本发明公开了一种双轴精密离心机相位同步测量系统及测量方法，涉及双轴精密离心机技术领域，实时控制系统包括FPGA芯片、高频脉冲信号采集卡、高频脉冲信号发送卡，高频脉冲信号采集卡以及高频脉冲信号发送卡分别与FPGA芯片连接，工控机通过以太网与高频脉冲信号采集卡连接；工控机还与主轴伺服驱动器连接；高频脉冲信号发送卡与从轴伺服驱动器连接，主轴增量式圆光栅以及从轴增量式圆光栅分别与高频脉冲信号采集卡连接，从轴电机以及从轴绝对式圆光栅分别与从轴伺服驱动器连接；主轴电机以及主轴绝对式圆光栅分别与主轴伺服驱动器连接。