本发明公开了一种基于多种身份信息融合的防疫检测系统及防疫检测方法，属于轨道交通技术领域，其包括图像识别组件、疫检工控服务器、核心交换机和过检组件；利用图像识别组件中防跟随模块和人脸识别模块的对应设置，可以实现乘客过检进站时的防跟随检验，并在此基础上完成人脸图像的采集，实现人脸图像与公安数据平台中身份数据的核对，以及疫情防控数据库中防疫信息的校验，完成乘客的防疫检测进站。本发明基于多种身份信息融合的防疫检测系统，可以实现乘客身份信息的精准识别，自动实现乘客防疫检测、乘客进站打卡等功能，在满足疫情防控常态化的要求下，有效地实现缩短乘客进站时间,简化进站手续，提升乘客体验，降低地铁站务人员劳动强度。