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    System, method, and computer software product for generating genotype calls
    1.
    发明申请
    System, method, and computer software product for generating genotype calls 审中-公开
    用于生成基因型呼叫的系统，方法和计算机软件产品

    公开(公告)号：US20050123971A1

    公开(公告)日：2005-06-09

    申请号：US10986963

    申请日：2004-11-12

    申请人： Xiaojun Di ,  Teresa Webster ,  Daniel Bartell ,  Richard Chiles

    发明人： Xiaojun Di ,  Teresa Webster ,  Daniel Bartell ,  Richard Chiles

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00

    CPC分类号： C12Q1/6827 ,  G16B20/00 ,  G16B25/00 ,  G16B40/00 ,  C12Q2565/501

    摘要： A method for calling the genotype of a sample is described comprising the acts of receiving emission data for one or more target sequences each hybridized to a plurality of probe sets, where each of the probe sets comprises a plurality of probe features; calculating a set of values for each of the probe sets associated with each target sequence; selecting one of the set of values for each of the probe sets associated with each target sequence, wherein the value is selected if it is greater than a reference value; determining a significance value from the selected values of all the probe sets associated with each target sequence; and producing a genotype call for each target sequence based upon the significance value.

    摘要翻译： 描述了用于调用样本的基因型的方法，其包括接收与多个探针组杂交的一个或多个靶序列的发射数据的动作，其中每个探针组包括多个探针特征; 计算与每个目标序列相关联的每个探针组的值集合; 为与每个目标序列相关联的每个探针组选择所述一组值中的一个，其中如果所述值大于参考值则选择该值; 从与每个目标序列相关联的所有探针组的选定值中确定显着值; 并根据显着性值对每个靶序列产生基因型调用。

    Methods for genotyping polymorphisms in humans
    2.
    发明申请
    Methods for genotyping polymorphisms in humans 失效
    人类基因分型多态性的方法

    公开(公告)号：US20060024715A1

    公开(公告)日：2006-02-02

    申请号：US11175859

    申请日：2005-07-05

    申请人： Guoying Liu ,  Simon Cawley ,  Hajime Matsuzaki ,  Earl Hubbell ,  Geoffrey Yang ,  Teresa Webster ,  Rui Mei ,  Xiaojun Di ,  Richard Chiles

    发明人： Guoying Liu ,  Simon Cawley ,  Hajime Matsuzaki ,  Earl Hubbell ,  Geoffrey Yang ,  Teresa Webster ,  Rui Mei ,  Xiaojun Di ,  Richard Chiles

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12M1/34

    CPC分类号： C12Q1/6883 ,  C12Q2600/156

    摘要： Methods, kits and arrays of nucleic acid probes for genotyping large numbers of human SNPs in parallel are provided. A set of more than 100,000 human SNPs, known to be biallelic in at least two populations is provided. Allele specific perfect match probes and genotyping probe sets are provided for each allele of each biallelic SNP in a set of human SNPs that is useful for genetic analysis within and across populations. Probe sets that include perfect match and mismatch probes are provided. The probe sets are suitable for inclusion in an array. The invention provides the SNP and surrounding sequence and provides the sequences in such a way as to make them available for a variety of analyses including genotyping. As such, the invention relates to diverse fields impacted by the nature of genetics, including biology, medicine, and medical diagnostics.

    摘要翻译： 提供了用于并行分析大量人类SNP的核酸探针的方法，试剂盒和阵列。 提供了一组超过100,000个人类SNP，已知在至少两个人群中是双向的。 为一组人类SNP中的每个双重性SNP的每个等位基因提供等位基因特异性完全匹配探针和基因分型探针组，其可用于群体内和跨群体的遗传分析。 提供包括完美匹配和不匹配探针的探针组。 探头组适合包含在阵列中。 本发明提供了SNP和周围序列，并提供了这样的序列，使得它们可用于各种分析，包括基因分型。 因此，本发明涉及受遗传学性质影响的不同领域，包括生物学，医学和医学诊断。

    System, method, and computer software for genotyping analysis and identification of allelic imbalance
    6.
    发明申请
    System, method, and computer software for genotyping analysis and identification of allelic imbalance 有权
    系统，方法和计算机软件进行基因分型分析和鉴定等位基因不平衡

