公开(公告)号：CN107964506B

公开(公告)日：2020-06-30

申请号：CN201610911929.9

申请日：2016-10-19

申请人： 深圳华大基因研究院

发明人： 金广怀 ,  熊思驰 ,  董宇亮 ,  章文蔚 ,  陈波宏 ,  娄菲 ,  冯凡 ,  王鹤

IPC分类号： C12M1/36 ,  C12M1/34 ,  C12M1/00 ,  C12Q3/00

摘要： 本发明公开了一种发酵补料优化控制系统和方法，所述系统包括发酵罐、补料瓶、用于实时监测所述发酵罐中糖浓度的葡萄糖电极和用于实时监测所述发酵罐中菌体OD的光密度电极，以及用于泵入补料培养基的外接补料泵和外接电脑控制系统，其连接所述葡萄糖电极、光密度电极和补料泵，根据所述糖浓度、菌体OD和设定的比生长速率控制所述补料泵的运行速度，以控制比生长速率的补料模式和连续流加的形式从所述补料瓶向所述发酵罐补充补料培养基。本发明的系统和方法，能够提高发酵补料自动化过程并且有利于提高菌体发酵密度，提高目的蛋白表达。

公开(公告)号：CN109207571A

公开(公告)日：2019-01-15

申请号：CN201710522336.8

申请日：2017-06-30

申请人： 深圳华大基因研究院

发明人： 李卓坤 ,  徐东洋 ,  杨晋 ,  顾颖 ,  黎宇翔 ,  陈奥 ,  徐崇钧 ,  章文蔚

IPC分类号： C12Q1/6869

摘要： 本发明公开了一种检测核酸内切酶酶切位点的方法。本发明利用芯片上数以十亿计的核酸序列来高通量系统性的检测核酸内切酶对DNA的识别切割位点及核心序列特征，采用两次测序分别获取碱基序列及正常的双链DNA，同时根据酶切前后荧光信号的改变，运用生物信息分析方法得到内切酶的识别切割位点。通过对内切酶识别切割位点的研究，可检测内切酶的识别切割位点的倾向性，并且可以提前预测内切酶的星号活性及基因组编辑技术中内切酶的脱靶效应，同时，也可用于大规模筛选新型基因组编辑系统中使用的内切酶所需要识别的PAM序列。与现有技术中的测序方法相比，本发明的检测方法具有速度快且通量高的优势。

公开(公告)号：CN102839168A

公开(公告)日：2012-12-26

申请号：CN201210269087.3

申请日：2012-07-31

申请人： 深圳华大基因研究院

发明人： 耿春雨 ,  韩鸿雁 ,  卢志远 ,  章文蔚 ,  祝珍珍

IPC分类号： C12N15/10 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/68 ,  C40B50/06 ,  C40B40/06

摘要： 本发明提出了探针及其制备方法和应用。其中，制备探针的方法包括：将DNA样本进行片段化，以便获得第一DNA片段；将第一DNA片段进行平端化，以便获得经过平端化的第一DNA片段；将经过平端化的第一DNA片段与接头进行连接，以便获得连接接头的第一DNA片段；利用PCR引物组对连接接头的第一DNA片段进行扩增，以便得到第一扩增产物，该PCR引物组包括第一PCR引物和第二PCR引物，该第一PCR引物和第二PCR引物的5’末端碱基均被生物素标记，该第一扩增产物构成双链DNA探针。利用该方法得到的探针，能够有效地用于降低宏基因组构建文库中宿主基因组DNA的污染。

公开(公告)号：CN107002153B

公开(公告)日：2020-10-27

申请号：CN201680003838.3

申请日：2016-01-13

申请人： 深圳华大生命科学研究院 ,  深圳华大基因科技有限公司

发明人： 王欧 ,  程小芳 ,  章文蔚 ,  邹良英 ,  常灿坤 ,  蒋慧

IPC分类号： C12Q1/6806 ,  C12N15/10 ,  C12M1/00 ,  C40B50/06 ,  C40B60/14

摘要： 本发明提供了一种构建长片段测序文库的方法。本发明提供的方法包括如下步骤：1)制备含有单链DNA的5184孔板；2)将所述单链DNA等量分装到5184孔板每个孔中；3)将全基因组扩增反应体系分装到步骤2)处理后的5184孔板每个孔中，反应；4)将片段化反应液分装到步骤3)处理的5184孔板每个孔中，反应；5)将步骤4)处理后的5184孔板每个孔中的核酸分子添加不同标签序列，即得到测序文库。

公开(公告)号：CN107075513A

公开(公告)日：2017-08-18

申请号：CN201480081861.5

申请日：2014-09-12

申请人： 深圳华大基因科技有限公司

发明人： 耿春雨 ,  巴林杰丹尼斯·G. ,  张艳艳 ,  傅书锦 ,  贺玲瑜 ,  章文蔚 ,  蒋慧

IPC分类号： C12N15/11 ,  C40B40/06 ,  C40B50/06 ,  C12Q1/68

摘要： 提供了分离的寡核苷酸及其在核酸测序中的用途，该分离的寡核苷酸包括：第一链，所述第一链的5’末端核苷酸具有磷酸基团，并且所述第一链的3’末端核苷酸为双脱氧核苷酸；以及第二链，所述第二链的5’末端核苷酸不具有磷酸基团，并且所述第二链的3’末端核苷酸为双脱氧核苷酸，其中，所述第一链的长度大于所述第二链的长度，并且所述第一链和所述第二链之间形成双链结构。

