苷酸和/或PNA-低聚物。 另外，确定用于星形细胞瘤的表征，分类，分化，分级，分期，治疗和/或诊断或对星形细胞瘤的易感性的基因的遗传和/或表观遗传参数的方法。