本发明公开了基于双闭环三维路径跟踪的微机器人控制方法，涉及微纳机器人控制技术领域，该方法包括：输入期望跟踪路径，通过摄像机获取磁性微机器人的当前位姿信息进而计算得到质心位置、实际轴线方向、期望跟踪路径上距离质心最近的期望位置点坐标以及此点的切线方向；根据实际轴线方向和切线方向以及扰动补偿计算出两点的水平距离、垂直距离、方向角误差、俯仰角误差；根据设计的位置闭环控制器求得所需的旋转磁场，电流闭环磁场控制器根据旋转磁场和反馈的线圈输出电流闭环控制亥姆霍兹线圈产生期望磁场，使磁性微机器人完成对期望跟踪路径的跟踪。该方法采用位置和电流反馈的双闭环控制能够精准的完成对三维路径的跟踪。