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    Methods for enriching populations of nucleic acid samples
    1.
    发明申请
    Methods for enriching populations of nucleic acid samples 审中-公开
    富集核酸样品群体的方法

    公开(公告)号：US20050100911A1

    公开(公告)日：2005-05-12

    申请号：US10635175

    申请日：2003-08-06

    申请人： Nila Patil ,  David Cox ,  Charit Pethiyagoda ,  Andrew Sparks ,  Huang-Tsu Chen

    发明人： Nila Patil ,  David Cox ,  Charit Pethiyagoda ,  Andrew Sparks ,  Huang-Tsu Chen

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

    CPC分类号： C12Q1/6806 ,  C12Q1/6855 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2521/313 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2525/313 ,  C12Q2533/101

    摘要： The invention provides several methods for reducing the complexity of a population of nucleic acids prior to performing an analysis of the nucleic acids on a nucleic acid probe array. The methods result in a subset of the initial population enriched for a desired property, or lacking nucleic acids having an undesired properly. The resulting nucleic acids in the subset are then applied to the array for various types of analysis. The methods are particularly useful for analyzing populations having a high decree of complexity, for example, chromosomal-derived DNA, or whole genomic DNA, or mRNA population. In addition, such methods allow for analysis of pooled samples.

    摘要翻译： 本发明提供了在对核酸探针阵列上的核酸进行分析之前降低核酸群体的复杂性的几种方法。 该方法导致富集所需性质的初始群体的子集，或缺少具有不理想的核酸。 然后将该子集中得到的核酸应用于阵列进行各种类型的分析。 该方法对于分析具有高复杂度的群体特别有用，例如染色体衍生的DNA或全基因组DNA或mRNA群体。 此外，这种方法允许对合并的样品进行分析。

    Human genomic polymorphisms
    4.
    发明申请
    Human genomic polymorphisms 审中-公开
    人类基因组多态性

    公开(公告)号：US20060188875A1

    公开(公告)日：2006-08-24

    申请号：US10284444

    申请日：2002-10-31

    申请人： David Cox ,  Nila Patil ,  Anthony Berno ,  David Hinds

    发明人： David Cox ,  Nila Patil ,  Anthony Berno ,  David Hinds

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00 ,  C07H21/04

    CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  G16B20/00 ,  G16B40/00

    摘要： The invention provides nucleic acid segments of the human genome including polymorphic sites, SNP haplotype blocks, SNP haplotype patterns for each block and informative SNPs for each pattern. Allele-specific primers and probes hybridizing to regions flanking these sites are also provided. The nucleic acids, primers and probes are used in applications such as association studies and other genetic analyses.

    摘要翻译： 本发明提供人类基因组的核酸片段，包括多态性位点，SNP单倍型区块，每个区块的SNP单倍型模式和每种模式的信息性SNP。 还提供了与这些位点侧翼区域杂交的等位基因特异性引物和探针。 核酸，引物和探针用于关联研究和其他遗传分析等应用。

    Methods for identifying the evolutionarily conserved sequences
    5.
    发明授权
    Methods for identifying the evolutionarily conserved sequences 失效
    鉴定进化保守序列的方法

    公开(公告)号：US06963805B2

    公开(公告)日：2005-11-08

    申请号：US09972595

    申请日：2001-10-05

    申请人： Kelly A. Frazer ,  Nila Patil ,  John Sheehan

    发明人： Kelly A. Frazer ,  Nila Patil ,  John Sheehan

    IPC分类号： C12P19/34 ,  C12Q1/68 ,  G01N31/00 ,  G01N33/00 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00

    CPC分类号： C12Q1/6876 ,  C12Q2600/156

    摘要： The present invention provides methods for determining sequence similarity (conserved sequences) between nucleic acids from a first organism and nucleic acids from a second, different organism without having to know a priori the nucleic acid sequence from the second, different organism. The first nucleic acid can be from any organism where the sequence of the nucleic acid is known and the second nucleic acid can be from any organism. The method involves determining which bases from the second nucleic acid are identical to the first nucleic acid, and allows one to determine the sequence of portions of the second nucleic acid. The invention is useful for identifying putative functional regions or putative organism-sequences in a genome.

