公开(公告)号：WO2006138284A3

公开(公告)日：2007-12-13

申请号：PCT/US2006022950

申请日：2006-06-13

Applicant: CALLIDA GENOMICS INC ,  DRMANAC RADOJE

Inventor： DRMANAC RADOJE

IPC: C12Q1/68 ,  C07H21/02

CPC classification number: C12Q1/6874 ,  C07H21/04 ,  C07K1/047 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/682 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2525/151 ,  C12Q2525/313 ,  C12Q2531/125 ,  C12Q2565/513 ,  G01N15/1404 ,  G01N15/1434 ,  Y10S977/778 ,  Y10S977/789 ,  Y10S977/792 ,  Y10S977/88 ,  Y10S977/882 ,  C12Q2521/307 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2565/514

Abstract: The invention provides methods and kits for ordering sequence information derived from one or more target polynucleotides. In one aspect, one or more tiers or levels of fragmentation and aliquoting are generated, after which sequence information is obtained from fragments in a final level or tier. Each fragment in such final tier is from a particular aliquot, which, in turn, is from a particular aliquot of a prior tier, and so on. For every fragment of an aliquot in the final tier, the aliquots from which it was derived at every prior tier is known, or can be discerned. Thus, identical sequences from overlapping fragments from different aliquots can be distinguished and grouped as being derived from the same or different fragments from prior tiers. When the fragments in the final tier are sequenced, overlapping sequence regions of fragments in different aliquots are used to register the fragments so that non-overlapping regions are ordered. In one aspect, this process is carried out in a hierarchical fashion until the one or more target polynucleotides are characterized, e.g. by their nucleic acid sequences, or by an ordering of sequence segments, or by an ordering of single nucleotide polymorphisms (SNPs), or the like.

Abstract translation: 本发明提供了用于排序从一个或多个目标多核苷酸衍生的序列信息的方法和试剂盒。 在一个方面，产生一个或多个分层或等级的碎片和等分试样，之后从最终级别或层级的片段获得序列信息。 这样的最后一层中的每个片段都来自特定的等分试样，反过来，这些等分试样来自先前层的特定等分试样，依此类推。 对于最后一层中的等分试样的每个片段，从每个先前的层次派生的等分试样是已知的，或者可以被辨别出来。 因此，来自不同等分试样的重叠片段的相同序列可以被区分并分组为从与先前层相同或不同的片段衍生的。 当最终层中的片段被排序时，使用不同等分试样的片段的重叠序列区域来登记片段，使得非重叠区域被排序。 在一个方面，该方法以分级方式进行，直到一个或多个目标多核苷酸被表征为例如。 通过其核酸序列，或通过序列片段的排序，或通过单核苷酸多态性（SNP）等的排序。

公开(公告)号：WO2007114931A2

公开(公告)日：2007-10-11

申请号：PCT/US2007/008422

申请日：2007-04-03

Applicant: NANOMIX, INC.

Inventor： TU, Eugene ,  VALCKE, Christian

IPC: A61K31/395 ,  A61K31/202

CPC classification number: C12Q1/6825 ,  B01L3/502761 ,  B01L3/5029 ,  B01L2200/027 ,  B01L2200/10 ,  B01L2300/0645 ,  C12Q1/682 ,  C12Q1/6823 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2521/319 ,  C12Q2565/519

Abstract: Methods of detection of biomolecules are described, including methods of amplification of analyte target species and target reporters by analyte-triggered action of an enzyme such a nuclease, polymerase, and the like. Amplified target species (e.g., amplicons and reporters) are detectable by several embodiments of nanoelectronic sensors having aspects of the invention, and by alternative convention biomolecule detection methods.

