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公开(公告)号：CN111378720A
公开(公告)日：2020-07-07
申请号：CN201910211343.5
申请日：2019-03-20
申请人： 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号： C12Q1/6806 , C12Q1/6869 , C40B50/06
摘要： 本发明公开了长链非编码RNA的测序文库构建方法及其应用。其中，该长链非编码RNA的测序文库构建方法包括：对所述待测样本进行去除rRNA处理，以便得到去除rRNA的产物；基于所述去除rRNA的产物进行逆转录处理，以便得到单链DNA，其中，所述逆转录处理的引物具有SEQ ID NO：1所示的序列；将所述单链DNA进行第一扩增处理，以便得到双链DNA；将所述双链DNA进行片段化处理，以便得到DNA片段；以及将所述DNA片段进行第二扩增处理，所述第二扩增的产物构成所述测序文库。该方法先通过rRNA去除探针去除rRNA，再进行逆转录，避免了大量的rRNA对mRNA和lncRNA逆转录的影响，并且，利用rRNA去除探针去除rRNA，rRNA的去除率高，方法的稳定性好。
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公开(公告)号：CN116469456A
公开(公告)日：2023-07-21
申请号：CN202310454928.6
申请日：2023-04-21
申请人： 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号： G16B5/00 , G16B20/30 , G06F18/214 , G06N20/00
摘要： 本发明涉及一种用于可变剪切事件预测的机器学习模型的训练方法和可变剪切事件的预测方法及应用。该用于可变剪切事件预测的机器学习模型的训练方法包括：确定用于获取可变剪切事件的预测结果的候选软件；基于所述候选软件获得机器学习模型的训练真集；以及，使用所述机器学习模型的训练真集对预定机器学习模型进行训练，所述预定机器学习模型采用从所述候选软件中确定的多个软件对可变剪切事件的预测结果获得单一可变剪切事件预测结果。本发明的方法能够显著提高预测结果的置信度，可以达到更加准确的可变剪切事件的预测效果。
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公开(公告)号：CN113026114B
公开(公告)日：2022-10-28
申请号：CN201911353781.1
申请日：2019-12-25
申请人： 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号： C40B50/06
摘要： 本发明公开了缓冲液及其应用，其中，该缓冲液包括：5‑25mM Tris缓冲液、5‑20mM二价阳离子、75‑150mM一价阳离子、0.05‑2质量％表面活性剂和0.5‑2mM二硫苏糖醇，pH8‑10。该缓冲液的兼容性好，稳定性高，适用于文库构建过程中的多步反应，使文库构建过程中的多步反应可以连续进行，无需纯化，显著降低了反应时间，并且，有利于提高构建DNA文库的方法的效率和稳定性，同时，对T4DNA连接酶无明显的抑制作用。
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公开(公告)号：CN117235515A
公开(公告)日：2023-12-15
申请号：CN202310445007.3
申请日：2023-04-21
申请人： 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号： G06F18/214 , G06N20/00
摘要： 本发明涉及一种用于可变剪切事件预测的机器学习模型的训练装置和可变剪切事件的预测装置及应用。训练装置包括获取候选软件单元、获得训练真集单元和训练单元，其中，所述获取候选软件单元，用于确定获取可变剪切事件的预测结果的候选软件；所述获得训练真集单元，基于所述候选软件获得机器学习模型的训练真集；所述训练单元，用于使用所述机器学习模型的训练真集对预定机器学习模型进行训练，所述预定机器学习模型采用从所述候选软件中确定的多个软件对可变剪切事件的预测结果获得单一可变剪切事件预测结果。本发明的装置能够显著提高预测结果的置信度，可以达到更加准确的可变剪切事件的预测效果。
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公开(公告)号：CN111073952A
公开(公告)日：2020-04-28
申请号：CN201910202577.3
申请日：2019-07-15
申请人： 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号： C12Q1/6806 , C40B50/06
摘要： 本发明公开了构建DNA文库的方法及其应用。其中，该方法包括将DNA样本进行末端修复后，利用耐高温聚合酶对DNA样本进行加腺苷酸尾处理，以便得到加尾后的DNA，其中，所述末端修复和所述加腺苷酸尾处理是连续进行的；以及将所述加尾后的DNA进行接头连接处理，以便得到连接产物，DNA文库其中，所述末端修复和加腺苷酸尾处理的条件是：27-37摄氏度，5-30分钟；70-75摄氏度，10-20分钟。该方法末端修复和加腺苷酸尾处理连续进行，中间无需纯化处理，稳定性好，同时还显著缩短了反应时间和反应流程。
