一种燃料电池系统，所述燃料电池系统具备具有排出歧管的第1燃料电池堆、具有排出歧管的第2燃料电池堆、用于第1燃料电池堆的发电的第1辅机、用于所述第2燃料电池堆的发电的第2辅机、以及构成为控制第1辅机及第2辅机的动作的控制装置。控制装置构成为，在第1燃料电池堆及第2燃料电池堆的发电停止后，以使得第1燃料电池堆及第2燃料电池堆中的从排出歧管排出的反应气体的排出方向相对于铅垂下方的角度较小的一方的燃料电池堆比另一方的燃料电池堆先开始发电的方式控制第1辅机及第2辅机的动作。