公开(公告)号：US20050272073A1

公开(公告)日：2005-12-08

申请号：US11097451

申请日：2005-04-01

申请人： Eugeni Vaisberg ,  Daniel Coleman

发明人： Eugeni Vaisberg ,  Daniel Coleman

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00

CPC分类号： G01N33/5005

摘要： Image analysis methods and apparatus are used for determination of the ploidy of cells. The methods may involve segmenting an image to identify one or more discrete regions occupied by cells or nuclei, determining the presence of a particular ploidy indicator feature within the region(s), and providing a value of the indicator feature to a model that classifies cells' ploidy on the basis of the indicator feature. In some embodiments, the indicator feature is a level of DNA in a cell. In certain embodiments, the method further comprises treating one or more cells with a marker that highlights the ploidy indicator feature. In certain embodiments, the cells are treated prior to producing one or more images of the one or more cells. In certain embodiments, the ploidy indicator feature comprises DNA and the marker co-locates with DNA and provides a signal that is captured in the image. In certain embodiments, the signal comprises a fluorescent emission.

摘要翻译： 图像分析方法和装置用于确定细胞的倍性。 所述方法可以包括分割图像以识别由单元或核占据的一个或多个离散区域，确定区域内特定倍性指示符特征的存在，以及将指示符特征的值提供给将细胞分类的模型 在指标特征的基础上进行倍性。 在一些实施方案中，指示剂特征是细胞中的DNA水平。 在某些实施方案中，所述方法还包括用突出所述倍性指示物特征的标记物处理一个或多个细胞。 在某些实施方案中，在产生一个或多个细胞的一个或多个图像之前处理细胞。 在某些实施方案中，倍性指示物特征包括DNA，并且标记物与DNA共定位并提供在图像中捕获的信号。 在某些实施例中，信号包括荧光发射。

公开(公告)号：US20050009032A1

公开(公告)日：2005-01-13

申请号：US10615116

申请日：2003-07-07

申请人： Daniel Coleman ,  Ge Cong ,  Aibing Rao ,  Eugeni Vaisberg

发明人： Daniel Coleman ,  Ge Cong ,  Aibing Rao ,  Eugeni Vaisberg

IPC分类号： G06K9/00 ,  G06T7/00 ,  C12Q1/68

CPC分类号： G06K9/0014 ,  G06T7/0012 ,  G06T2207/30024

摘要： Methods, data processing apparatus and computer program products for characterising cells and the affect of treatments administered to cells are disclosed. In particular methods of identifying bi-nuclear cells are described which include capturing an image of a plurality of marked cells and processing image to obtain features of the plurality of cells. The features are analyzed to determine whether the feature is indicative of bi-nuclear cells. Those cells for which the first feature is indicative of bi-nuclear cells are identified as being bi-nuclear. Three algorithms in particular are described. A first algorithm can be used to determine the number of nuclei in an image of a nuclear component by determining the number of concave regions within the outline of the image. A second algorithm uses a measure of the amount of cytoplasmic material between a pair of nuclei to identify bi-nuclear cells. A third algorithm uses the statistics of the spatial distribution of objects to identify isolated pairs of nuclei which can be considered to be from the same cell.

摘要翻译： 公开了用于表征细胞的方法，数据处理装置和计算机程序产品以及对细胞施用的治疗的影响。 描述了特定的识别双核细胞的方法，其包括捕获多个标记细胞的图像和处理图像以获得多个细胞的特征。 分析特征以确定特征是否表示双核细胞。 第一特征指示双核细胞的那些细胞被鉴定为双核的。 具体描述三种算法。 可以使用第一算法来确定图像轮廓内的凹区域的数量来确定核分量的图像中的核的数量。 第二种算法使用一对核之间的细胞质材料的量的量度来识别双核细胞。 第三种算法使用对象的空间分布的统计来识别可以被认为来自相同小区的孤立的核对。