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公开(公告)号：CN110706737A
公开(公告)日：2020-01-17
申请号：CN201910784122.7
申请日：2019-08-23
申请人： 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要： 本申请涉及一种对目标序列进行模拟的方法、装置和电子设备。该方法包括：获取参比序列和待拟合序列；基于目标序列的碱基对应的参比序列的基准参数和待拟合序列的基准参数，获得碱基的比较参数，其中，待拟合序列的基准参数基于多个碱基获得；基于比较参数确定碱基是否合格以获得合格碱基和不合格碱基；对不合格碱基的比较参数进行迭代消减以获得目标参数，迭代消减的迭代次数基于比较参数，且每次迭代消减与至少一个碱基的至少一个比较参数相关联；以及，基于合格碱基和不合格碱基的目标参数确定目标序列的模拟后的序列。这样，可以模拟真实靶向捕获测序数据的参数波动，使模拟数据更加贴近真实。
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公开(公告)号：CN109920485A
公开(公告)日：2019-06-21
申请号：CN201910202272.2
申请日：2019-03-18
申请人： 浙江安诺优达生物科技有限公司 , 安诺优达基因科技(北京)有限公司
IPC分类号： G16B30/00
摘要： 本发明公开了对测序序列进行变异模拟的方法及其应用，其中，对测序序列进行变异模拟的方法包括：获取待模拟区域的碱基序列；将所述碱基序列进行变异状态标记，以便得到标记后的特征串；选取待添加的变异；将所述待添加的变异整合至所述标记后的特征串上，以便得到添加变异后的特征串；以及将所述添加变异后的特征串进行碱基还原，以便得到变异模拟后的序列。该方法通过对碱基序列的变异状态进行标记，设定碱基的变异类型，从而对各种变异进行模拟，变异模拟的方法简单，生成速度快，并能根据需要设计特殊的变异组合用于测试，变异模拟后的序列的仿真程度高。
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公开(公告)号：CN211645259U
公开(公告)日：2020-10-09
申请号：CN201921931825.X
申请日：2019-11-11
摘要： 本实用新型提供一种DNA处理器、文库构建器、杂交捕获文库的制备装置，所述制备装置顺序包括文库构建器和杂交组件。所述文库构建器基于经所述提取部件提取的备处理的DNA建立DNA文库样本，所述杂交组件基于所述文库构建器建立的DNA文库样本制备杂交捕获文库。本实用新型涉及的装置采用双标签的策略，在加接头时将文库两端加入不同的随机标签，通过PCR扩增，每个相同来源的DNA片段形成带有互补标签家族的正负链文库，起到对同一个模板的DNA正负链进行区分的目的，通过对正负链的高深度测序，互相校正，从而降低假阳性率，避免PCR错误及测序错误及DNA损伤等。
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公开(公告)号：CN118380045B
公开(公告)日：2024-09-10
申请号：CN202410807227.0
申请日：2024-06-21
申请人： 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要： 本发明提供了一种基因变异信息的检测方法和装置。该检测方法包括：将参考基因组和待测基因组按照染色体成对进行拆分，获得多个染色体对；将多个染色体对进行Mummer比对，获得每个染色体对所对应的Mummer比对结果；对每个染色体对所对应的Mummer比对结果进行SyRI和Assemblitics分析，获得SyRI分析结果和Assemblitics分析结果；对Mummer比对结果、SyRI分析结果和Assemblitics分析结果中的变异信息进行整合，得到全基因组范围的变异信息。利用不同种类的检测软件分析处理每对染色体，通过特定的整合方式，能够较快地得到对变异位置进行基因注释的具体信息。
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公开(公告)号：CN118335196A
公开(公告)日：2024-07-12
申请号：CN202410761258.7
申请日：2024-06-13
申请人： 安诺优达基因科技(北京)有限公司
摘要： 本发明公开了一种微小染色体组装鉴定装置，包括：数据获取模块，被设置为基于样本获取基因测序数据；组装模块，被设置为将数据获取模块获取的基因测序数据组装成为染色体水平的序列；比对模块，被设置为将组装模块组装的染色体水平的序列与数据库模块中存储序列的数据进行比对，筛选获得候选微小染色体序列；数据库模块，存储已知的微小染色体序列数据；判定模块，被设置为根据微小染色体特征判定输入的候选微小染色体序列中最终的微小染色体。本装置可以对基因测序数据进行染色体水平的组装，通过与构建的微小染色体库进行比对，并根据微小染色体特征稳定鉴定出组装基因组中的微小染色体。
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