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    DYE-STABILIZED NANOPARTICLES AND METHODS OF THEIR MANUFACTURE AND THERAPEUTIC USE
    1.
    发明申请
    DYE-STABILIZED NANOPARTICLES AND METHODS OF THEIR MANUFACTURE AND THERAPEUTIC USE 审中-公开
    稳定的纳米颗粒及其制造和治疗用途的方法

    公开(公告)号：WO2016130546A1

    公开(公告)日：2016-08-18

    申请号：PCT/US2016/017153

    申请日：2016-02-09

    申请人： MEMORIAL SLOAN KETTERING CANCER CENTER

    发明人： HELLER, Daniel A. ,  SHAMAY, Yosef

    IPC分类号： A61K47/48 ,  A61K31/00 ,  A61K9/16

    CPC分类号： A61K9/1617 ,  A61K9/1682 ,  A61K9/1694 ,  A61K31/00 ,  A61K31/337 ,  A61K31/343 ,  A61K31/404 ,  A61K31/4155 ,  A61K31/4166 ,  A61K31/4184 ,  A61K31/42 ,  A61K31/436 ,  A61K31/44 ,  A61K31/4745 ,  A61K31/517 ,  A61K31/519 ,  A61K31/553 ,  A61K31/565 ,  A61K31/635 ,  A61K47/22 ,  A61K49/0034 ,  A61K49/0093 ,  G06F19/16 ,  G06F19/706

    摘要： Described herein are nanoparticles which are largely made of (e.g., 90 wt.%) hydrophobic drugs and are stabilized by water soluble dyes. The nanoparticles can range in size from 30 nm to 150 nm and have highly negative surface charge (e.g., -55mV). These nanoparticles are highly soluble in water, stable for days in PBS buffer and can be easily lyophilzed and reconstituted in water. Using quantitative self-assembly prediction calculations, topochemical molecular descriptors were identified and validated as highly predictive indicators of nano-assembly, nanoparticle size, and drug loading. The resulting nanoparticles selectively targeted kinase inhibitors to caveolin-1-expressing human colon cancer and autochthonous liver cancer models to yield striking therapeutic effects while avoiding pERK inhibition in healthy skin. The nanoparticles exhibited remarkable anti-tumor efficacy in vitro and in vivo in models of hepatocellular carcinoma.

    摘要翻译： 这里描述的是主要由（例如，90重量％）疏水性药物制成并且被水溶性染料稳定的纳米颗粒。 纳米颗粒的尺寸可以在30nm至150nm的范围内，并且具有高度负的表面电荷（例如，-55mV）。 这些纳米颗粒高度溶于水，在PBS缓冲液中稳定数天，并且可以容易地在水中冻干并重构。 使用定量自组装预测计算，确定了化学分子描述符，并将其验证为纳米组装，纳米粒子大小和药物负载的高度预测指标。 所得纳米颗粒选择性靶向激酶抑制剂，以表达窖1的人结肠癌和本体肝癌模型，以产生显着的治疗效果，同时避免在健康皮肤中的pERK抑制。 纳米颗粒在体外和体内在肝细胞癌模型中表现出显着的抗肿瘤功效。

    SYSTEMS AND METHODS FOR DISCOVERY AND CHARACTERIZATION OF NEUROACTIVE DRUGS
    2.
    发明申请
    SYSTEMS AND METHODS FOR DISCOVERY AND CHARACTERIZATION OF NEUROACTIVE DRUGS 审中-公开
    神经病毒药物发现与表征的系统与方法

    公开(公告)号：WO2016029211A1

    公开(公告)日：2016-02-25

    申请号：PCT/US2015/046562

    申请日：2015-08-24

    申请人： THE GENERAL HOSPITAL CORPORATION

    发明人： PURDON, Patrick, L. ,  BROWN, Emery, N.

    IPC分类号： A61B5/16

    CPC分类号： A61B5/16 ,  A61B5/026 ,  A61B5/04001 ,  A61B5/04004 ,  A61B5/0402 ,  A61B5/0476 ,  A61B5/0488 ,  A61B5/0533 ,  A61B5/08 ,  A61B5/4064 ,  A61B5/4833 ,  A61B5/7235 ,  G06F19/00 ,  G06F19/24 ,  G06F19/28 ,  G06F19/706

    摘要： Systems and methods for discovery and characterization of neuroactive drugs are provided. In some aspects, a method for evaluating an effectiveness of a drug administered to a subject includes receiving neurophysiological data acquired from a subject under an administration of a drug, and analyzing the neurophysiological data to generate signatures indicative of brain states induced by the drug. The method also includes correlating the generated signatures with a database comprising information associated with a plurality of drug profiles, and determining, using the information, a molecular activity profile for the drug. The method further includes generating a report indicative of the effectiveness of the drug using the molecular activity profile.