Abstract translation: 描述了检测生物分子的方法，包括通过酶如核酸酶，聚合酶等的分析物触发作用扩增分析物靶物种和靶标记者的方法。 通过具有本发明方面的纳米电子传感器的几个实施方案和通过替代的常规生物分子检测方法可检测扩增的靶物种（例如扩增子和报告物）。

公开(公告)号：WO2007108378A1

公开(公告)日：2007-09-27

申请号：PCT/JP2007/055036

申请日：2007-03-14

Applicant: エーザイ・アール・アンド・ディー・マネジメント株式会社 ,  波木井 千雅子 ,  薄井 貢

Inventor： 波木井 千雅子 ,  薄井 貢

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/09

CPC classification number: C12Q1/682 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2537/125

Abstract: 　ポリマーを効率的且つ定量的に形成することができるシグナルプローブポリマーの形成方法、該方法で形成されるシグナルプローブポリマー、該方法で用いられるオリゴヌクレオチド・プローブ、及び高感度で定量性に優れた標的分析物の検出方法を提供する。５’端部から順に核酸領域Ｘ、Ｙ及びＺが設けられた３箇所の核酸領域からなる第１プローブと、５’端部から順に核酸領域Ｘ’、Ｙ’及びＺ’が設けられた３箇所の核酸領域からなる第２プローブと、からなる一対のオリゴヌクレオチド・プローブの複数対を反応させてポリマーを形成させる方法であって、前記オリゴヌクレオチド・プローブの各領域の長さが１３～１５塩基であるようにした。

Abstract translation: 公开了一种能够有效和定量地形成聚合物的信号探针聚合物的形成方法; 通过该方法形成的信号探针聚合物; 用于该方法的寡核苷酸探针; 以及具有高灵敏度和优异定量能力的目标物质检测方法。 形成信号探针聚合物的方法包括使多对寡核苷酸探针彼此反应以形成聚合物，其中每对寡核苷酸探针包含具有三个核苷酸区段X，Y和Z的第一探针，其以5 '末端和具有从5'端按顺序排列的三个核苷酸区段X'，Y'和Z'的第二个探针，寡核苷酸探针中的每个区段具有13至15个核苷酸的长度。

公开(公告)号：WO2006137932A2

公开(公告)日：2006-12-28

申请号：PCT/US2005/040133

申请日：2005-11-03

Applicant: LEUCADIA TECHNOLOGIES, INC. ,  ADAMS, Thomas ,  JABLONSKI, Edward

Inventor： ADAMS, Thomas ,  JABLONSKI, Edward

IPC: H01L21/00

CPC classification number: G01N33/542 ,  C07K16/3069 ,  C12N15/1075 ,  C12Q1/6804 ,  C12Q1/6832 ,  G01N2458/10 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2563/131 ,  C12Q2537/101 ,  C12Q2527/101

Abstract: The present invention provides novel binding pair compositions of defined and limited stability comprising nucleic acid detection markers useful for the homogeneous, sensitive detection of analytes. Also provided are methods for the sensitive homogeneous detection of analytes, particularly analytes of clinical relevance. Kits for preparing binding pairs of the invention and for performing the methods of the invention are also provided.

Abstract translation: 本发明提供了限定和有限稳定性的新型结合对组合物，其包含用于分析物的均相敏感检测的核酸检测标记。 还提供了敏感均匀检测分析物，特别是临床相关性分析物的方法。 还提供了用于制备本发明的结合对和用于实施本发明的方法的试剂盒。

公开(公告)号：WO2006005081A3

公开(公告)日：2006-11-16

申请号：PCT/US2005023949

申请日：2005-06-30

Applicant: APPLERA CORP ,  LAO KAI QIN

Inventor： LAO KAI QIN

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6858 ,  C12Q1/6823 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2521/101 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2521/319

Abstract: The present disclosure provides methods and compositions to detect a specific nucleotide at a selected position of a polynucleotide target sequence.