    摘要翻译： 本发明提供了用于确定来自第一生物体的核酸和来自第二种不同生物体的核酸之间的序列相似性（保守序列）的方法，而不必先验地知道来自第二种不同生物体的核酸序列。 第一核酸可以来自任何已知核酸序列并且第二核酸可以来自任何生物体的生物体。 该方法包括确定来自第二核酸的哪些碱基与第一核酸相同，并且允许确定第二核酸的部分序列。 本发明可用于鉴定基因组中的推定功能区域或推定的生物体序列。

    Genetic analysis systems and methods
    7.
    发明授权
    Genetic analysis systems and methods 有权
    遗传分析系统和方法

    公开(公告)号：US06897025B2

    公开(公告)日：2005-05-24

    申请号：US10042819

    申请日：2002-01-07

    申请人： David R. Cox ,  Bradley A. Margus ,  Nila Patil

    发明人： David R. Cox ,  Bradley A. Margus ,  Nila Patil

    IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/02 ,  C07H21/04

    CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q2565/125 ,  C12Q2565/501

    摘要： Improved systems and methods for performing genetic analyses. Full genomic DNA scans are performed on the genetic DNA from a plurality of individuals to identify genetic variants. For those variants, but not based on a full genetic DNA scan, the variants alone are scanned in additional individuals to identify blocks of the variants that tend to be inherited together.

    摘要翻译： 改进的用于进行遗传分析的系统和方法。 对来自多个个体的遗传DNA进行全基因组DNA扫描，以鉴定遗传变异。 对于这些变体，但不是基于完整的基因DNA扫描，单独的变体被扫描在另外的个体中以鉴定易于一起遗传的变体块。

    METHODS FOR GENOMIC ANALYSIS
    8.
    发明申请
    METHODS FOR GENOMIC ANALYSIS 审中-公开
    基因分析方法

    公开(公告)号：US20110020815A1

    公开(公告)日：2011-01-27

    申请号：US12795361

    申请日：2010-06-07

    申请人： Nila Patil ,  David R. Cox ,  Anthony J. Berno ,  David A. Hinds

    发明人： Nila Patil ,  David R. Cox ,  Anthony J. Berno ,  David A. Hinds

    IPC分类号： C12Q1/68

    CPC分类号： G16B30/00 ,  C12Q1/6827 ,  G16B40/00 ,  Y10T436/143333

    摘要： The present invention relates to methods for identifying variations that occur in the human genome and relating these variations to the genetic basis of disease and drug response. In particular, the present invention relates to identifying individual SNPs, determining SNP haplotype blocks and patterns, and, further, using the SNP haplotype blocks and patterns to dissect the genetic bases of disease and drug response. The methods of the present invention are useful in whole genome analysis.

    摘要翻译： 本发明涉及用于鉴定在人类基因组中发生的变异并将这些变异与疾病和药物反应的遗传基础相关联的方法。 特别地，本发明涉及鉴定单个SNP，确定SNP单倍型区块和模式，并且还涉及使用SNP单倍型区块和模式来解剖疾病和药物反应的遗传基础。 本发明的方法可用于全基因组分析。

    Methods for amplification of nucleic acids
    10.
    发明授权
    Methods for amplification of nucleic acids 失效
    扩增核酸的方法

    公开(公告)号：US06740510B2

    公开(公告)日：2004-05-25

    申请号：US10042492

    申请日：2002-01-09

    申请人： Curtis R. Kautzer ,  Nila Patil ,  Coleen R. Hacker ,  David P. McDonough

    发明人： Curtis R. Kautzer ,  Nila Patil ,  Coleen R. Hacker ,  David P. McDonough

    IPC分类号： C12P1934

    CPC分类号： C12Q1/686 ,  C12Q1/6806

    摘要： The presently claimed invention provides methods for amplifying a DNA target sequence. One embodiment of the present invention provides robust methods for amplification of target sequences. In a first aspect of the invention, a method for designing primer pairs for the amplification reaction is provided. In a further aspect of the invention, reagents and cycling parameters for the amplification reaction are provided.

    摘要翻译： 本发明提供的扩增DNA靶序列的方法。 本发明的一个实施方案提供用于扩增靶序列的鲁棒方法。 在本发明的第一方面，提供了一种设计用于扩增反应的引物对的方法。 在本发明的另一方面，提供了用于扩增反应的试剂和循环参数。