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公开(公告)号：CN118048455A
公开(公告)日：2024-05-17
申请号：CN202410117025.3
申请日：2024-01-26
申请人： 广州国家实验室 , 中山大学附属第六医院
IPC分类号： C12Q1/6886 , G01N33/574 , G16B25/10
摘要： 本发明属于诊断技术领域，具体涉及结直肠癌标志物及其应用。本发明首次公开了本发明首次公开了90个markers中的一种或多种作为结直肠癌的早期筛查、诊断、分期、监测、疗效评估、或预后评估的标志物，通过检测上述标志物的含量、表达量和/或活性可以实现对结直肠癌的早期筛查、诊断、严重程度评估、监测、疗效评估、或预后评估。
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公开(公告)号：CN117912573B
公开(公告)日：2024-05-17
申请号：CN202410303148.6
申请日：2024-03-18
申请人： 南开大学
摘要： 本发明涉及生物分子网络构建技术领域，具体为基于深度学习的多层次生物分子网络构建方法。本发明中，从公共数据库中收集生物分子数据，生物分子数据包括蛋白质作用数据、基因表达数据、代谢途径数据和蛋白质结构数据，利用基于图的聚类算法模型，根据蛋白质作用数据和基因表达数据进行生物分子网络的建构，利用基于系统生物学的模型，根据代谢途径数据和蛋白质结构数据进行生物分子网络的建构，计算基两者生物分子网络的平均最短路径长度，将两者的长度进行比对，根据比对结果进行最终生物分子网络的确定以及对基于图的聚类算法模型和基于系统生物学的模型的优化。
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公开(公告)号：CN118038960A
公开(公告)日：2024-05-14
申请号：CN202410155747.8
申请日：2024-02-04
申请人： 西安理工大学
IPC分类号： G16B5/00 , G16B25/10 , G16B40/00 , G06F18/214 , G06N3/0464 , G06N3/048 , G06N3/08
摘要： 基于深度学习的单细胞数据中基因因果关系的推断方法，包括以下步骤：步骤1，构建输入二维直方图；步骤2，构建高效残差空洞网络模型；步骤3，采用三折交叉验证法对高效残差空洞网络模型预测基因因果关系进行验证；具有更强的初级特征提取能力与更强的获得广泛的上下文信息，并且参数的数量级别大大降低，调优的负担减轻，轻量化的特点。
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公开(公告)号：CN118016271A
公开(公告)日：2024-05-10
申请号：CN202410052222.1
申请日：2024-01-12
申请人： 武汉大学中南医院
摘要： 本发明提供一种血管性抑郁识别模型的构建方法及系统，包括：采集待测者的血浆样品，对所述血浆样品进行预处理，得到处理后血浆样品结果；对所述处理后血浆样品结果进行LC‑MS/MS检测，获得血浆蛋白定量信息；通过差异倍数和T检验P值筛选所述血浆蛋白定量信息，得到血浆差异表达蛋白；利用XGBoost机器学习算法和LASSO分析从所述血浆差异表达蛋白中分离得到血浆蛋白标志物；采用Logistic回归分析，利用所述血浆蛋白标志物建立血管性抑郁识别模型。本发明通过提出的不依赖于临床量表和神经影像学的血管性抑郁模型构建方法，根据特定的血浆蛋白标志物组合可以有效识别出血管性抑郁，具有良好的临床使用价值和推广价值。
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公开(公告)号：CN118016149A
公开(公告)日：2024-05-10
申请号：CN202410419410.3
申请日：2024-04-09
IPC分类号： G16B20/00 , G16B25/10 , G16B40/30 , G06V20/69 , G06N3/042 , G06N3/0455 , G06N3/0464 , G06F18/2135 , G06F18/22
摘要： 本发明提供了一种整合空间转录组多模态信息的空间域识别方法，属于空间转录组学技术领域；解决了现有大多数方法在有效利用空间信息和匹配的高分辨率组织学图像方面存在局限性及空间域识别精度低的问题；包括如下步骤：获取数据集；数据集加载与预处理；图像切割和形态特征提取；通过不同的相似性度量构造空间邻接矩阵、特征邻接矩阵和形态邻接矩阵，然后结合基因表达矩阵构建空间图、特征图和形态图；搭建由多通道图卷积自编码器MCGCN()和NB解码器Decoder()构成的空间域识别模型并训练，得到潜在嵌入特征；对潜在嵌入特征进行聚类以生成聚类标签，用于空间域的识别；本发明应用于空间转录组学空间域识别。
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公开(公告)号：CN117995274A
公开(公告)日：2024-05-07
申请号：CN202410195419.0
