一种地方鸡中低密度10K全基因组SNP液相芯片及其应用

    公开(公告)号:CN117187410A

    公开(公告)日:2023-12-08

    申请号:CN202311218053.6

    申请日:2023-09-20

    IPC分类号: C12Q1/6888 C12Q1/6837

    摘要: 本发明涉及一种地方鸡中低密度10K全基因组SNP液相芯片及其应用。本发明通过全基因组重测序技术获得地方鸡58个品种的955个个体的全基因组遗传信息,通过严格筛选获得45669个SNP分子标记组成的基础数据集,再进一步遴选出10046个SNP分子标记,并以遴选的SNP分子标记为检测靶点构建SNP液相芯片。本发明的SNP液相芯片具有目标区域数据覆盖度和均一性好、基因分型检出率高的优势,极大地降低了基因组分型成本。同时,计算其与高密度40K全基因组SNP液相芯片亲缘系数矩阵,平均相关系数达到95.18%,证明在采用基因组选择技术进行分子育种时,可以代替40K SNP的液相芯片,实现快速低成本。