本发明属于地下结构工程技术领域，具体涉及一种地下工程结构缝间主动挤压凝结囊垫弹性体防水结构及施工方法，包括囊垫弹性体防水密封复合结构，其包括单个或成对设置在构件接缝处的密封囊垫，构件上开设有用于安置密封囊垫的构件沟槽，密封囊垫包括囊垫本体、密封凸起、囊垫空腔以及注液结构。在拼装前将囊垫空腔内部空气抽出，使囊垫紧贴沟槽底部，进一步降低囊垫高度，避免拼装过程中发生磕碰损伤；在拼装完成后，利用注液管向囊垫预留空腔内注液，通过控制注液压力，来控制囊垫接触密封压力值，进而确保囊垫弹性体密封止水效果，待囊垫空腔内注液体凝结固化完成后，即可形成永久的防水防线，实现地下结构的密封止水功能。