本发明公开了一种可控连接方式的二级涡轮增压系统及方法：一号涡轮和二号涡轮排气口分别通过三号管道和二号管道连接进气总管，一号压气机和二号压气机进气口分别通过五号管道和四号管道连接排气总管，二号管道设置二号阀门，一号压气机进气口连接七号管道，七号管道设置三号阀门；一号压气机进气口和二号压气机排气口之间连接一号管道，一号管道设置一号中冷器和一号阀门；四号管道和五号管道分别设置四号阀门和五号阀门；一号涡轮排气口连接八号管道，八号管道设置六号阀门，一号压气机排气口和二号涡轮进气口之间连接六号管道，六号管道设置七号阀门。本发明可以灵活控制增压管路连接方式，适用于船用柴油机及特种发动机。