公开(公告)号：US20050014131A1

公开(公告)日：2005-01-20

申请号：US10621821

申请日：2003-07-16

申请人： Vadim Kutsyy ,  Eugeni Vaisberg ,  Daniel Coleman

发明人： Vadim Kutsyy ,  Eugeni Vaisberg ,  Daniel Coleman

IPC分类号： G01N33/50 ,  G06K9/00 ,  C12Q1/00 ,  G01N33/48 ,  G06F19/00

CPC分类号： G06K9/0014 ,  G01N33/5008 ,  G01N33/5014 ,  G01N33/502

摘要： Methods, apparatus, and computer programs for investigating and characterising side effects of a treatment having an intended or on-target effect on cells are described. The method can include identifying a group of on-target cellular features of the plurality of cells which are affected by the treatment and are related to the on-target effect. A group of off-target cellular features can also be identified which are different to the on-target cellular features and which are also affected by the treatment and which are related to the side effect. A measure of the side effect based on the off-target cellular features can be obtained. The treatment can then be characterised based on the measure of the side effect. A further method involves capturing an image of the population of treated cells and deriving cellular features from the image. An on-target effect signature, which is characteristic of the on-target effect is created from cellular features relating to cellular properties involved in the intended effect. A side effect signature, which is characteristic of a side effect to the on-target effect, is created using cellular features relating to cellular properties not involved in the intended effect. On-target effect and/or side effect metrics are obtained from the signatures which can be used to characterise the treatment.

摘要翻译： 描述了用于调查和表征具有预期或靶向对细胞的作用的治疗的副作用的方法，装置和计算机程序。 该方法可以包括识别受治疗影响并且与目标效应相关的多个细胞的一组目标上细胞特征。 还可以鉴定一组离靶细胞特征，这些特征与目标细胞特征不同，并且还受到治疗的影响并且与副作用相关。 可以获得基于离靶细胞特征的副作用的量度。 然后可以基于副作用的测量来表征治疗。 另一种方法包括捕获处理的细胞群体的图像并从图像中导出细胞特征。 作为目标效果的特征的目标效果特征是从涉及预期效果的细胞特性的细胞特征产生的。 使用与未涉及预期效果的细胞特性相关的细胞特征产生作为靶向效应的副作用特征的副作用特征。 从可用于表征治疗的签名获得目标效应和/或副作用度量。

公开(公告)号：US20050137806A1

公开(公告)日：2005-06-23

申请号：US10892450

申请日：2004-07-16

申请人： Vadim Kutsyy ,  Daniel Coleman ,  Eugeni Vaisberg

发明人： Vadim Kutsyy ,  Daniel Coleman ,  Eugeni Vaisberg

IPC分类号： A61K49/00 ,  G01N33/48 ,  G06F20060101 ,  G06F19/00

CPC分类号： G06K9/6274 ,  G06K9/00147 ,  G06K9/00536

摘要： A method for calculating distances between stimulus response curves (e.g., dose response curves) allows classification of stimuli. The response curves show how the phenotype of one or more cells changes in response to varying levels of the stimulus. Each “point” on the curve represents quantitative phenotype or signature for cell(s) at a particular level of stimulus (e.g., dose of a therapeutic). The signatures are multivariate phenotypic representations of the cell(s). They include various features of the cell(s) obtained by image analysis. To facilitate the comparison of stimuli, distances between points on the response curves are calculated. First, the response curves may be aligned on a coordinate representing a separate distance, r, from a common point of negative control (e.g., the point where no stimulus is applied). Integration on r may be used to compute the distance between two response curves. The distance between response curves is used to classify stimuli.

摘要翻译： 用于计算刺激响应曲线（例如，剂量响应曲线）之间的距离的方法允许对刺激进行分类。 响应曲线显示了一种或多种细胞的表型如何响应刺激的不同水平而改变。 曲线上的每个“点”表示特定刺激水平（例如，治疗剂的剂量）的细胞的定量表型或特征。 签名是细胞的多变量表型表达。 它们包括通过图像分析获得的细胞的各种特征。 为了促进刺激的比较，计算响应曲线上的点之间的距离。 首先，响应曲线可以在表示来自负控制的公共点（例如，不施加刺激的点）的单独距离r的坐标上对准。 可以使用r上的积分来计算两个响应曲线之间的距离。 响应曲线之间的距离用于对刺激进行分类。