    摘要翻译： 提供了用于发现和表征神经活性药物的系统和方法。 在一些方面，用于评估给予受试者的药物有效性的方法包括在药物施用下接受从受试者获得的神经生理学数据，并分析神经生理学数据以产生指示由药物引起的脑状态的特征。 该方法还包括将生成的签名与包括与多个药物配置文件相关联的信息的数据库相关联，以及使用该信息确定该药物的分子活性谱。 该方法还包括使用分子活性谱产生指示药物有效性的报告。

    DETERMINATION OF THE ACTIVATION STRENGTH OF DRUG MOLECULES
    3.
    发明申请
    DETERMINATION OF THE ACTIVATION STRENGTH OF DRUG MOLECULES 审中-公开
    确定药物分子的激活强度

    公开(公告)号：WO2016025854A1

    公开(公告)日：2016-02-18

    申请号：PCT/US2015/045310

    申请日：2015-08-14

    申请人： PURDUE RESEARCH FOUNDATION

    发明人： KAIS, Sabre ,  HOEHN, Ross, Douglas ,  NEVEN, Hartmut

    IPC分类号： G06G7/58 ,  G01N33/48 ,  C04B30/02

    CPC分类号： G06F19/706 ,  G06F19/704

    摘要： A method and system for determining the relative activation strength of drug molecules at G-Protein Coupled Receptors (GCPR) are presented herein. The method and system involve the comparison the protein activation of members within a family of similar molecules, allowing for the selection of the best candidate for a specific protein-target.

    摘要翻译： 本文介绍了用于确定G蛋白偶联受体（GCPR）的药物分子的相对活化强度的方法和系统。 该方法和系统包括比较相似分子家族内的成员的蛋白质活化，允许选择特定蛋白质靶标的最佳候选物。

    STUDYING MOLECULAR INTERACTION VIA ENHANCED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS
    4.
    发明申请
    STUDYING MOLECULAR INTERACTION VIA ENHANCED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS 审中-公开
    通过增强分子动力学模拟研究分子相互作用

    公开(公告)号：WO2016024194A1

    公开(公告)日：2016-02-18

    申请号：PCT/IB2015/056017

    申请日：2015-08-07

    申请人： FONDAZIONE ISTITUTO ITALIANO DI TECNOLOGIA

    发明人： ROCCHIA, Walter ,  CAVALLI, Andrea

    IPC分类号： G06F19/00 ,  G06F19/16

    CPC分类号： G06F19/701 ,  G06F19/16 ,  G06F19/706

    摘要： A method is disclosed for enhancing the simulation of the interaction between at least a first and a second molecular system, the interaction resulting from actual attraction and repulsion forces between the at least a first and a second molecular system. The method comprises applying an additional virtual electrostatic force between the at least a first and a second molecular system, which force has a functional form of the type of a modulated electrostatic interaction.

    摘要翻译： 公开了一种用于增强至少第一和第二分子系统之间的相互作用的模拟的方法，即至少第一和第二分子系统之间的实际吸引力和排斥力产生的相互作用。 该方法包括在至少第一和第二分子系统之间施加额外的虚拟静电力，该力具有调制静电相互作用类型的功能形式。

    溶液中の生体高分子の構造揺らぎとダイナミクスを記述する方程式
    6.
    发明申请
    溶液中の生体高分子の構造揺らぎとダイナミクスを記述する方程式 审中-公开
    解决方案中生物聚合物的结构描述和动力学公式

    公开(公告)号：WO2014115416A1

    公开(公告)日：2014-07-31

    申请号：PCT/JP2013/081601

    申请日：2013-11-25

    申请人： 分子設計フロンティア株式会社

    发明人： 平田　文男 ,  キム　ボンスー

    IPC分类号： G06F19/16

    CPC分类号： G06F19/701 ,  G06F19/16 ,  G06F19/706

    摘要： 　申請者は液体の平衡・非平衡統計力学に基づき、本申請の請求項1において示された２つの理論式（（１）生体高分子の揺らぎとダイナミクス、（２）溶媒の密度揺らぎおよびダイナミクス）を導出し、これらの方程式の解析から、溶液内の生体高分子の自由エネルギー曲面をその原子座標に関して２階微分を行うことで、生体高分子の構造揺らぎの分散・共分散行列を求める新しい理論的手法を考案した。　本発明は、イオンや他の小分子を含む複雑な水溶液系の液体構造や密度揺らぎを原子レベルで解析し、それらが生体高分子の構造揺らぎとダイナミクスに対して及ぼす影響を原子レベルで、高精度に予測、記述することを可能にする。　本発明の応用により、高親和性リガンドの探索、医薬品候補化合物デザインならびに新規機能性材料の設計、予測及び開発における知的分子設計手法として、医療およびナノテクノロジー分野の発展に大きく寄与しうる。

