公开(公告)号：US20080228589A1

公开(公告)日：2008-09-18

申请号：US12015143

申请日：2008-01-16

申请人： Ryan T. Koehler ,  Kenneth J. Livak ,  Junko Stevens ,  Francisco M. De La Vega ,  Michael Rhodes ,  Laurent R. Bellon ,  Julie Williams ,  Dennis A. Gilbert ,  Charles R. Scafe ,  Hadar I. Avi-Itzhak ,  Lily Xu ,  Susan Eddins ,  Michael W. Hunkapiller ,  Leila G. Smith

发明人： Ryan T. Koehler ,  Kenneth J. Livak ,  Junko Stevens ,  Francisco M. De La Vega ,  Michael Rhodes ,  Laurent R. Bellon ,  Julie Williams ,  Dennis A. Gilbert ,  Charles R. Scafe ,  Hadar I. Avi-Itzhak ,  Lily Xu ,  Susan Eddins ,  Michael W. Hunkapiller ,  Leila G. Smith

IPC分类号： G06Q30/00

CPC分类号： C12Q1/6858 ,  B01L3/545 ,  B01L3/5453 ,  B01L2300/021 ,  C12Q2600/156 ,  G01N35/00663 ,  G06Q30/0621 ,  G06Q30/0633 ,  G06Q30/0641 ,  G06Q50/22 ,  G16B25/00 ,  G16B30/00 ,  G16B35/00 ,  G16B45/00 ,  G16B50/00 ,  G16C20/60 ,  C12Q2547/101

摘要： Methods and systems for ordering assays which detect SNPs or gene expression are provided. The methods use PCR and RT-PCR procedures. Collections of stock assays are assembled using pre- and post-manufacturing quality control procedures and made available to consumers via the Internet. In addition, custom assays are prepared upon order from the consumer and these assays are also prepared using pre- and post-manufacturing quality control procedures. The assays are then delivered to the consumer.

摘要翻译： 提供了检测SNP或基因表达的排序方法和系统。 方法采用PCR和RT-PCR方法。 库存测定的集合使用制造前和制造后质量控制程序组装，并通过互联网提供给消费者。 此外，根据消费者的命令制备定制测定，并且还使用制造前和制造后质量控制程序制备这些测定。 然后将测定物递送给消费者。

公开(公告)号：US09464320B2

公开(公告)日：2016-10-11

申请号：US13458879

申请日：2012-04-27

申请人： Ryan T. Koehler ,  Kenneth J. Livak ,  Junko Stevens ,  Francisco M. De La Vega ,  Michael Rhodes ,  Laurent R. Bellon ,  Julie Williams ,  Dawn Madden ,  Dennis A. Gilbert ,  Yu N. Wang ,  Eugene G. Spier ,  Xiaoqing You ,  Lily Xu ,  Jeremy Heil ,  Stephen Glanowski ,  Emily S. Winn-Deen ,  Ivy McMullen ,  Leila G. Smith

发明人： Ryan T. Koehler ,  Kenneth J. Livak ,  Junko Stevens ,  Francisco M. De La Vega ,  Michael Rhodes ,  Laurent R. Bellon ,  Julie Williams ,  Dawn Madden ,  Dennis A. Gilbert ,  Yu N. Wang ,  Eugene G. Spier ,  Xiaoqing You ,  Lily Xu ,  Jeremy Heil ,  Stephen Glanowski ,  Emily S. Winn-Deen ,  Ivy McMullen ,  Leila G. Smith

IPC分类号： G06F19/00 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/68 ,  G06F19/28 ,  G06Q30/06 ,  G06Q50/22 ,  G06F19/20 ,  G06F19/22 ,  G06F19/26

CPC分类号： C12Q1/6858 ,  B01L3/545 ,  B01L3/5453 ,  B01L2300/021 ,  C12Q2600/156 ,  C40B50/02 ,  G01N35/00663 ,  G06F19/20 ,  G06F19/22 ,  G06F19/26 ,  G06F19/28 ,  G06Q30/0621 ,  G06Q30/0633 ,  G06Q30/0641 ,  G06Q50/22 ,  C12Q2547/101

摘要： Methods and systems for ordering assays which detect SNPs or gene expression are provided. The methods use PCR and RT-PCR procedures. Collections of stock assays are assembled using pre- and post-manufacturing quality control procedures and made available to consumers via the Internet. In addition, custom assays are prepared upon order from the consumer and these assays are also prepared using pre- and post-manufacturing quality control procedures. The assays are then delivered to the consumer.

摘要翻译： 提供了检测SNP或基因表达的排序方法和系统。 方法采用PCR和RT-PCR方法。 库存测定的集合使用制造前和制造后质量控制程序组装，并通过互联网提供给消费者。 此外，根据消费者的命令制备定制测定，并且还使用制造前和制造后质量控制程序制备这些测定。 然后将测定物递送给消费者。

公开(公告)号：US07085652B2

公开(公告)日：2006-08-01

申请号：US10366977

申请日：2003-02-14

申请人： Charles R. Scaf ,  Nicolas Peyret ,  Francisco M. De La Vega ,  Ryan T. Koehler ,  Eugene G. Spier

发明人： Charles R. Scaf ,  Nicolas Peyret ,  Francisco M. De La Vega ,  Ryan T. Koehler ,  Eugene G. Spier

IPC分类号： G06F19/00 ,  C12Q1/68

CPC分类号： G06F19/20 ,  G06F19/22

摘要： Methods for determining the binding affinity of a probe to a target or targets in a polynucleotide composite using an automated system. Such methods determine relative binding sites based on thermodynamic principles, using a thermodynamic alphabet and a thermodynamic scoring matrix, with appropriate computer software, such as BLASTP. The invention also provides methods for designing polynucleotide probes to be used in hybridization assays, and minimizing the occurrence of cross-hybridization.

公开(公告)号：US20100153017A1

公开(公告)日：2010-06-17

申请号：US12547122

申请日：2009-08-25

申请人： Francisco M. De La Vega ,  Hadar Isaac

发明人： Francisco M. De La Vega ,  Hadar Isaac

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： G06F3/04842 ,  G06F3/0482 ,  G16B20/00 ,  G16B30/00 ,  G16B45/00

摘要： A visual tool facilitates selecting SNPs for genotyping experiments comprises a first memory containing a datastore of pre-calculated linkage disequilibrium map information; a second memory containing a datastore of haplotype block information; and a third memory containing at least one set of tagging SNPs. A graphical user interface provides visualization of SNPs, integrated with a physical genome map. A stepwise selection tool associated with the graphical user interface facilitates selection of tagging SNPs by selectively using the information in at least one of the first, second and third memories.

摘要翻译： 用于选择用于基因分型实验的SNP的视觉工具包括包含预先计算的连锁不平衡图信息的数据库的第一存储器; 第二存储器，其包含单倍型块信息的数据存储区; 以及包含至少一组标签SNP的第三存储器。 图形用户界面提供与物理基因组图集成的SNP的可视化。 与图形用户界面相关联的逐步选择工具有助于通过选择性地使用第一，第二和第三存储器中的至少一个中的信息来选择标记SNP。