公开(公告)号：US07817840B2

公开(公告)日：2010-10-19

申请号：US11375541

申请日：2006-03-13

申请人： Larry C. Mattheakis ,  Jay Kenneth Trautman ,  Gregg Peter Solar ,  Jinhong Fan ,  Eugeni Vaisberg ,  Cynthia Lynn Adams ,  Aibing Rao

发明人： Larry C. Mattheakis ,  Jay Kenneth Trautman ,  Gregg Peter Solar ,  Jinhong Fan ,  Eugeni Vaisberg ,  Cynthia Lynn Adams ,  Aibing Rao

IPC分类号： G06K9/00 ,  G06K9/36 ,  G01N1/30 ,  C12Q1/44

CPC分类号： G06T7/0012 ,  G01N1/30 ,  G01N33/5067 ,  G06K9/00147 ,  G06T7/12 ,  G06T7/41 ,  G06T2207/10056 ,  G06T2207/10064 ,  G06T2207/20152 ,  G06T2207/30024

摘要： Cell based assays are used to assess the hepatotoxicity of a stimulus. Imaging technologies are used to analyze the effects of a stimulus on hepatocytes. Image analysis may characterize the stimulus on the basis of whether it is hepatotoxic, and if so what type of pathology is exhibited; e.g., apoptosis, necrosis, cholestasis, and/or steatosis.

摘要翻译： 基于细胞的测定用于评估刺激的肝毒性。 成像技术用于分析刺激对肝细胞的影响。 图像分析可以基于是否具有肝毒性来表征刺激，如果是这样的病理学展示; 例如凋亡，坏死，胆汁郁积和/或脂肪变性。

公开(公告)号：US20070206845A1

公开(公告)日：2007-09-06

申请号：US11651912

申请日：2007-01-09

申请人： Aibing Rao ,  Eugeni Vaisberg

发明人： Aibing Rao ,  Eugeni Vaisberg

IPC分类号： G06K9/00

CPC分类号： G06T7/0012 ,  G06K9/00127 ,  G06K9/0014 ,  G06T7/13 ,  G06T7/155 ,  G06T2207/20036 ,  G06T2207/30024

摘要： Methods and apparatus, including computer program products, implementing and using techniques for analyzing images of cells and extraction of biologically significant features from the cell images, such as from granules representing intercellular organelles or other features in the images. In various embodiments, the extracted features can include the number of granules, the total surface area of the granules, the mean or maximum intensities of the granules, etc. These features can be determined on a cell-by cell basis, or for particular regions within a single cell, or for various groups of cells.

摘要翻译： 方法和装置，包括计算机程序产品，用于分析细胞图像的实施和使用技术以及从细胞图像提取生物学显着特征，例如来自代表细胞间细胞器的颗粒或图像中的其他特征。 在各种实施方案中，提取的特征可以包括颗粒的数量，颗粒的总表面积，颗粒的平均或最大强度等。这些特征可以基于逐个细胞或特定区域来确定 在单个细胞内，或用于各种细胞群。

公开(公告)号：US20070005263A1

公开(公告)日：2007-01-04

申请号：US11436977

申请日：2006-05-19

申请人： Eugeni Vaisberg ,  Cynthia Adams ,  James Sabry ,  Anne Crompton

发明人： Eugeni Vaisberg ,  Cynthia Adams ,  James Sabry ,  Anne Crompton

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： G16B50/00

摘要： According to the present invention, computer based techniques for using information technology in therapeutics or drug discovery. In an exemplary embodiment, computer based techniques for determining information about the properties of substances based upon information about structure of living or non-living cells exposed to substances are provided. Computer software according to the present invention enables researchers and/or scientists to identify promising candidates in the search for new and better medicines or treatments using, for example, a cellular informatics database.

