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公开(公告)号：CN119028451A
公开(公告)日：2024-11-26
申请号：CN202411193364.6
申请日：2024-08-28
Applicant: 广州大学
Abstract: 本申请提供了一种基于批量测序数据预测空间转录组miRNA活性的方法及装置，根据本申请的方法包括：收集Bulk测序数据并进行预处理后获取第一数据集，收集空间转录组学数据并进行预处理后获取第二数据集；通过所述第一数据集获取训练好的机器学习模型，并通过网格搜索法获取所述训练好的机器学习模型的最优超参数组合；以及，基于所述训练好的机器学习模型预测第二数据集中的miRNA活性。本申请提供的技术方案可以提供高精度的miRNA活性预测方法。
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公开(公告)号：CN118155722A
公开(公告)日：2024-06-07
申请号：CN202410191413.6
申请日：2024-02-21
Applicant: 广州大学
IPC: G16B40/00 , G16B30/00 , G06N3/045 , G06N3/0475 , G06N3/094 , G06F18/23213
Abstract: 本说明书实施例提供了一种基于生成式对抗网络的DNA存储纠错方法及系统，其中，方法包括：基于A、T、C、G分布均匀的DNA模板链生成DNA序列数据集，分为训练集和测试集；构建生成式对抗网络模型GAN，基于训练集对生成式对抗网络模型GAN进行训练，并通过测试集进行测试后得到训练好的GAN模型；对存储的DNA分子序列进行测序，根据测序结果进行聚类筛选，得到DNA簇；根据预设规则选取合适的DNA簇，对测序得到序列信息按照预设的规则进行图像转换，生成对应的序列图片；将生成的序列图片经GAN模型的生成器得到纠错后的图片信息，再按照规则还原成编码序列，完成纠错。本发明能够获得到准确和可信的DNA序列，复现率较高。
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公开(公告)号：CN118039023A
公开(公告)日：2024-05-14
申请号：CN202410097624.3
申请日：2024-01-23
Applicant: 广州大学
Abstract: 本发明公开了一种基于动态异构图的药物‑靶点关系预测方法及系统，所述方法包括：获取药物与靶点相互作用数据集，将数据集划分为训练集、验证集和测试集；基于数据集建立药物‑靶点动态异构图网络；建立相互作用预测模型，所述相互作用预测模型用于，基于药物‑靶点动态异构图网络，采用图神经网络模型计算药物和靶点的表征向量，计算药物的表征向量与靶点的表征向量的内积,得到二者的相关性,将相关性作为药物靶点预测；通过训练集对相互作用预测模型进行训练，验证集选择与优化相互作用预测模型超参数、权重及训练轮数；将测试集输入训练好的相互作用预测模型预测药物‑靶点关系。本发明可以实现基于动态异构图的药物‑靶点关系预测方法。
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公开(公告)号：CN116705168A
公开(公告)日：2023-09-05
申请号：CN202310681068.X
申请日：2023-06-08
Applicant: 广州大学
IPC: G16B40/00 , G06N3/0455 , G06N3/084
Abstract: 本说明书实施例提供了一种基于深度自编码器的疾病相关miRNAs预测方法及系统，其中，方法包括：从TCGA数据库中获取样本的miRNAs表达谱数据，对获取的miRNAs表达谱数据分别进行标准化处理；所述样本包括疾病样本和正常样本；利用矩阵分解方法，对标准化处理后的miRNAs表达谱数据中的零值进行填充，使用填充后的miRNAs表达谱数据训练深度自编码器模型；基于所述深度自编码器模型训练反向编码器，根据所述反向编码器获得疾病样本的miRNA表达谱数据与疾病相关性大小，得到与疾病相关性高的miRNA。本发明能够发现新的疾病相关miRNAs，促进疾病的诊断及治疗。
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公开(公告)号：CN116364185A
公开(公告)日：2023-06-30
申请号：CN202310173414.3
申请日：2023-02-27
Applicant: 广州大学
Abstract: 本发明公开了一种基于调制技术的多级目录DNA存储编解码方法，其包括如下步骤：S100：生成引物序列和文件数据序列的调制码表，构建引物序列数据集和文件绝对路径集；S200：将待存储二进制文件调制成DNA序列，合成后进行体外存储；S300：选择目标引物，从合成池中扩增出目标逻辑磁盘下的DNA分子并测序；S400：对测序数据的每个读长根据观测调制序列，计算其文件绝对路径并以此对测序数据进行分组；S500：根据编码DNA链长度及文件绝对路径，生成用于解码各分组数据的调制序列；并用此调制序列按照调制DNA存储解码算法解码数据。本发明基于调制技术设计寻址序列，提出多级目录DNA存储编解码方法，可实现高效、灵活的DNA存储文件管理方式。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114783520A
