公开(公告)号：US08298767B2

公开(公告)日：2012-10-30

申请号：US13387343

申请日：2010-08-13

申请人： Sydney Brenner ,  Gi Mikawa ,  Robert Osborne ,  Andrew Slatter

发明人： Sydney Brenner ,  Gi Mikawa ,  Robert Osborne ,  Andrew Slatter

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

CPC分类号： C12Q1/6874 ,  C12N15/1065 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6855 ,  C12Q1/686 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2525/143

摘要： Aspects of the present invention are drawn to processes for moving a region of interest in a polynucleotide from a first position to a second position with regard to a domain within the polynucleotide, also referred to as a “reflex method”. In certain embodiments, the reflex method results in moving a region of interest into functional proximity to specific domain elements present in the polynucleotide (e.g., primer sites and/or MID). Compositions, kits and systems that find use in carrying out the reflex processes described herein are also provided.

摘要翻译： 本发明的方面涉及将多核苷酸中的感兴趣区域从第一位置移动到第二位置的方法，该多核苷酸相对于多核苷酸内的结构域也称为反射方法。 在某些实施方案中，反射方法导致将感兴趣区域移动到存在于多核苷酸（例如，引物位点和/或MID）中的特定结构域元件的功能接近。 还提供了用于实施本文所述的反射过程的组合物，试剂盒和系统。

公开(公告)号：US20120135407A1

公开(公告)日：2012-05-31

申请号：US13387343

申请日：2010-08-13

申请人： Sydney Brenner ,  Gi Mikawa ,  Robert Osborne ,  Andrew Slatter

发明人： Sydney Brenner ,  Gi Mikawa ,  Robert Osborne ,  Andrew Slatter

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6874 ,  C12N15/1065 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6855 ,  C12Q1/686 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2525/155 ,  C12Q2525/143

摘要： Aspects of the present invention are drawn to processes for moving a region of interest in a polynucleotide from a first position to a second position with regard to a domain within the polynucleotide, also referred to as a “reflex method”. In certain embodiments, the reflex method results in moving a region of interest into functional proximity to specific domain elements present in the polynucleotide (e.g., primer sites and/or MID). Compositions, kits and systems that find use in carrying out the reflex processes described herein are also provided.

摘要翻译： 本发明的方面涉及将多核苷酸中的感兴趣区域从关于多核苷酸内的结构域的第一位置移动至第二位置的方法，也被称为“反射方法”。 在某些实施方案中，反射方法导致将感兴趣区域移动到存在于多核苷酸（例如，引物位点和/或MID）中的特定结构域元件的功能接近。 还提供了用于实施本文所述的反射过程的组合物，试剂盒和系统。

公开(公告)号：US20120122161A1

公开(公告)日：2012-05-17

申请号：US13321317

申请日：2010-05-21

申请人： Esther Musgrave-Brown ,  Gi Mikawa ,  Robert Osborne ,  Andrew Slatter

发明人： Esther Musgrave-Brown ,  Gi Mikawa ,  Robert Osborne ,  Andrew Slatter

IPC分类号： C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/6809 ,  C12Q2531/107 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2525/155

摘要： The present invention provides methods and compositions for amplifying and sorting adapter tagged nucleic acid fragments using selective primer extension. Immortalized pooled polynucleotide samples and method of producing the same are also provided.

摘要翻译： 本发明提供了使用选择性引物延伸来扩增和分选衔接子标记的核酸片段的方法和组合物。 还提供了永生化合并的多核苷酸样品及其制备方法。

公开(公告)号：US09096952B2

公开(公告)日：2015-08-04

申请号：US13164153

申请日：2011-06-20

申请人： Robert Osborne ,  Andrew Slatter

发明人： Robert Osborne ,  Andrew Slatter

IPC分类号： C40B20/06 ,  C40B50/06 ,  C12N15/10

CPC分类号： C40B50/06 ,  C12N15/1093 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q2521/101 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2525/151 ,  C12Q2525/185 ,  C12Q2525/204 ,  C12Q2531/131 ,  C12Q2535/138

摘要： Aspects of the present invention are drawn to methods and compositions for the genetic analysis of regions of interest (ROI) from one or more starting polynucleotide sample(s). In certain aspects, adapter tagged polynucleotide fragments from a plurality of initial polynucleotide samples are pooled, circularized and amplified to produce an immortalized library. Multiple ROI's from this immortalized library are amplified (e.g., in independent iPCR reactions) to generate amplicons, and, in some embodiments, pooled to form a pooled ROI amplicon sample. In certain embodiments, the amplicons for each ROI amplicon in the pooled ROI amplicon sample are present at known molar or mass ratios. The pooled ROI amplicon sample can be analyzed/processed as desired, e.g., sequenced using next generation sequencing technology.

