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公开(公告)号:CN102409044A
公开(公告)日:2012-04-11
申请号:CN201010299248.4
申请日:2010-09-21
申请人: 深圳华大基因科技有限公司 , 深圳华大基因研究院
CPC分类号: C40B40/06 , C12N15/1065 , C12Q1/6869 , C40B50/02 , C40B50/06 , C12Q2525/119
摘要: 本发明基于目前illumina公司提供的Solexa Single End测序平台,针对数字基因表达谱文库(DGE)样品建库方法,设计了独特的标签序列(index1-12),通过接头将标签嵌DGE文库的3’接头中,成功的建立了数字基因表达谱标签文库(DGE标签文库)的建库方法,适合任何真核生物RNA样品的DGE标签文库构建,并成功用于solexa测序,不仅增大了DGE样品的测序通量,而且降低了solexa针对DGE测序的费用。
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公开(公告)号:CN107002130B
公开(公告)日:2022-02-01
申请号:CN201580061261.7
申请日:2015-11-10
申请人: 深圳华大基因研究院 , 深圳华大基因科技有限公司
IPC分类号: C12Q1/6869 , G01N33/487
摘要: 提供了改进的单分子测序方法、组合物和装置。在第一方面,本发明提供使用纳米孔测序对靶序列进行测序的多程方法,所述方法包括:i)提供包含所述靶序列的多个拷贝的非天然存在的多联体核酸分子;ii)对所述多联体中的所述靶序列的至少三个拷贝进行纳米孔测序,由此获得多程序列数据集,其中所述多程序列数据集包含所述靶序列的所述至少三个拷贝的靶序列数据集;以及iii)使用所述多程序列数据集来确定所述靶序列。
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公开(公告)号:CN101967476A
公开(公告)日:2011-02-09
申请号:CN201010299261.X
申请日:2010-09-21
申请人: 深圳华大基因科技有限公司 , 深圳华大基因研究院
CPC分类号: C40B40/06 , C12N15/1065 , C40B50/08
摘要: 本发明设计了长度为8bp独特的161个标签序列,并将标签嵌入DNA接头中从而形成DNA PCR-Free标签接头。本发明还提供了通过连接DNA PCR-Free标签接头来导入标签序列,不需要经过PCR反应而成功构建DNA标签文库,并应用于solexa DNA测序。这样将建库方法优化以后,不需要通过PCR反应来构建DNA标签文库。
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公开(公告)号:CN107002130A
公开(公告)日:2017-08-01
申请号:CN201580061261.7
申请日:2015-11-10
申请人: 深圳华大基因研究院 , 深圳华大基因科技有限公司
IPC分类号: C12Q1/68
CPC分类号: C12Q1/6869 , C12Q2525/151 , C12Q2565/631
摘要: 提供了改进的单分子测序方法、组合物和装置。在第一方面,本发明提供使用纳米孔测序对靶序列进行测序的多程方法,所述方法包括:i)提供包含所述靶序列的多个拷贝的非天然存在的多联体核酸分子;ii)对所述多联体中的所述靶序列的至少三个拷贝进行纳米孔测序,由此获得多程序列数据集,其中所述多程序列数据集包含所述靶序列的所述至少三个拷贝的靶序列数据集;以及iii)使用所述多程序列数据集来确定所述靶序列。
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公开(公告)号:CN102409048A
公开(公告)日:2012-04-11
申请号:CN201010299271.3
申请日:2010-09-21
申请人: 深圳华大基因科技有限公司 , 深圳华大基因研究院
CPC分类号: C12Q1/6869 , C12Q2537/143
摘要: 本发明提供了长度为7bp独特的标签序列,可以分别通过接头连接和PCR反应分别将标签序列导入DNA标签文库。本发明基于目前illumina公司的solexa测序平台提供了使用所述标签序列构建DNA标签文库的方法,应用于solexa DNA测序,提高了DNA标签文库的制备的效率,增大了DNA样品的测序通量,降低了单个样品的solexa测序费用。
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公开(公告)号:CN102409049A
