本发明提供了一种考虑电机能耗的能量最优自适应巡航控制方法及系统，属于车辆控制技术领域。在传统的自适应巡航控制器中引入电机能耗作为经济性评价指标，同时建立表征跟踪性评价指标、舒适性评价指标和安全性约束条件，基于自适应权重参数以综合考虑上述各性能指标并适应不同行驶工况下的性能需求，构造待优化问题的目标函数及其约束条件，求出最优转矩，经执行机构作用至受控车辆，完成受控车辆的跟驰行驶，提高电机的工作效率。本发明在对能量最优自适应巡航控制器设计时考虑了前车加速度扰动，使得受控车辆及时采取加减速等措施来跟踪前车行驶状态的变化，从而提高车辆的速度跟踪性。