申请日：2024-02-22
申请人： 黄佳惠
摘要： 本发明展示了一项先进的芦笋野生种质资源高通量测序及功能基因挖掘技术，采用跨界融合的次世代测序（NGS）技术和复杂性生物信息学分析方法，实现了对芦笋基因组的全面解析和深入挖掘。通过精细化的全基因组高覆盖率测序策略，结合多维度数据整合与生物信息学算法，如高级别的组装算法（De Bruijn图与Overlap‑layout‑consensus策略）、同源性搜索、以及基于机器学习的功能基因预测模型，本发明不仅精确识别出与芦笋抗病性、耐逆性和生长发育等关键性状相关的功能基因，还通过CRISPR‑Cas9等基因组编辑技术实现了对这些基因的精确调控和功能验证，为芦笋的分子育种与遗传改良提供了一套高效、准确的技术平台，极大地推进了芦笋分子育种技术的发展和应用，具有显著的创新性和应用价值。
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公开(公告)号：CN117992858A
公开(公告)日：2024-05-07
申请号：CN202410398016.6
申请日：2024-04-03
申请人： 中山大学
摘要： 本发明公开了一种免疫细胞亚群识别方法、系统、电子设备及存储介质，该方案包括：获取单细胞转录数据和普通转录数据，根据单细胞转录数据和普通转录数据确定相关系数矩阵；然后获取普通转录组的表型信息数据，根据表型信息数据和相关系数矩阵进行计算，得到回归系数集，根据回归系数集将单细胞转录数据分类为关键细胞集和不相关细胞集，并根据关键细胞集与不相关细胞集确定目标免疫细胞类群；然后，对目标免疫细胞类群进行聚类，得到多个免疫细胞亚群，对多个免疫细胞亚群进行组别分布偏好性计算，确定目标免疫细胞亚群；关联单细胞转录数据和普通转录数据，提高转录数据利用率和识别效率。本申请实施例可广泛应用于生物信息处理技术领域。
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公开(公告)号：CN117976051A
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202311817803.1
申请日：2023-12-27
申请人： 郑州安图生物工程股份有限公司 , 上海安图生物技术有限公司
摘要： 本发明涉及微生物宏基因组测序检测技术领域，具体涉及一种宏基因组测序数据分析方法、计算机介质、系统。本发明方法，以reads比对到基因组上的离散程度(指标1)联合属内最高reads数比值(指标2)，作为数据过滤条件，对微生物基因组序列比对结果进行过滤，排除假阳性。本发明充分考虑过滤指标的生物学意义，以reads覆盖在基因组上的离散程度作为过滤指标，减弱基因组大小差异的影响。同时，相比传统的方法，采用reads数与属内最高reads数物种的reads数比值作为过滤指标，评估受属内reads数最高物种同源性带来的干扰，进一步降低假阳性。相对传统阈值的过滤效果，本发明可以在保证足够敏感性的同时，有效控制假阳性结果。
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公开(公告)号：CN117976046A
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202410008577.0
申请日：2024-01-03
申请人： 长沙金域医学检验实验室有限公司
摘要： 本发明涉及数据处理领域，揭露了一种基因差异化表达分析方法、系统、电子设备及存储介质，其中，所述方法包括：获取实验样本对应的预设分析基因集中每个分析基因的实验基因表达数量及对照样本对应的预设分析基因集中每个分析基因的对照基因表达数量，计算每个基因在实验样本和对照样本间的表达差异倍数、表达差异大小、表达差异显著性，得到差异倍数特征值、差异大小特征值及差异显著性系数，基于所述差异倍数特征值、所述差异大小特征值及所述差异显著性系数，对所述分析基因集中的分析基因进行表达差异分析，得到分析结果。本发明主要目的在于提高了基因差异化表达分析的准确性。
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公开(公告)号：CN117935928A
公开(公告)日：2024-04-26
申请号：CN202410092691.6
申请日：2024-01-22
摘要： 本发明公开了一种基于蛋白组学的高级别浆液性卵巢癌免疫分型模型的构建方法及应用。本发明通过对高级别浆液性卵巢癌的石蜡组织进行非标记定量蛋白质组学测序，利用xCell进行细胞型反卷积分析，通过蛋白表达数据评估组织中不同细胞的比例，基于推断的细胞占比通过共识聚类将高级别浆液性卵巢癌分为不同的亚型；分析发现，晚期高级别浆液性卵巢癌中包含数量相等的IC1和IC2两种亚型，通过多种机器学习算法组合，最终鉴定出其中3个基因(ISG15、ITGB2、RELA)用于区分晚期高级别浆液性卵巢癌中的两型患者。本发明能够为预测晚期高级别浆液性卵巢癌患者的潜在免疫治疗获益者和患者预后带来新的策略，且为晚期高级别浆液性卵巢癌患者的预后评估和健康管理提供指导。
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