    公开(公告)号：US20050250151A1

    公开(公告)日：2005-11-10

    申请号：US11181584

    申请日：2005-07-14

    申请人： Rui Mei ,  Teresa Webster

    发明人： Rui Mei ,  Teresa Webster

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

    CPC分类号： G06F19/18 ,  G06F19/20 ,  G06F19/26

    摘要： Methods, systems and computer software products are provided for determining genotype of a sample using a plurality of probes. In one preferred embodiment, a tentative genotype call is made based upon the relative allele signals. Pattern recognition is then used to validate the tentative call.

    摘要翻译： 提供了使用多个探针来确定样品的基因型的方法，系统和计算机软件产品。 在一个优选实施方案中，基于相对等位基因信号进行临时基因型呼叫。 然后使用模式识别来验证暂定呼叫。

    System, method, and computer software for genotyping analysis and identification of allelic imbalance
    7.
    发明授权
    System, method, and computer software for genotyping analysis and identification of allelic imbalance 有权
    系统，方法和计算机软件进行基因分型分析和鉴定等位基因不平衡

    公开(公告)号：US07280922B2

    公开(公告)日：2007-10-09

    申请号：US11181584

    申请日：2005-07-14

    申请人： Rui Mei ,  Teresa Webster

    发明人： Rui Mei ,  Teresa Webster

    IPC分类号： G06F17/00 ,  C12Q1/68

    CPC分类号： G06F19/18 ,  G06F19/20 ,  G06F19/26

    摘要： Methods, systems and computer software products are provided for determining genotype of a sample using a plurality of probes. In one preferred embodiment, a tentative genotype call is made based upon the relative allele signals. Pattern recognition is then used to validate the tentative call.

    摘要翻译： 提供了使用多个探针来确定样品的基因型的方法，系统和计算机软件产品。 在一个优选实施方案中，基于相对等位基因信号进行临时基因型呼叫。 然后使用模式识别来验证暂定呼叫。

    System, method, and computer software for the presentation and storage of analysis results
    10.
    发明申请
    System, method, and computer software for the presentation and storage of analysis results 有权
    系统，方法和计算机软件，用于演示和存储分析结果

    公开(公告)号：US20110246085A1

    公开(公告)日：2011-10-06

    申请号：US13161150

    申请日：2011-06-15

    申请人： Shantanu Kaushikkar ,  Teresa Webster ,  Rui Mei ,  Linda McAllister

    发明人： Shantanu Kaushikkar ,  Teresa Webster ,  Rui Mei ,  Linda McAllister

    IPC分类号： G06F19/00

    CPC分类号： G06F19/20 ,  B01J2219/007 ,  G01N2035/00158 ,  G06F19/18 ,  G06F19/26 ,  Y10S707/99943

    摘要： A computer program product, and related systems and methods, are described that processes emission intensity data corresponding to probes of a biological probe array. The computer program includes a genotype and statistical analysis manager that determines absolute or relative expression values based, at least in part, on a statistical measure of the emission intensity data and at least one user-selectable statistical parameter. The analysis manager may also determine genotype calls for one or more probes based, at least in part, on the emission intensity data. The analysis manager may further display the absolute or relative expression values based, at least in part, on at least one user-selectable display parameter and/or a measure of normalized change between genotype calls. The measure of normalized change may be based, at least in part, on a comparison of genotype calls and a reference value.

    摘要翻译： 描述了计算机程序产品以及相关系统和方法，其处理对应于生物探针阵列的探针的发射强度数据。 所述计算机程序包括基因型和统计分析管理器，所述基因型和统计分析管理器至少部分地基于所述发射强度数据和至少一个用户可选择的统计参数的统计测量来确定绝对或相对表达值。 至少部分地基于发射强度数据，分析管理器还可以确定对一个或多个探针的基因型呼叫。 至少部分地基于至少一个用户可选显示参数和/或基因型呼叫之间的归一化变化的量度，分析管理器可进一步显示绝对或相对表达值。 归一化变化的度量可以至少部分地基于基因型呼叫和参考值的比较。