公开(公告)号：CN116445584B

公开(公告)日：2023-09-08

申请号：CN202310707878.8

申请日：2023-06-15

申请人： 中国农业大学

发明人： 丁向东 ,  刘华涛 ,  李淑娟 ,  张梓鹏 ,  都鹤鹤 ,  邵玉如 ,  王楚端

IPC分类号： C12Q1/6809 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/6888 ,  C12Q1/6874 ,  G16B20/20 ,  G16B30/10 ,  C40B40/06

摘要： 本发明涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪10K液相芯片及其应用。本发明在保持液相芯片设计基本原则下，对已有芯片增加新标记，并利用多聚单核苷酸多态性技术对探针进行优化，产生更多分型质量高、在探针区域内与靶位点SNP连锁不平衡中等的SNP标记，提高芯片的有效标记数量。本发明的mSNP液相芯片使可检测的SNP数目增加到靶位点SNP标记数的1.5‑2倍，解决了已有芯片仅含靶位点SNP，无法提供mSNP标记的问题，且成本没有增加。通过基因型填充技术，将本发明的芯片基因型数据填充至主流的50K芯片，用于基因组选择，获得与50K芯片相同或相近的分子选种准确性，降低了猪分子育种成本。

公开(公告)号：CN116287168B

公开(公告)日：2023-09-05

申请号：CN202310552851.6

申请日：2023-05-17

申请人： 中国农业大学

发明人： 丁向东 ,  刘华涛 ,  张梓鹏 ,  都鹤鹤 ,  张勤 ,  王楚端

IPC分类号： C12Q1/6874 ,  C12Q1/6811 ,  C12Q1/6888 ,  C40B40/06

摘要： 本发明涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪50K液相芯片及其应用。本发明芯片的探针设计考虑了捕获的SNP位点在全基因组的分布情况、位点多态性、mSNP标记质量等问题，有效避免了标记密度不均匀和多态性较差等问题。还考虑了mSNP标记质量及mSNP标记间连锁不平衡问题，在保持液相芯片设计基本原则下，挑选标记间连锁不平衡程度中等的基因组区域，产生更多分型质量高、在探针区域内与靶位点连锁不平衡中等的SNP标记。本发明的mSNP液相芯片使可检测的SNP数目扩大到靶位点数的1.5‑2倍以上，解决了传统液相芯片高质量mSNP标记较少的问题，且成本没有增加。

公开(公告)号：CN113755608A

公开(公告)日：2021-12-07

申请号：CN202111156963.7

申请日：2021-09-29

申请人： 中国农业大学

发明人： 丁向东 ,  蒋尧 ,  刘华涛 ,  邹全 ,  李淑娟

IPC分类号： C12Q1/6888 ,  C12Q1/6851 ,  C12N15/113 ,  C12N15/12 ,  C12N15/85 ,  C12N15/877 ,  A01K67/027

摘要： 本发明涉及一种基于ceRNA表达量检测猪无毛性状的方法及其应用，采集妊娠期为41天的猪胚胎背部皮肤组织，通过PCR定量检测MSTRG.2162.1、sus‑miR29a‑5p或BMPR1b表达量，BMPR1b基因表达量低于2、或sus‑miR29a‑5p表达量高于30、或MSTRG.2162.1表达量低于10的判定为无毛猪。本发明提供的基于ceRNA表达量检测猪无毛性状的方法可用于辅助无毛猪筛选育种，通过敲除BMPR1b，可以培育获得无毛猪纯合体。本发明筛选出影响毛囊基板生长的ceRNA，为人类遗传性脱发疾病研究提供重要借鉴和动物模型，同时也提供了一种无毛性状的分子标记和可供研究使用的大白猪无毛试验群体，为人类遗传性脱发，无发等疾病研究提供重要的猪无毛品系动物模型。

