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公开(公告)号：CN119028443A
公开(公告)日：2024-11-26
申请号：CN202310596719.5
申请日：2023-05-24
申请人： 深圳华大生命科学研究院 , 湖北华大基因研究院
IPC分类号： G16B35/10 , G16B40/00 , G16B50/30 , G06F16/2458 , G06F16/22
摘要： 本公开提出一种数据存储方法、数据读取方法及装置，涉及计算机技术领域。该方法包括：接收生物数据文件，提取生物数据文件中的基因数据；接收掩膜图像文件，获取掩膜图像文件中的细胞数据；将细胞数据以及基因数据进行数据统计，得到统计数据；将细胞数据、基因数据以及统计数据进行分类存储。本公开实现依据新的存储细胞表达量信息数据的格式进行分类存储，将无序数据转换成有序数据，减少了数据的冗余，降低了存储成本。
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公开(公告)号：CN119028444A
公开(公告)日：2024-11-26
申请号：CN202310604448.3
申请日：2023-05-24
申请人： 深圳华大生命科学研究院 , 湖北华大基因研究院
IPC分类号： G16B35/10 , G16B40/00 , G16B50/30 , G06F16/2458 , G06F16/22
摘要： 本公开提出一种数据存储方法、数据读取方法及装置，涉及计算机技术领域。该方法包括：获取生物数据文件，并提取生物数据文件的原始生物数据；对原始生物数据进行数据归并；将归并后的生物数据按预设格式进行分类存储。本公开实现按预设格式分类存储，将无序数据转换成有序数据，减少了数据的冗余，降低了存储成本。
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公开(公告)号：CN111628779B
公开(公告)日：2023-10-20
申请号：CN202010472611.1
申请日：2020-05-29
申请人： 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： H03M7/30 , G06F16/174
摘要： 本发明涉及一种FASTQ文件的并行压缩和解压方法及系统，包括以下步骤：S1将FASTQ文件切分成若干数据块；S2移动每个所述数据块首尾的文件偏移量，使每个所述数据块间首尾相衔；S3并行压缩各个数据块，过程中，每个数据块由一个工作线程独立压缩，且数据块的索引信息被记录；S4并行解压各个数据块，过程中，每个数据块由一个工作线程独立解压，该过程基于对应数据块的索引信息。其通过在压缩过程中使用的短读序列头部查找方法，以及解压过程中利用索引信息，实现的高效并行压缩和解压，解决了数据分块方案下的线程阻塞问题。
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公开(公告)号：CN119132425A
公开(公告)日：2024-12-13
申请号：CN202310694450.4
申请日：2023-06-12
申请人： 深圳华大生命科学研究院
摘要： 本公开提供了一种基因表达矩阵的计算方法及装置、电子设备和存储介质，根据基因注释文件，对比对文件中的短读数据进行注释，确定第一短读数据所属的第一基因；将第一基因中的第一短读数据进行分子标识矫正，获得第一短读数据的分子标识矫正结果；继续对第二短读数据进行注释获得第二注释信息，确定第二短读数据所属的第二基因，并对第二基因中的第二短读数据进行分子标识矫正，获得第二短读数据的分子标识矫正结果；在比对文件中所有的短读数据均执行完分子标识矫正的情况下，输出对应的基因表达矩阵。本公开实施例通过对不同染色体进行串行处理，对每个染色体中的基因的短读数据采用并行处理的方式，可以充分的利用计算资源，提高计算效率。
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公开(公告)号：CN115497569A
公开(公告)日：2022-12-20
申请号：CN202110669731.5
申请日：2021-06-17
申请人： 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： G16B50/50
摘要： 本发明公开了生物序列标识符的压缩方法及装置、解压方法及装置。对于基因测序文件中的每个标识符，将所述标识符拆分成若干子标识符；定义若干窗口的编码规则，所述编码规则与所述子标识符的文本格式相匹配；将指代含义相同的子标识符划分至相同的窗口；对于各个窗口，根据对应的编码规则对所述窗口中的所有子标识符进行编码，并将各个窗口的编码结果汇总成所述标识符的压缩结果。这些方法在尽量兼容特殊数据的前提下，尽量提升了对所有标识符数据的压缩率，同时保证了编解码性能。
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公开(公告)号：CN116033033B
公开(公告)日：2024-05-17
申请号：CN202211738919.1
申请日：2022-12-31
申请人： 西安电子科技大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： H04L69/04 , H04L67/1074
摘要： 本发明公开了一种联合显微图像和RNA的空间组学数据压缩和传输方法，包括以下步骤；步骤1：对显微图像进行分割，得出有效蒙版图像和有效RNA序列；步骤2：使用图像中的颜色对RNA序列进行聚类；步骤3：对RNA序列和显微图像进行压缩，得到需要传输的数据；步骤4：对需要传输的数据进行分块和多层摘要计算；步骤5：通过自适应通道进行网络数据传输。本发明具有数据压缩率高，传输过程稳定可靠的特点，能够达到减小存储和高效传输的目的。
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公开(公告)号：CN116033033A
公开(公告)日：2023-04-28
申请号：CN202211738919.1
申请日：2022-12-31
申请人： 西安电子科技大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： H04L69/04 , H04L67/1074
摘要： 本发明公开了一种联合显微图像和RNA的空间组学数据压缩和传输方法，包括以下步骤；步骤1：对显微图像进行分割，得出有效蒙版图像和有效RNA序列；步骤2：使用图像中的颜色对RNA序列进行聚类；步骤3：对RNA序列和显微图像进行压缩，得到需要传输的数据；步骤4：对需要传输的数据进行分块和多层摘要计算；步骤5：通过自适应通道进行网络数据传输。本发明具有数据压缩率高，传输过程稳定可靠的特点，能够达到减小存储和高效传输的目的。
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公开(公告)号：CN111628779A
公开(公告)日：2020-09-04
申请号：CN202010472611.1
申请日：2020-05-29
申请人： 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： H03M7/30 , G06F16/174
摘要： 本发明涉及一种FASTQ文件的并行压缩和解压方法及系统，包括以下步骤：S1将FASTQ文件切分成若干数据块；S2移动每个所述数据块首尾的文件偏移量，使每个所述数据块间首尾相衔；S3并行压缩各个数据块，过程中，每个数据块由一个工作线程独立压缩，且数据块的索引信息被记录；S4并行解压各个数据块，过程中，每个数据块由一个工作线程独立解压，该过程基于对应数据块的索引信息。其通过在压缩过程中使用的短读序列头部查找方法，以及解压过程中利用索引信息，实现的高效并行压缩和解压，解决了数据分块方案下的线程阻塞问题。
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公开(公告)号：CN118280457A
公开(公告)日：2024-07-02
申请号：CN202211722048.4
申请日：2022-12-30
申请人： 深圳华大生命科学研究院
摘要： 提出了一种用于碱基序列的碱基编码方法，包括：初始化4k个计数器，k为预设值；遍历各个碱基序列，对于每个碱基，得知碱基的前k个碱基，访问与该长度为k的碱基序列相对应的计数器，以该计数器为概率分布对该碱基进行熵编码，然后根据权重策略，使用不同的权重值对该计数器进行更新；在所有碱基被编码后，记录权重策略，以供解码使用。还提出了一种用于碱基序列的碱基解码方法。
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