本发明公开了一种轨道交通非付费区换乘快速安检通行系统，属于轨道交通安检通行技术领域，包括第一通行站点和第二通行站点，该第一通行站点与第二通行站点的乘车区域不互通。其中，第一通行站点包括第一进站口、第一出站口和第二出站口；第二通行站点包括第二进站口，第三进站口和第三出站口，并在第二出站口设置信息采集模块，第二进站口设置信息收集模块。本申请中的轨道交通非付费区换乘快速安检通行系统通过信息采集模块和信息收集模块对乘客人脸信息、安检信息和健康码信息的传递识别，实现了第一通行站点处入站检测信息在第二通行站点的互通使用，避免在第二站点处再次进行安检，节省了通行时间，大大提高非付费区换乘乘客的通行效率。