    摘要翻译： 申请人设计了一种用于通过基于液体的平衡和非平衡统计力学方法得出生物聚合物的结构波动的方差 - 协方差矩阵的新的理论手段，所述理论方法是根据权利要求1所述的两个理论公式 本申请[（1）生物聚合物的波动和动力学，以及（2）溶剂的密度波动和动力学]，分析这些方程，然后将溶液中生物聚合物的自由能表面二阶微分， 相对于其原子坐标。 本发明能够对包含离子和其它小分子的复合水溶液体系的液体结构和密度波动进行原子水平分析。 此外，本发明能够高度精确的原子级假设和其对生物聚合物的结构波动和动力学的影响的描述。 因此，本发明的应用，例如高亲和力配体的搜索方法，药物候选化合物的设计方法，新型功能材料的设计方法以及在分子过程中智力设计分子的方法 假设和发展，在很大程度上有助于医学和纳米技术领域的进步。

    MÉTODO Y SISTEMA DE SIMULACIÓN MEDIANTE DINÁMICA MOLECULAR CON CONTROL DE ESTABILIDAD
    9.
    发明申请
    MÉTODO Y SISTEMA DE SIMULACIÓN MEDIANTE DINÁMICA MOLECULAR CON CONTROL DE ESTABILIDAD 审中-公开
    具有稳定性控制的分子动力学模拟方法与系统

    公开(公告)号：WO2014016447A1

    公开(公告)日：2014-01-30

    申请号：PCT/ES2012/070899

    申请日：2012-12-21

    申请人： PLEBIOTIC, S.L.

    发明人： MARTÍNEZ ABÁN, Roldán ,  ECHENIQUE ROBBA, Pablo ,  SANCHO SANZ, Javier ,  MARTÍNEZ BENITO, Roberto ,  CAMPO CAMACHO, Alfonso ,  LÓPEZ MEDRANO, Álvaro

    IPC分类号： G06F19/00

    CPC分类号： G06F19/12 ,  G06F19/16 ,  G06F19/701 ,  G06F19/706

    摘要： La presente invención tiene su aplicación dentro del campo de dinámica molecular, la cual consiste en métodos de computación para la predicción de la estructura y función de biomoléculas, y en particular de proteínas, mediante la simulación de los procesos de plegamiento de las mismas y de interacción con otras biomoléculas en un solvente. Más particularmente, la invención se refiere a un método y un sistema de control de estabilidad de las simulaciones y de elección del paso de tiempo usado en la integración numérica de las ecuaciones del movimiento. La invención logra reducir el tiempo de simulación de la dinámica molecular mediante la optimización de la elección paso de tiempo a través de un control adaptativo o permitiendo pasos de tiempo mayores corrigiendo las trayectorias en base a un control de la potencia.

    摘要翻译： 本发明适用于分子动力学领域，包括用于通过模拟其相同的折叠过程以及与溶剂中的其它生物分子相互作用的过程来预测生物分子，特别是蛋白质的结构和功能的计算方法 。 更具体地，本发明涉及一种用于控制模拟的稳定性并选择在运动方程的数字积分中使用的时间间隔的方法和系统。 本发明能够通过经由自适应控制优化时间间隔选择来减少分子动力学的模拟时间，或者通过基于功率的控制实现更大的时间间隔校正轨迹。

    一种分子体积计算方法及两分子的形状比较方法
    10.
    发明申请
    一种分子体积计算方法及两分子的形状比较方法 审中-公开

    公开(公告)号：WO2014012309A1

    公开(公告)日：2014-01-23

    申请号：PCT/CN2012/084713

    申请日：2012-11-16

    申请人： 中山大学

    发明人： 徐峻

    IPC分类号： G06F19/10

    CPC分类号： G06F19/706 ,  G06F19/16 ,  G06F19/704 ,  G06F19/705

    摘要： 本发明涉及药物分子的设计和筛选，特别是一种分子体积计算方法及两分子的形状比较方法。所述方法包括：读入第一分子的三维结构信息，所述三维结构信息包括第一分子中每个原子的类型及其坐标数值；根据第一分子中各原子的类型得到相应的范德华半径，将三维结构信息转换为一组代表第一分子中各原子的高斯球；计算每对高斯球组的叠合体积；计算每个高斯球的权重；计算第一分子的自身叠合体积，以第一分子的自身叠合体积作为第一分子的体积。本发明可应用于分子形状的数学表达、药物分子团形状比较、药物分子药效团比较，这些比较方法用于药物分子的虛拟筛选。