Abstract translation: 本公开提供了检测多核苷酸靶序列的选定位置处的特定核苷酸的方法和组合物。

公开(公告)号：WO2006092588A1

公开(公告)日：2006-09-08

申请号：PCT/GB2006/000719

申请日：2006-03-01

Applicant: LINGVITAE AS ,  JAPPY, John, William, Graham ,  LEXOW, Preben

Inventor： LEXOW, Preben

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6855 ,  C12Q1/6874 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2521/313 ,  C12Q2525/191

Abstract: A method of identifying at least one characteristic of a target molecule comprises the steps of: (i) converting the at least one characteristic into a signal polynucleotide; and (ii) identifying the signal polynucleotide sequence, thereby identifying the at least one characteristic of the target molecule wherein each signal polynucleotide comprises at least one control sequence that defines a characteristic of the signal polynucleotide, and wherein identification of the control sequence confirms whether the signal polynucleotide sequence has been identified correctly, and, optionally, if the identification is not correct, provides the necessary information to determine what the correct signal polynucleotide sequence should be.

Abstract translation: 鉴定靶分子的至少一个特征的方法包括以下步骤：（i）将至少一种特征转化为信号多核苷酸; 鉴定信号多核苷酸序列，从而鉴定靶分子的至少一个特征，其中每个信号多核苷酸包含限定信号多核苷酸特征的至少一个控制序列，并且其中控制序列的鉴定确认是否 已经正确鉴定了信号多核苷酸序列，并且可选地，如果鉴定不正确，则提供必要的信息以确定正确的信号多核苷酸序列应该是什么。

公开(公告)号：WO2005086634A3

公开(公告)日：2006-08-10

申请号：PCT/US2005000386

申请日：2005-01-07

Applicant: ISIS PHARMACEUTICALS INC ,  ECKER DAVID J ,  GRIFFEY RICHARD H ,  SAMPATH RANGARAJAN ,  HOFSTADLER STEVEN A ,  MCNEIL JOHN ,  CROOKE STANLEY T

Inventor： ECKER DAVID J ,  GRIFFEY RICHARD H ,  SAMPATH RANGARAJAN ,  HOFSTADLER STEVEN A ,  MCNEIL JOHN ,  CROOKE STANLEY T

IPC: G01N33/48 ,  C12P19/34

CPC classification number: C07H21/04 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/686 ,  G06F19/16 ,  G06F19/22 ,  G06F19/28 ,  Y10T436/24 ,  C12Q2565/627 ,  C12Q2563/179

Abstract: The present invention relates generally to the field of investigational bioinformatics and more particularly to secondary structure defining databases. The present invention further relates to methods for interrogating a database as a source of molecular masses of known bioagents for comparing against the molecular mass of an unknown or selected bioagent to determine either the identity of the selected bioagent, and/or to determine the origin of the selected bioagent. The identification of the bioagent is important for determining a proper course of treatment and/or irradication of the bioagent in such cases as biological warfare. Furthermore, the determination of the geographic origin of a selected bioagent will facilitate the identification of potential criminal identity.

Abstract translation: 本发明一般涉及研究生物信息学领域，更具体地涉及定义数据库的二级结构。 本发明还涉及询问数据库作为已知生物标签的分子量来源的方法，用于与未知或选择的生物标签的分子量进行比较以确定所选择的生物标签的身份，和/或确定所选生物标记的来源 所选的生物标签。 生物制剂的鉴定对于在诸如生物战争的情况下确定生物制剂的适当治疗过程和/或辐照是重要的。 此外，确定所选择的生物制剂的地理起源将有助于确定潜在的犯罪认同。

公开(公告)号：WO2005118847A1

公开(公告)日：2005-12-15

申请号：PCT/EP2005/005859

申请日：2005-05-30

Applicant: KEYGENE N.V. ,  HOGERS, René, Cornelis, Josephus

Inventor： HOGERS, René, Cornelis, Josephus

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6827 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q1/6862 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2525/125 ,  C12Q2521/501 ,  C12Q2521/319 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2521/325

Abstract: The invention relates to a method for the detection of target nucleic acid sequences based on ligation of a first and a second probe that are hybridized adjacent on a target nucleic acid sequence, removal of any unligated probes, preferably by exonuclease treatment, amplification of a portion of the second probe that does not contain the target specific section to provide amplicons and detection of said amplicons. The second probe comprises a second target binding section, one or two primer binding sequences and an identifier. The first probe preferably does not comprise a primer binding sequence, preferably consists of a first target binding section and is preferably exonuclease resistant.

