高通量测序数据自动化组装方法、系统、设备及存储介质

    公开(公告)号:CN113963749A

    公开(公告)日:2022-01-21

    申请号:CN202111060995.7

    申请日:2021-09-10

    Abstract: 本发明公开了一种高通量测序数据自动化组装方法、系统、设备及存储介质,所述方法包括:对于测序平台生成两个包含所有测序样本的reads的测序质量文件,读取两个测序质量文件中的每条reads,并输出到对应的测序文本,统计每个测序样本的reads数和无法识别的reads数后写入统计文件,完成测序样本的识别和分箱;对测序样本进行引物序列清除和表达载体序列清除。基于de Bruijn图算法对序列文件进行三次迭代组装,得到contig;基于重叠‑排列‑生成算法对contig进行两次迭代组装,从而获得基因组序列。本发明可以避免生物研究人员手动处理测序数据产生的误差,能够解决功能宏基因组学中高通量测序技术的测序数据处理效率低、操作易出错等问题。

    一株供体菌、其构建方法与应用以及质粒抑制剂筛选方法

    公开(公告)号:CN110129246B

    公开(公告)日:2021-02-19

    申请号:CN201910355278.3

    申请日:2019-04-29

    Abstract: 本发明提供了一株供体菌、其构建方法与应用以及质粒抑制剂筛选方法。所述的供体菌包含自杀型荧光质粒和pCRISPR‑LUX质粒,该供体菌本身不表达荧光;而所述的自杀型荧光质粒可通过接合转移进入受体菌,由于接合子脱离了失去核酸内切酶活性的Cas9蛋白的抑制而可以表达荧光。本发明还提供了所述的供体菌的构建方法及应用,所述的应用为通过分析接合子的荧光表达情况对接合转移效率进行定量分析或质粒抑制剂的筛选。同时,本发明还提供了一种基于CRISPR/dCas9筛选质粒抑制剂的方法,可实现高通量筛选抑制耐药质粒接合转移的物质,筛选过程高效、方便、快捷,适用范围较为广泛,为克服细菌耐药性提供新的思路和方法。

    一种Elizabethkingia.anophelis 279-2菌株及应用

    公开(公告)号:CN111893068A

    公开(公告)日:2020-11-06

    申请号:CN202010803862.3

    申请日:2020-08-11

    Abstract: 本发明属于抗生素的生物降解技术领域,公开了一种Elizabethkingia.anophelis 279-2菌株及其在降解四环素类抗生素中的应用,本发明提供一种Elizabethkingia.anophelis 279-2菌株,该菌株于2020年7月23日保藏于广东省微生物菌种保藏中心,保藏编号为GDMCC No:61096,该菌株的16S rDNA具有如SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列,其对四环素类抗生素的多西环素、米诺环素和伊瓦拉环素具有良好的降解作用,能够在16小时后降解64.2%的伊瓦拉环素,为四环素类抗生素的多西环素、米诺环素和伊瓦拉环素残留问题提供了安全、环保的解决途径。

    一种监测细菌生长的设备及监测方法

    公开(公告)号:CN107460119B

    公开(公告)日:2020-10-23

    申请号:CN201610375781.1

    申请日:2016-05-30

    Abstract: 本发明提供的一种监测细菌生长的设备监测方法,设备包括恒温培养箱、扫描仪、计算机,以及于计算机CPU安装的细菌生长监测处理系统,所述恒温培养箱内装有通过数据线和集线器与计算机连接的若干个扫描仪,每个扫描仪内安放有若干培养皿;于所述计算机CPU安装的细菌生长监测系统,由图像采集模块、图像处理模块、图像分析模块、结果呈现模块组成。本发明监测方法通过扫描仪获得菌落大小和像素面积的一致性,进而得到细菌生长情况,相比于传统通过分光光度计的方法测细菌量,该方法大大减少了系统误差和偶然误差;本发明监测方法不仅可以应用于细菌计数,细菌分离和鉴定。还可以用作混合样品检测,高通量筛选质粒抑制剂等,并且具有微生物成像的功能。

    基于平皿实验和深度学习的抑菌程度识别方法

    公开(公告)号:CN108090501B

    公开(公告)日:2020-08-18

    申请号:CN201711190762.2

    申请日:2017-11-24

    Abstract: 本发明公开了一种基于平皿实验和深度学习的抑菌程度识别方法,包括下述步骤:S1、确定药敏纸片位置;S2、测定抑菌圈大小;S3、构造样本集:给深度学习模型构造带标签的样本集,用于训练模型;S4、构建及训练模型:构建能够用来识别药敏纸片的模型,并用训练样本集进行训练;S5、使用模型识别药敏纸片;S6、判定药物的抑菌程度:通过模型识别出的药物种类,从数据库中查询对应的抑菌标准,再确定抑菌圈的直径属于标准中的哪一个区间,从而得到药物的抑菌程度。本发明的方法,使得操作人员只需拍摄平皿图像,就能从图像中识别出每个药敏纸片所属的药物种类,以及其对应的抑菌圈的大小,使得自动化抑菌程度识别成为可能。

    一种四环素类抗生素降解基因tet(X)的优化及其在真核表达系统中的应用

    公开(公告)号:CN111172180A

    公开(公告)日:2020-05-19

    申请号:CN202010010949.5

    申请日:2020-01-06

    Abstract: 本发明属于基因工程技术领域,具体涉及一种四环素类抗生素降解基因tet(X)的优化及其在真核表达系统中的应用,为构建一种可分泌四环素类抗生素降解酶的真核表达系统,从而为四环素类抗生素的降解提供了一种新的途径,本发明在基因tet(X)序列的基础上经过优化得到适用于真核表达系统的tet(X)*序列,并首次使用pPIC9K载体将优化后的基因稳定的转入到毕赤酵母GS115中,构建得到一种工程酵母,该工程酵母具有表达Tet(X)蛋白的能力。通过工程酵母的表达效果试验可见,该工程酵母外源基因所表达的蛋白质在NADPH、Mg2+、O2的参与下表现出生物功能,对四环素类抗生素具有高效的降解作用。

    基于ISApl1插入序列构建能表达荧光的自杀型质粒及菌株的方法

    公开(公告)号:CN110129349A

    公开(公告)日:2019-08-16

    申请号:CN201910282838.7

    申请日:2019-04-10

    Abstract: 本发明公开了基于ISApl1插入序列构建能表达荧光的自杀型质粒及菌株的方法。该自杀型质粒的构建方法如下:通过AflII和XhoI双酶切pUC19-tpm质粒和pUC19-RP4质粒,然后将电泳后回收的产物用连接酶连接,构建pTFX-RP4质粒;然后通过EcoRI和Spel双酶切pTFX-RP4质粒和pBBR1MCS4-LuxCDAB质粒,再将电泳后回收的产物用连接酶连接,构建能表达荧光的自杀型质粒。再进一步将自杀型质粒转化大肠杆菌WM3064感受态细胞,并将获得的荧光标记的大肠杆菌与目标菌株混合培养,可构建荧光菌株。本发明方法效率高、成本低,适用于构建耐药菌株、药动药效学评价或筛选药物。

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