本发明提供一种菊苣发酵制品及其制备方法。该方法包括如下步骤：1)将菊苣浸泡于水中，破碎打浆、均质，制得浆液；2)向浆液中加入培养基成分后，接入肠膜明串珠菌进行第一发酵，制得第一发酵液；3)向pH值为4.5～6的果蔬液中加入果胶酶进行酶解处理，制得酶解果蔬液；4)向酶解果蔬液中加入培养基成分后，接入复合乳酸菌进行第二发酵，制得第二发酵液；5)向第二发酵液中加入培养基成分后，接入复合酵母菌进行第三发酵，制得第三发酵液；6)将第一发酵液和第三发酵液混匀后离心，对离心上清液均质、灭菌后，制得菊苣发酵制品。该发酵制品口感好、风味独特，具有良好的免疫调节和抗氧化等功能，适用人群范围广泛。