摘要翻译： 本发明的方面涉及用于从一个或多个起始多核苷酸样品遗传分析感兴趣区域（ROI）的方法和组合物。 在某些方面，将来自多个初始多核苷酸样品的衔接子标记的多核苷酸片段合并，循环并扩增以产生永生化文库。 来自该永生化文库的多个ROI被扩增（例如，在独立的iPCR反应中）以产生扩增子，并且在一些实施方案中合并形成合并的ROI扩增子样品。 在某些实施方案中，合并的ROI扩增子样品中每个ROI扩增子的扩增子以已知的摩尔质量比存在。 可以根据需要对汇集的ROI扩增子样品进行分析/处理，例如使用下一代测序技术测序。

公开(公告)号：US20130053253A1

公开(公告)日：2013-02-28

申请号：US13521426

申请日：2011-02-14

申请人： Robert Osborne ,  Andrew Slatter

发明人： Robert Osborne ,  Andrew Slatter

IPC分类号： C40B50/06 ,  C40B20/00

CPC分类号： C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2545/114

摘要： Aspects of the present invention are drawn to methods and compositions for the genetic analysis of regions of interest from one or more starting polynucleotide sample, e.g., a multiplexed polynucleotide sample. In certain aspects, a polynucleotide sample comprising one or more region of interest (ROI) is subjected to independent amplification reactions for specific sub-regions within the ROI(s). The amount/concentration of the product from each sub-region amplification reaction is determined followed by producing a normalized sample based on the determined amount/concentration that is suitable for further analyses (e.g., sequencing).

摘要翻译： 本发明的方面涉及用于从一个或多个起始多核苷酸样品（例如多重多核苷酸样品）遗传分析感兴趣区域的方法和组合物。 在某些方面，包含一个或多个感兴趣区域（ROI）的多核苷酸样品对ROI内的特定子区域进行独立的扩增反应。 确定来自每个亚区域扩增反应的产物的量/浓度，然后基于适合进一步分析（例如测序）的确定量/浓度产生归一化样品。

公开(公告)号：US20110319299A1

公开(公告)日：2011-12-29

申请号：US13164153

申请日：2011-06-20

申请人： Robert Osborne ,  Andrew Slatter

发明人： Robert Osborne ,  Andrew Slatter

IPC分类号： C40B50/06

CPC分类号： C40B50/06 ,  C12N15/1093 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q2521/101 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2563/179 ,  C12Q2525/151 ,  C12Q2525/185 ,  C12Q2525/204 ,  C12Q2531/131 ,  C12Q2535/138

摘要： Aspects of the present invention are drawn to methods and compositions for the genetic analysis of regions of interest (ROI) from one or more starting polynucleotide sample(s). In certain aspects, adapter tagged polynucleotide fragments from a plurality of initial polynucleotide samples are pooled, circularized and amplified to produce an immortalized library. Multiple ROI's from this immortalized library are amplified (e.g., in independent iPCR reactions) to generate amplicons, and, in some embodiments, pooled to form a pooled ROI amplicon sample. In certain embodiments, the amplicons for each ROI amplicon in the pooled ROI amplicon sample are present at known molar or mass ratios. The pooled ROI amplicon sample can be analyzed/processed as desired, e.g., sequenced using next generation sequencing technology.

摘要翻译： 本发明的方面涉及用于从一个或多个起始多核苷酸样品遗传分析感兴趣区域（ROI）的方法和组合物。 在某些方面，将来自多个初始多核苷酸样品的衔接子标记的多核苷酸片段合并，循环并扩增以产生永生化文库。 来自该永生化文库的多个ROI被扩增（例如，在独立的iPCR反应中）以产生扩增子，并且在一些实施方案中合并形成合并的ROI扩增子样品。 在某些实施方案中，合并的ROI扩增子样品中每个ROI扩增子的扩增子以已知的摩尔质量比存在。 可以根据需要对汇集的ROI扩增子样品进行分析/处理，例如使用下一代测序技术测序。