本发明属于二氧化碳处理技术领域，尤其是一种用于船舶的二氧化碳处理系统及其处理方法，针对现有的无法对二氧化碳回收利用，需要使用较多的醇胺溶液的问题，现提出如下方案，其包括储液箱，储液箱内盛放氢氧化钙水溶液，所述储液箱的顶部通过螺栓固定有煅烧箱，所述储液箱的顶部通过四个支腿固定有吸收塔，且吸收塔位于煅烧箱的上方，本发明中，氢氧化钙水溶液对二氧化碳进行处理后，能够将后续产生的碳酸钙进行反应形成氧化钙和二氧化碳，不但能够收集到纯净的二氧化碳，且氧化钙与水方反应形成的氢氧化钙水溶液可以重复使用，降低二氧化碳处理的成本，且回收的纯净二氧化碳能够用于其他工业中，增加资源的利用率。