本申请公开了一种高速公路通行瓶颈识别与排队预测方法、系统及存储介质。其中方法包括获取实时上下游交通流参数，所述交通流参数包括通行速度与流率；设定瓶颈有效性激活条件，根据所述交通流参数进行瓶颈识别；识别激活瓶颈在多个连续时间段内的持续性；根据速度变化关系识别拥堵状态与拥堵发生时刻；根据所述拥堵发生时刻建立排队长度预测方法；应用所述排队长度预测方法进行瓶颈拥堵路段排队长度预测。本申请通过以上技术方案可以准确地识别瓶颈位置与持续时间，克服了原有方法预测交通拥堵排队长度准确度不足的缺点。