本发明提供一种蓝莓发酵制品及其制备方法。所述方法包括1)将蓝莓洗净破碎后，添加水得到蓝莓液，向其中加入果胶酶和纤维素酶进行酶解，获得酶解液；2)向所述酶解液中加入碳源、氮源和无机盐后，接入肠膜明串珠菌进行第一发酵，当发酵液的pH值降低0.5以上时，获得第一发酵液；3)向所述第一发酵液中加入碳源和氮源后，接入复合乳酸菌进行第二发酵，所述复合乳酸菌包括嗜热链球菌、德氏乳杆菌保加利亚亚种，以及植物乳杆菌，当发酵液总糖含量低于3wt％时，获得第二发酵液；4)将所述第二发酵液混匀后离心，对离心上清液均质、灭菌后，制得蓝莓发酵制品。本发明方案能在较短发酵时间内获得具有较低糖含量、口感好、风味独特的蓝莓发酵制品。