公开(公告)日：2022-07-22
申请号：CN202210380866.4
申请日：2022-04-12
Applicant: 广州大学
Abstract: 一种基于生物网络的个性化疾病病前状态识别方法，包括：对获取的单个体个性化时序样本数据进行标准化处理，根据时间点将标准化处理后的样本时序数据分为参考样本数据与待测样本数据；根据参考样本数据，得到基准样本数据；从全局蛋白质互作网络提取每个基因的表达模式，计算待测样本数据或参考样本数据中，每个时间点中每个基因相对于基准样本的距离分数；根据距离分数，得到每个时间点标准化的距离分数，根据每个时间点标准化距离分数，识别疾病病前状态；本发明识别疾病病前状态精度高，由于该方法主要是使用基因间调控关系作为背景进行数据处理和分析，因此该方法更具有生物意义，计算过程简单，计算耗时少。
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公开(公告)号：CN112582030B
公开(公告)日：2023-08-15
申请号：CN202011508358.7
申请日：2020-12-18
Applicant: 广州大学
Abstract: 本发明提供的一种基于DNA存储介质的文本存储方法，方法包括：获取原始文本，对原始文本进行编码得到DNA存储序列；将DNA存储序列进行合成，得到DNA分子序列，对DNA分子序列进行扩增，将扩增后的DNA分子序列进行存储；获取存储的DNA分子序列，进行转码得到原始文本；进行转码得到原始文本包括步骤：对存储的DNA分子序列进行测序，得到DNA分子序列的读长；预处理读长，去除读长中的噪音数据，将预处理后的读长进行转码得到原始文本。方法通过直接通过序列的读长将存储的DNA分子序列进行转换，去除了较多的冗余码，提高了存储效率，方法转码以及解码过程中，充分运用了原始文本中的语义信息，查询处理能力强，可广泛应用于系统生物学研究技术领域。
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公开(公告)号：CN109033750B
公开(公告)日：2021-11-16
申请号：CN201810787841.X
申请日：2018-07-18
Applicant: 广州大学
Abstract: 本发明公开了一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法，包括如下步骤：①确定miRNA‑mRNA调控关系表；②基因差异表达分析，确定显著差异变化的基因；③计算miRNA表达变化矩阵(ΔEmiR)和mRNA表达变化矩阵(ΔEGene)；④根据miRNA表达变化矩阵及miRNA‑mRNA调控关系表，计算所有miRNAs对靶基因mRNA的协同效应(ΔR)；⑤计算mRNA表达变化与ΔR之间的皮尔森相关系数，获得显著负相关的基因；⑥计算单个miRNA对相应靶基因mRNA的影响。本发明考虑多个miRNAs对靶基因mRNA的协同作用效果，并提出了量化miRNA对其影响的方法。该方法对于筛选在疾病发生发展中起到关键作用的miRNA具有重要的意义。
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公开(公告)号：CN114661870B
公开(公告)日：2024-08-06
申请号：CN202210380861.1
申请日：2022-04-12
Applicant: 广州大学
Abstract: 本发明公开了一种基于miRNAs表达谱和自然语言模型的癌症分类方法，包括如下步骤：对癌症miRNA表达数据集样本的预处理；根据miRNA的表达数据，构建邻居miRNA频数数据表；遍历每一个miRNA表达样本，基于统计语言模型方法分别计算每个样本在癌症组和正常组中的统计概率；根据待测样本在癌症组和正常组中的统计概率特征，构建分类器预测待测样本所属类别。本发明基于自然语言模型的癌症分类方法，具有高效预测且计算简单的优点。本方法着重考虑样本内miRNA分子表达值的排名先后顺序，无需关注miRNA分子在样本间的表达差异。本发明不受基因组测序批次效应的影响，对于癌症样本的分类具有广泛的适用性。
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公开(公告)号：CN118432812A
公开(公告)日：2024-08-02
申请号：CN202410429780.5
申请日：2024-04-10
Applicant: 广州大学
Abstract: 本说明书实施例提供了一种基于调制DNA存储的可否认加密方法及装置，其中，方法包括：使用相似的机密密钥和诱骗密钥分别加密机密信息和诱骗信息为DNA序列并混合存储；利用DNA存储信道中的固有噪声模糊两个DNA序列的调制特征，并控制混合DNA序列中机密信息和诱骗信息的体量以及混合时的浓度；当面临胁迫攻击者时，发送诱骗密钥给攻击者，并基于所述诱骗密钥从所述混合DNA序列中解密出诱骗信息；基于所述机密密钥从所述合DNA序列中解密机密信息。
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