公开(公告)号：CN113717975B

公开(公告)日：2023-09-26

申请号：CN202111023757.9

申请日：2021-09-01

申请人： 中国农业大学

发明人： 丁向东 ,  蒋尧 ,  刘华涛 ,  邹全 ,  李淑娟

IPC分类号： C12N15/113 ,  C12Q1/6888 ,  C12Q1/6851 ,  C12N15/11

摘要： 本发明涉及一种与猪无毛性状相关的miRNA标志物及其应用，所述miRNA标志物为miRNA‑29a‑5p，其中所述miRNA‑29a‑5p序列如SEQ ID NO.1所示，所述miRNA‑29a‑5p的前体序列如SEQ ID NO.2所示，所述miRNA‑29a‑5p与靶基因EDAR的结合位点如SEQ ID NO.3所示；当所述成熟的miRNA‑29a‑5p在猪胚胎皮肤组织中的基因表达量低于3的判定为有毛猪，所述成熟的miRNA‑29a‑5p在猪胚胎皮肤组织中的基因表达量高于30判定为无毛猪。本发明提供的猪无毛性状相关的miRNA标志物可应用于无毛猪鉴定培育中，根据本发明的技术方案鉴定培育的无毛猪应用在医学和科研领域。

公开(公告)号：CN113717975A

公开(公告)日：2021-11-30

申请号：CN202111023757.9

申请日：2021-09-01

申请人： 中国农业大学

发明人： 丁向东 ,  蒋尧 ,  刘华涛 ,  邹全 ,  李淑娟

IPC分类号： C12N15/113 ,  C12Q1/6888 ,  C12Q1/6851 ,  C12N15/11

摘要： 本发明涉及一种与猪无毛性状相关的miRNA标志物及其应用，所述miRNA标志物为miRNA‑29a‑5p，其中所述miRNA‑29a‑5p序列如SEQ ID NO.1所示，所述miRNA‑29a‑5p的前体序列如SEQ ID NO.2所示，所述miRNA‑29a‑5p与靶基因EDAR的结合位点如SEQ ID NO.3所示；当所述成熟的miRNA‑29a‑5p在猪胚胎皮肤组织中的基因表达量低于3的判定为有毛猪，所述成熟的miRNA‑29a‑5p在猪胚胎皮肤组织中的基因表达量高于30判定为无毛猪。本发明提供的猪无毛性状相关的miRNA标志物可应用于无毛猪鉴定培育中，根据本发明的技术方案鉴定培育的无毛猪应用在医学和科研领域。

公开(公告)号：CN113684282B

公开(公告)日：2023-09-26

申请号：CN202110965146.X

申请日：2021-08-20

申请人： 中国农业大学

发明人： 丁向东 ,  蒋尧 ,  刘华涛 ,  邹全 ,  李淑娟

IPC分类号： C12Q1/6888 ,  C12N15/11

摘要： 本发明涉及一种基于EDAR基因表达量检测猪无毛性状的方法及其应用，采集猪胚胎背部皮肤组织，通过PCR定量检测EDAR基因表达量，EDAR基因表达量低于3的判定为无毛猪。本发明提供的基于EDAR基因表达量检测猪无毛性状的方法可用于辅助无毛猪筛选育种，通过敲除EDAR，可以培育获得无毛猪纯合体。本发明筛选出影响毛囊基板生长的候选基因EDAR，为人类遗传性脱发疾病研究提供重要借鉴和动物模型，同时也提供了一种无毛性状的分子标记和可供研究使用的大白猪无毛试验群体，为人类遗传性脱发，无发等疾病研究提供重要的猪无毛品系动物模型。