摘要翻译： 根据本发明，用于在治疗或药物发现中使用信息技术的基于计算机的技术。 在一个示例性实施例中，提供了基于基于关于暴露于物质的生物体或非活细胞结构的信息来确定关于物质属性的信息的基于计算机的技术。 根据本发明的计算机软件使研究人员和/或科学家能够使用例如蜂窝信息学数据库来识别有希望的候选人寻找新的和更好的药物或治疗。

公开(公告)号：US20060228695A1

公开(公告)日：2006-10-12

申请号：US11375597

申请日：2006-03-13

申请人： Larry Mattheakis ,  Jay Trautman ,  Gregg Solar ,  Jinhong Fan ,  Eugeni Vaisberg ,  Cynthia Adams ,  Aibing Rao

发明人： Larry Mattheakis ,  Jay Trautman ,  Gregg Solar ,  Jinhong Fan ,  Eugeni Vaisberg ,  Cynthia Adams ,  Aibing Rao

IPC分类号： C12Q1/00 ,  G06F19/00

CPC分类号： G06T7/0012 ,  G01N1/30 ,  G01N33/5067 ,  G06K9/00147 ,  G06T7/12 ,  G06T7/41 ,  G06T2207/10056 ,  G06T2207/10064 ,  G06T2207/20152 ,  G06T2207/30024

摘要： Cell based assays are used to assess the hepatotoxicity of a stimulus. Imaging technologies are used to analyze the effects of a stimulus on hepatocytes. Image analysis may characterize the stimulus on the basis of whether it is hepatotoxic, and if so what type of pathology is exhibited; e.g., apoptosis, necrosis, cholestasis, and/or steatosis.

公开(公告)号：US20070250301A1

公开(公告)日：2007-10-25

申请号：US11715665

申请日：2007-03-07

申请人： Eugeni Vaisberg ,  Vadim Kutsyy ,  Ke Yang

发明人： Eugeni Vaisberg ,  Vadim Kutsyy ,  Ke Yang

IPC分类号： G06G7/48

CPC分类号： G01N33/5067 ,  G01N15/1475 ,  G01N33/5014 ,  G01N2015/1477 ,  G01N2015/1488 ,  G06K9/00147 ,  G06T7/0012 ,  G06T2207/30024 ,  G16H50/50

摘要： Methods for generating models for predicting biological activity of a stimulus test population of cells are provided. The models may be used to classify or predict the effect of stimuli on cells. In certain embodiments, the methods involve receiving data comprising values for dependent variables associated with stimuli as applied to cell populations; preparing a set of cell populations based on the data received; identifying a subset of the cell populations to be used in generating a model from data associated with the subset, wherein the model is provided to predict activity of a test population.

摘要翻译： 提供了用于产生用于预测细胞的刺激试验群体的生物活性的模型的方法。 这些模型可用于分类或预测刺激对细胞的影响。 在某些实施方案中，所述方法包括接收包含与应用于细胞群体的刺激相关的因变量的值的数据; 根据收到的数据准备一组细胞群; 识别要用于从与所述子集相关联的数据生成模型的所述细胞群体的子集，其中提供所述模型以预测测试群体的活动。

公开(公告)号：US20070031818A1

公开(公告)日：2007-02-08

申请号：US11355258

申请日：2006-02-14

申请人： Vadim Kutsyy ,  Jinhong Fan ,  Eugeni Vaisberg

发明人： Vadim Kutsyy ,  Jinhong Fan ,  Eugeni Vaisberg

IPC分类号： C12Q1/00 ,  C12Q1/68 ,  G06K9/00

CPC分类号： G06T7/0012 ,  G06K9/00147 ,  G06T2207/10056 ,  G06T2207/20081 ,  G06T2207/30024

摘要： Image analysis methods and apparatus are used for distinguishing live and dead cells. The methods may involve segmenting an image to identify the region(s) occupied by one or more cells and determining the presence of a particular live-dead indicator feature within the region(s). In certain embodiments, the indicator feature is a cytoskeletal component such as tubulin. In certain embodiments, the methods may involve determining the value of an indicator expression that is based on cellular components such as DNA and/or cellular protein. Prior to producing an image for analysis, cells may be treated with a marker that highlights the live-dead indicator in the image.

摘要翻译： 图像分析方法和装置用于区分活细胞和死细胞。 所述方法可以包括分割图像以识别由一个或多个单元占用的区域，并确定该区域内特定的活死人指示器特征的存在。 在某些实施方案中，指示剂特征是细胞骨架成分如微管蛋白。 在某些实施方案中，所述方法可以涉及确定基于诸如DNA和/或细胞蛋白质的细胞组分的指示物表达的值。 在生成用于分析的图像之前，可以使用突出显示图像中活死人指示符的标记来处理细胞。