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公开(公告)号：CN119028444A
公开(公告)日：2024-11-26
申请号：CN202310604448.3
申请日：2023-05-24
申请人： 深圳华大生命科学研究院 , 湖北华大基因研究院
IPC分类号： G16B35/10 , G16B40/00 , G16B50/30 , G06F16/2458 , G06F16/22
摘要： 本公开提出一种数据存储方法、数据读取方法及装置，涉及计算机技术领域。该方法包括：获取生物数据文件，并提取生物数据文件的原始生物数据；对原始生物数据进行数据归并；将归并后的生物数据按预设格式进行分类存储。本公开实现按预设格式分类存储，将无序数据转换成有序数据，减少了数据的冗余，降低了存储成本。
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公开(公告)号：CN119028443A
公开(公告)日：2024-11-26
申请号：CN202310596719.5
申请日：2023-05-24
申请人： 深圳华大生命科学研究院 , 湖北华大基因研究院
IPC分类号： G16B35/10 , G16B40/00 , G16B50/30 , G06F16/2458 , G06F16/22
摘要： 本公开提出一种数据存储方法、数据读取方法及装置，涉及计算机技术领域。该方法包括：接收生物数据文件，提取生物数据文件中的基因数据；接收掩膜图像文件，获取掩膜图像文件中的细胞数据；将细胞数据以及基因数据进行数据统计，得到统计数据；将细胞数据、基因数据以及统计数据进行分类存储。本公开实现依据新的存储细胞表达量信息数据的格式进行分类存储，将无序数据转换成有序数据，减少了数据的冗余，降低了存储成本。
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公开(公告)号：CN118974800A
公开(公告)日：2024-11-15
申请号：CN202280094201.5
申请日：2022-09-28
申请人： 深圳华大生命科学研究院
摘要： 本公开提供了样品处理系统和方法。样品处理系统包括用于处理样品的样品处理仪器和成像系统，成像系统包括：支架，其能够相对于所述样品处理仪器固定地定位；和成像模组，其可移动地安装至所述支架，并被配置成实时地拍摄由所述样品处理仪器保持的样品或样品的被处理部分的图像。
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公开(公告)号：CN111349690B
公开(公告)日：2024-05-10
申请号：CN201811584980.9
申请日：2018-12-24
申请人： 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： C12Q1/6816
摘要： 本发明提出了检测蛋白质DNA结合位点的方法。包括：将DNA片段库进行测序；去除测序后的DNA片段库中的新生链；以DNA片段库的DNA片段为模板，将不带有荧光标记的dNTP依次聚合在测序接头的3’端，将带有荧光标记的dNTP聚合在聚合产物3’端的最后一位；记录聚合反应后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度；将目标蛋白与所述聚合反应后的DNA片段库进行杂交，所述目标蛋白具有荧光修饰；记录杂交后的DNA片段库中的荧光点位置和所述荧光点的荧光强度；基于杂交后的DNA片段库中的荧光点与聚合反应后的DNA片段库中荧光点的荧光强度或荧光种类的差异，确定目标蛋白质DNA结合位点。
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公开(公告)号：CN113166809B
公开(公告)日：2023-12-26
申请号：CN201980076223.7
申请日：2019-12-23
申请人： 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： C12Q1/6869 , C12Q1/6806
摘要： 本申请提供了一种DNA甲基化检测的方法，包括长片段DNA处理步骤，将长片段DNA打断；常规文库构建步骤，用stLFR技术建库；双链保护步骤，取回收的stLFR文库，DNA变性，用退火或延伸方法将分子标签或接头序列转化为双链；重亚硫酸盐转化步骤，加入双链保护剂和重亚硫酸盐，进行脱氨基；甲基化测序文库构建步骤，对脱氨基产物进行常规PCR或环化后滚环扩增，得到甲基化测序文库；甲基化测序步骤，对甲基化测序文库测序，根据测序结果分析基因的甲基化信息；本申请还提供了相应试剂盒、装置和应用。本申请方法利用stLFR技术，获得长片段甲基化信息；通过双链保护策略，可事先加入分子标签序列建库，可有效追踪分子来源。
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公开(公告)号：CN116694603A
公开(公告)日：2023-09-05
申请号：CN202310742030.9
申请日：2020-05-13
申请人： 深圳华大生命科学研究院
摘要： 本发明涉及基因编辑领域，具体涉及新型的Cas蛋白、Crispr‑Cas系统及其在基因编辑领域中的用途。该新型的Cas蛋白选自下列中的至少一种：SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:4；与SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:4中的任一序列相比，其序列相似性在85％以上，优选在90％以上。本发明提供的新型的Cas蛋白可以用于Crispr‑Cas系统，实现对于基因的编辑。其可以编辑的靶位点更多，而且更容易被递送到细胞中进行编辑，且不会造成脱靶。
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公开(公告)号：CN113168889B
公开(公告)日：2023-04-04
申请号：CN201880099610.8
申请日：2018-12-13
申请人： 深圳华大生命科学研究院
IPC分类号： G16B30/00
摘要： 一种标签序列的检测方法，包括：使用一组模板序列与一组待测标签序列进行匹配建库得到一组标签文库，模板序列是扩增或人工合成的不同基因序列，不同的模板序列在序列上彼此不同，模板序列与待测标签序列具有一对一或多对一的对应关系；对标签文库进行测序，得到每个标签文库的测序读长序列；将测序读长序列与全部待测标签序列进行比对，统计比对到每个待测标签序列上的测序读长序列的数量；根据数量计算每个待测标签序列中含有其他标签序列的污染率。该方法由于模板序列在序列上彼此不同，无需担心由于多次PCR扩增带来的序列错误而无法区分不同模板的情况。
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公开(公告)号：CN115605574A
公开(公告)日：2023-01-13
申请号：CN202080099478.8
申请日：2020-04-23
申请人： 深圳华大生命科学研究院(CN)
摘要： 本发明提供一种测序芯片。该测序芯片包括：芯片主体、核酸以及膦酸多聚物膜，其中，该芯片主体包括多个同层设置的芯片颗粒，该芯片颗粒是将芯片基质沿着晶圆层的切割线进行切割后获得的，该芯片颗粒是将芯片基质沿着晶圆层的切割线进行切割后获得的，该芯片基质包括：晶圆层，该晶圆层上具有均匀分布的切割线；第一氧化硅层，该第一氧化硅层由氧化硅构成，形成在该晶圆层的上表面；过渡金属氧化物层，该过渡金属氧化物层由过渡金属氧化物构成，形成在该第一氧化硅层的上表面；该核酸固定在该过渡金属氧化物层；该膦酸多聚物膜由多聚膦酸聚合物构成，形成在该过渡金属氧化物层的上面。
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公开(公告)号：CN113891961A
公开(公告)日：2022-01-04
申请号：CN201980096864.9
申请日：2019-07-12
申请人： 深圳华大生命科学研究院
摘要： 一种全基因组全流程微流控自动化建库方法和装置，其中建库方法包括：在数字化微流控芯片上，以基因组DNA作为建库起始原料，通过电润湿原理控制液滴在数字化微流控芯片上的移动，依次进行基因组DNA打断、末端修复、接头连接、单链环化和DNA纳米球制备的反应，其中每一步反应的反应体系不超过10微升，反应体系包含反应组分和用于降低表面张力的表面活性剂成分。利用数字化微流控实现快速自动化建库以服务个性化测序和精准医疗体系。本发明通过电润湿原理控制液滴移动，实现全基因组全流程微流控自动化建库，成本低，无污染。
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