公开(公告)日:2012-04-11
申请号:CN201010299305.9
申请日:2010-09-21
申请人: 深圳华大基因科技有限公司 , 深圳华大基因研究院
CPC分类号: C12N15/1065 , C12Q1/6869 , C40B40/06 , C40B50/06 , C12Q2537/143
摘要: 本发明设计了长度为8bp独特的161个标签序列,并将标签嵌入DNA PCR引物中从而形成DNA PCR标签引物,从而可以通过PCR反应导入标签序列。本发明成功地建立了DNA标签文库的建库方法,并应用于solexa DNA测序。
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公开(公告)号:CN102409045A
公开(公告)日:2012-04-11
申请号:CN201010299257.3
申请日:2010-09-21
申请人: 深圳华大基因科技有限公司 , 深圳华大基因研究院
CPC分类号: C12Q1/6869 , C12N15/1065 , C12Q2525/191 , C12Q2563/179
摘要: 本发明基于illumina公司的solexa测序平台提供的DNA标签文库制备方法,设计了长度为6bp独特的标签序列,将标签嵌入DNA接头中,通过连接DNA接头连接来导入标签序列,成功的建立了DNA标签文库的建库方法,并应用于solexa DNA测序。
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公开(公告)号:CN101967476B
公开(公告)日:2012-11-14
申请号:CN201010299261.X
申请日:2010-09-21
申请人: 深圳华大基因科技有限公司 , 深圳华大基因研究院
IPC分类号: C12N15/11
CPC分类号: C40B40/06 , C12N15/1065 , C40B50/08
摘要: 本发明设计了长度为8bp独特的161个标签序列,并将标签嵌入DNA接头中从而形成DNA PCR-Free标签接头。本发明还提供了通过连接DNA PCR-Free标签接头来导入标签序列,不需要经过PCR反应而成功构建DNA标签文库,并应用于solexa DNA测序。这样将建库方法优化以后,不需要通过PCR反应来构建DNA标签文库。
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公开(公告)号:CN107633153A
公开(公告)日:2018-01-26
申请号:CN201710724224.0
申请日:2017-08-22
申请人: 深圳华大基因研究院
摘要: 本申请公开了一种肿瘤个体化临床实验文本挖掘的方法和系统。本申请的肿瘤个体化临床实验文本挖掘方法包括,(1)根据待测对象个体化信息数据在预设的临床实验数据库中进行查询,筛选与个体化信息数据相匹配的临床实验文本;筛选获取优先等级为,疾病类型>性别>年龄>国家>生物标记物变异信息;(2)对步骤(1)筛选获取的实验文本进行排序,基因变异位点完全匹配>基因的其它变异匹配>基因匹配>相关基因匹配;(3)输出排序实验文本,即个体化临床实验文本。本申请的方法,不仅能为广大患者和医生提供更多、更精准的个体化治疗方案;而且,可以获得更全面、准确、有效的参考数据,提高了个体化治疗方案的准确度和效率,节约时间成本。
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公开(公告)号:CN106497920A
公开(公告)日:2017-03-15
申请号:CN201611026504.6
申请日:2016-11-21
申请人: 深圳华大基因研究院
CPC分类号: C12N15/1093 , C12Q1/6806 , C12Q1/6869 , C40B50/06 , C12Q2531/113 , C12Q2525/191 , C12Q2535/122
摘要: 本发明公开了一种可用于非小细胞肺癌基因突变检测的优化的测序文库构建方法和试剂盒。方法包括:一管式反应完成基因组DNA打断至接头连接,连接产物扩增后与非小细胞肺癌相关基因目标区域探针进行杂交捕获,之后进行BGISEQ-500/1000平台测序及数据分析得到突变发生情况。基于一管式反应极大的优化了实验流程,减少操作复杂性和时间,降低了对临床样本起始量的要求;一次性可检测多基因多位点,覆盖点突变、插入缺失、结构变异及拷贝数变异,检测结果准确并弥补了PCR捕获方法无法一次性检测结构变异的不足,大大提升高通量测序应用于非小细胞肺癌基因突变检测的实效性。本发明的覆盖面广、性价比高,可为医师诊断、治疗和用药提供参考依据,适于大规模推广应用。
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