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    使用增强的核苷酸特异性三元复合物形成检测的核酸测序方法和系统
    71.
    发明授权
    使用增强的核苷酸特异性三元复合物形成检测的核酸测序方法和系统 有权 转让

    公开(公告)号：CN109072297B

    公开(公告)日：2022-09-13

    申请号：CN201780014376.X

    申请日：2017-04-21

    申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司

    发明人： 科里·M·丹巴赫

    IPC分类号： C12Q1/6869

    摘要： 提供用于检测核苷酸特异性三元复合物的形成的方法和系统，所述核苷酸特异性三元复合物包含DNA聚合酶、核酸和与所述引发的模板核酸的模板化碱基互补的核苷酸。所述方法和系统促进下一正确核苷酸的确定，而无需将所述核苷酸以化学方式掺入所述引物中。这有利地提高信噪比并且增加可在边结合边测序方案中获得的结果的质量，并且使得能够实现延伸的读段长。这些结果甚至可在使用未标记、原生核苷酸的程序中实现。

    用于二倍体基因组组装和单倍型序列重建的方法、软件和系统
    72.
    发明授权
    用于二倍体基因组组装和单倍型序列重建的方法、软件和系统 有权

    公开(公告)号：CN107615283B

    公开(公告)日：2022-07-05

    申请号：CN201680030485.6

    申请日：2016-05-23

    申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司

    发明人： C·金 ,  P·佩鲁索 ,  D·兰克

    IPC分类号： G16B20/20 ,  G16B20/40 ,  G16B30/20 ,  C12P19/34

    摘要： 示例性实施方案提供了用于二倍体基因组组装和单倍型序列重建的方法和系统。所述示例性实施方案的各方面包括：从两个单倍型的读段产生融合组装图，所述融合组装图包括所鉴别的主要重叠群和相关重叠群；使用已定相的读段和所述已定相的读段的感知到有单倍型的重叠来产生单倍型特异组装图；将所述融合组装图和所述单倍型特异组装图合并来产生合并的组装单倍型图；从所述合并的组装单倍型图去除交叉定相的连线以产生最终单倍型已分辨的组装图；以及从所述最终单倍型已分辨的组装图重建单倍型特异重叠群，从而产生单倍型特异重叠群。

    多处理器流水线架构
    73.
    发明公开
    多处理器流水线架构 审中-实审

    公开(公告)号：CN114691585A

    公开(公告)日：2022-07-01

    申请号：CN202210398695.8

    申请日：2016-05-05

    申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司

    发明人： S·E·赫尔格森 ,  M·米利迪 ,  M·T·拉卡塔 ,  J·N·拉布伦茨

    IPC分类号： G06F13/42 ,  G06F15/82 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20 ,  G16B50/00

    摘要： 一种将来自测序样本采集的信号转换为序列数据的多处理器流水线架构，其包括：定制协处理器卡，其配置为直接接收由图像传感器产生的串行传感器数据流，其中所述传感器数据表示构成所述图像传感器的像素的逐帧强度值；第一协处理器，其连续地接收所述串行传感器数据流并将所述逐帧强度值转置为反应单元组块；缓冲器，其重复地接收所述反应单元组块并在连续存储器位置存储较大预定时间窗口内每个相应反应单元的所述反应单元组块，以产生较大反应单元组块；以及多个第二协处理器，其检索来自所述缓冲器的所述较大反应单元组块，并且并行地将所述像素强度值转换为逐碱基序列数据。

    用于错误校正的序列读数迭代聚类
    76.
    发明授权
    用于错误校正的序列读数迭代聚类 有权

    公开(公告)号：CN105849555B

    公开(公告)日：2019-05-14

    申请号：CN201480069926.4

    申请日：2014-12-10

    申请人： 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司

    发明人： H-H·曾

    IPC分类号： G01N33/48

    摘要： 示例性实施方式提供了用于错误校正的序列读数的迭代聚类的方法和系统。示例性实施方式的方面包括接收序列读数的集和相关的质量值；将序列读数基于序列相似性分组为初始簇的集；生成各初始簇的簇共有区；基于与序列读数相关的质量值和簇共有区迭代改进聚类；并且生成并输出各簇的最终簇共有区。