公开(公告)号：CN116590435A

公开(公告)日：2023-08-15

申请号：CN202310868459.2

申请日：2023-07-17

申请人： 中国农业大学

发明人： 王楚端 ,  刘华涛 ,  丁向东 ,  马福平

IPC分类号： C12Q1/6888 ,  C12Q1/6869 ,  G16B20/20 ,  G16B25/10 ,  G16B40/00

摘要： 一种与猪背膘厚相关的因果候选基因及其鉴定方法和应用，本发明涉及动物基因工程领域，一种与猪背膘厚相关的因果候选基因，其特征在于：与猪背膘厚相关的因果候选基因的显著信号位点为SSC9：15828911，所述信号位点对应的调控基因为RAB30。本发明的有益效果为通过联合多组学数据能够快速、低成本、有效的对猪脂肪沉积的因果候选基因进行精细定位，其方法和结果能够为猪脂肪沉积的遗传解析和猪肉质改良的分子育种提供理论依据和重要参考。

公开(公告)号：CN113684282A

公开(公告)日：2021-11-23

申请号：CN202110965146.X

申请日：2021-08-20

申请人： 中国农业大学

发明人： 丁向东 ,  蒋尧 ,  刘华涛 ,  邹全 ,  李淑娟

IPC分类号： C12Q1/6888 ,  C12N15/11

摘要： 本发明涉及一种基于EDAR基因表达量检测猪无毛性状的方法及其应用，采集猪胚胎背部皮肤组织，通过PCR定量检测EDAR基因表达量，EDAR基因表达量低于3的判定为无毛猪。本发明提供的基于EDAR基因表达量检测猪无毛性状的方法可用于辅助无毛猪筛选育种，通过敲除EDAR，可以培育获得无毛猪纯合体。本发明筛选出影响毛囊基板生长的候选基因EDAR，为人类遗传性脱发疾病研究提供重要借鉴和动物模型，同时也提供了一种无毛性状的分子标记和可供研究使用的大白猪无毛试验群体，为人类遗传性脱发，无发等疾病研究提供重要的猪无毛品系动物模型。

公开(公告)号：CN116590435B

公开(公告)日：2023-09-29

申请号：CN202310868459.2

申请日：2023-07-17

申请人： 中国农业大学

发明人： 王楚端 ,  刘华涛 ,  丁向东 ,  马福平

IPC分类号： C12Q1/6888 ,  C12Q1/6869 ,  G16B20/20 ,  G16B25/10 ,  G16B40/00

摘要： 一种与猪背膘厚相关的因果候选基因及其鉴定方法和应用，本发明涉及动物基因工程领域，一种与猪背膘厚相关的因果候选基因，其特征在于：与猪背膘厚相关的因果候选基因的显著信号位点为SSC9：15828911，所述信号位点对应的调控基因为RAB30。本发明的有益效果为通过联合多组学数据能够快速、低成本、有效的对猪脂肪沉积的因果候选基因进行精细定位，其方法和结果能够为猪脂肪沉积的遗传解析和猪肉质改良的分子育种提供理论依据和重要参考。

公开(公告)号：CN116445584A

公开(公告)日：2023-07-18

申请号：CN202310707878.8

申请日：2023-06-15

申请人： 中国农业大学

发明人： 丁向东 ,  刘华涛 ,  李淑娟 ,  张梓鹏 ,  都鹤鹤 ,  邵玉如 ,  王楚端

IPC分类号： C12Q1/6809 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/6888 ,  C12Q1/6874 ,  G16B20/20 ,  G16B30/10 ,  C40B40/06

摘要： 本发明涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪10K液相芯片及其应用。本发明在保持液相芯片设计基本原则下，对已有芯片增加新标记，并利用多聚单核苷酸多态性技术对探针进行优化，产生更多分型质量高、在探针区域内与靶位点SNP连锁不平衡中等的SNP标记，提高芯片的有效标记数量。本发明的mSNP液相芯片使可检测的SNP数目增加到靶位点SNP标记数的1.5‑2倍，解决了已有芯片仅含靶位点SNP，无法提供mSNP标记的问题，且成本没有增加。通过基因型填充技术，将本发明的芯片基因型数据填充至主流的50K芯片，用于基因组选择，获得与50K芯片相同或相近的分子选种准确性，降低了猪分子育种成本。