公开(公告)号：CN107075512A

公开(公告)日：2017-08-18

申请号：CN201480081517.6

申请日：2014-10-14

申请人： 深圳华大基因科技有限公司

发明人： 江媛 ,  赵霞 ,  耿春雨 ,  傅书锦 ,  贺玲瑜 ,  苏小珊 ,  吴凡子 ,  李雅乔 ,  章文蔚 ,  蒋慧 ,  阿莱克谢耶夫安德烈 ,  徳马纳克拉多杰

IPC分类号： C12N15/11 ,  C40B50/06 ,  C40B40/06 ,  C12Q1/68

摘要： 提供了一种接头元件和使用该接头元件构建测序文库的方法，所述接头元件由接头A和接头B组成；接头A由一条核酸长链与一条核酸短链互补配对而成，长链5’端具有磷酸修饰，短链3’端为封闭修饰，短链中具有酶作用位点；接头B为一条核酸单链，其3’端能与接头A长链5’端互补配对；所述接头A的长链和接头B中具有II型限制性内切酶识别位点。使用本发明的接头元件构建测序文库时，在保证接头连接方向性的同时，解决了片段互连、接头自连、连接效率低的问题，减少了步骤间的纯化反应，缩短了连接时间，降低了成本。

公开(公告)号：CN106795514A

公开(公告)日：2017-05-31

申请号：CN201480081687.4

申请日：2014-11-21

申请人： 深圳华大基因科技有限公司

发明人： 江媛 ,  郭晶 ,  纪晓钧 ,  耿春雨 ,  田凯 ,  赵霞 ,  徐怀前 ,  章文蔚 ,  蒋慧 ,  拉多杰·德马纳克

IPC分类号： C12N15/11 ,  C40B50/06 ,  C40B40/06 ,  C12Q1/68

摘要： 提供了一种泡状接头和利用该接头构建的单链环状文库，所述文库可用于RNA测序及其它依赖单链环状文库的测序平台，具有测序通量高、准确度高和操作简便的优点。

公开(公告)号：CN106319639A

公开(公告)日：2017-01-11

申请号：CN201510336616.0

申请日：2015-06-17

申请人： 深圳华大基因科技有限公司

发明人： 纪晓钧 ,  郭晶 ,  祝珍珍 ,  耿春雨 ,  章文蔚 ,  蒋慧

IPC分类号： C40B50/06 ,  C12Q1/68 ,  C40B60/14

摘要： 本发明提供了一种构建测序文库方法及设备，所述方法包括：(1)将mRNA打断，以便获得片段化mRNA；(2)将所述片段化mRNA去磷酸化，以便获得去磷酸化mRNA；(3)将所述去磷酸化mRNA连接3’端接头，以便获得连接产物；(4)将所述连接产物进行反转录，以便获得cDNA；(5)从所述cDNA分离单链DNA；以及(6)将所述单链DNA进行环化，以便获得环状DNA，所述环状DNA构成所述测序文库。利用本发明的该方法，可以利用非常微量的RNA用于构建文库，且无需进行PCR。

公开(公告)号：CN111187797A

公开(公告)日：2020-05-22

申请号：CN201911113592.7

申请日：2019-11-14

申请人： 深圳华大生命科学研究院 ,  深圳华大基因科技有限公司

发明人： 汪建 ,  徐讯 ,  汪军 ,  沈玥 ,  倪鸣 ,  章文蔚 ,  李汉东 ,  王勇 ,  江湘儿 ,  张焕贵 ,  胡书环 ,  冯利鹤 ,  孙宝策 ,  黄小罗 ,  周超

IPC分类号： C12P19/34

摘要： 本申请涉及核酸的化学合成。本申请提供了一种合成各自独立地具有预先确定的序列的n种(n≥2)目标核酸分子的方法。

公开(公告)号：CN107075508A

公开(公告)日：2017-08-18

申请号：CN201480083529.2

申请日：2014-11-21

申请人： 深圳华大基因科技有限公司

发明人： 江媛 ,  田凯 ,  赵霞 ,  章文蔚 ,  徐怀前 ,  蒋慧 ,  拉多杰.德马纳克 ,  耿春雨

IPC分类号： C12N15/10 ,  C40B50/06 ,  C40B40/06 ,  C40B80/00 ,  C12Q1/68

摘要： 一种使用鼓泡状接头元件构建测序文库的方法，采用两个序列不同的鼓泡状接头元件，该鼓泡状接头元件的中间鼓泡结构为不匹配序列，以匹配的测序序列作为PCR引物，通过PCR过程，实现不匹配链的置换；该方法通过一次接头加载及PCR扩增过程就可以保证DNA片段两端连上不同的测序序列，同时实现片段扩增。利用该方法构建测序文库，可进行核酸测序。