Abstract translation: 本发明涉及一种基于在靶核酸序列上与邻近杂交的第一和第二探针的连接来检测靶核酸序列的方法，优选通过外切核酸酶处理去除任何未标记的探针，扩增部分 的第二探针，其不包含靶特异性区段以提供扩增子和所述扩增子的检测。 第二探针包括第二靶结合部分，一个或两个引物结合序列和标识符。 第一探针优选不包含引物结合序列，优选由第一靶结合部分组成并且优选为外切核酸酶抗性。

公开(公告)号：WO2005074417A2

公开(公告)日：2005-08-18

申请号：PCT/US2004/028939

申请日：2004-09-03

Applicant: SALK INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STUDIES ,  KOLMAN, John, L. ,  WAHL, Geoffrey, M.

Inventor： KOLMAN, John, L. ,  WAHL, Geoffrey, M.

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6804 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2563/179

Abstract: Provided herein are multiple antigen detection (MAD) assays and reagents for performing such assays. MAD assay embodiments are useful for identifying proximal antigens in a sample ( e.g ., antigens existing in a complex), and are performed by contacting a sample with two or more hybrids, where each hybrid comprises a nucleic acid and a binding partner that specifically binds to an antigen. In these embodiments, the hybrid nucleic acids hybridize to one another when the hybrids bind to proximal antigens, and the hybridization product then is detected, often by a polymerase chain reaction (PCR) process or a nucleic acid binding agent comprising a detectable label MAD assays and reagents are applicable to antigen detection in situ, chromatin immunoprecipitation and genomic sequencing, detection of proximal intramolecular regions in an antigen, detecting antigen multimerization, diagnostics and therapeutics. Also provided are kits for conducting MAD applications.

Abstract translation: 本文提供了用于进行这种测定的多重抗原检测（MAD）测定和试剂。 MAD测定实施方案可用于鉴定样品中的近端抗原（例如存在于复合物中的抗原），并且通过使样品与两个或更多个杂交体接触来进行，其中每个杂合物包含核酸和特异性结合于 抗原。 在这些实施方案中，当杂交体结合近端抗原时，杂交核酸彼此杂交，然后通常通过聚合酶链式反应（PCR）方法或包含可检测标记MAD测定法的核酸结合剂检测杂交产物 并且试剂适用于原位抗原检测，染色质免疫沉淀和基因组测序，检测抗原中近端分子内区域，检测抗原多聚化，诊断和治疗。 还提供了用于进行MAD应用的套件。

公开(公告)号：WO2004083819A3

公开(公告)日：2005-08-11

申请号：PCT/US2004008332

申请日：2004-03-17

Applicant: TRACE GENETICS INC ,  ESHLEMAN JASON ,  MALHI RIPAN

Inventor： ESHLEMAN JASON ,  MALHI RIPAN

IPC: G01N20060101 ,  G01N33/48 ,  G01N37/00

CPC classification number: C12Q1/68 ,  G06F19/28 ,  C12Q2563/185 ,  C12Q2563/179

Abstract: A molecular identification marker for biological samples taken, for example, at a crime scene to confirm the chain of custody and identity of the biological samples at the time of analysis in a laboratory and method of use. The molecular identification marker also acts as an indicator of cross-contamination between marked samples or between reference and unknown biological samples. One embodiment of the molecular identification marker is a segment of DNA with at least one mutagenic primer site configured to produce a unique variant after mutagenic PCR, a segment configured to amplify for a selected forensic locus; and a segment configured for use with a probe to quantify the molecular identification marker.

Abstract translation: 用于生物样品的分子识别标记，例如在犯罪现场，以在实验室和使用方法分析时确认生物样品的保管链和身份。 分子识别标记还可用作标记样品之间或参考和未知生物样品之间交叉污染的指标。 分子识别标记的一个实施方案是具有至少一个诱变引物位点的DNA片段，其配置为在致突变PCR之后产生唯一变体，构建成扩增选定法证位点的片段; 以及被配置为与探针一起使用以对量化分子识别标记的片段。