公开(公告)号：US20060088857A1

公开(公告)日：2006-04-27

申请号：US11217194

申请日：2005-09-01

申请人： Said Attiya ,  Vinod Makhijani ,  Ming Lei ,  Yi-Ju Chen ,  John Simpson ,  G. Roth ,  Chun Ho ,  Yu Pengguang

发明人： Said Attiya ,  Vinod Makhijani ,  Ming Lei ,  Yi-Ju Chen ,  John Simpson ,  G. Roth ,  Chun Ho ,  Yu Pengguang

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12M1/34

CPC分类号： B01D69/02 ,  B01D61/18 ,  B01D69/10 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00286 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00414 ,  B01J2219/00423 ,  B01J2219/00466 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00576 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00704 ,  B01J2219/00722 ,  B01L3/50255 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2300/0877 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2565/501

摘要： The present invention relates to methods and apparatuses for conducting densely packed, independent chemical reactions in parallel in fluid-permeable arrays. Accordingly, this invention also focuses on the use of such arrays for applications such as DNA sequencing, most preferably pyrophosphate sequencing, and DNA amplification.

摘要翻译： 本发明涉及用于在流体可渗透阵列中并行进行密集堆积的独立化学反应的方法和装置。 因此，本发明还集中于这种阵列用于诸如DNA测序，最优选焦磷酸测序和DNA扩增的应用。

公开(公告)号：US20060019264A1

公开(公告)日：2006-01-26

申请号：US11016942

申请日：2004-11-23

申请人： Said Attiya ,  Vinod Makhijani ,  Ming Lei ,  Yi-Ju Chen ,  John Simpson ,  C. Roth ,  Chun Ho

发明人： Said Attiya ,  Vinod Makhijani ,  Ming Lei ,  Yi-Ju Chen ,  John Simpson ,  C. Roth ,  Chun Ho

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12M1/34

CPC分类号： B01D61/18 ,  B01D69/02 ,  B01D69/10 ,  B01D71/56 ,  B01D2325/38 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00286 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00414 ,  B01J2219/00423 ,  B01J2219/00466 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00576 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00704 ,  B01J2219/00722 ,  B01L3/5025 ,  B01L3/50255 ,  B01L7/52 ,  B01L2200/16 ,  B01L2300/0681 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2300/0829 ,  B01L2300/0877 ,  B01L2400/0487 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  G01N21/6452 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2535/107 ,  C12Q2565/501

摘要： The present invention relates to methods and apparati for conducting densely packed, independent chemical reactions in parallel in a substantially two-dimensional array. Accordingly, this invention also focuses on the use of this array for applications such as DNA sequencing, most preferably pyrosequencing, and DNA amplification.

摘要翻译： 本发明涉及以大致二维阵列并行进行密集填充的独立化学反应的方法和装置。 因此，本发明还着重于将该阵列用于诸如DNA测序，最优选焦磷酸测序和DNA扩增的应用。

公开(公告)号：US20110213563A1

公开(公告)日：2011-09-01

申请号：US13043063

申请日：2011-03-08

申请人： Yi-Ju Chen ,  Chiu Tai Andrew Wong

发明人： Yi-Ju Chen ,  Chiu Tai Andrew Wong

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： G06F19/22 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/24 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2537/165 ,  C12Q2535/113

摘要： An embodiment of a method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of template molecules is described that comprises the steps of detecting signals generated in response to nucleotide species introduced during a sequencing reaction; generating an observed value for the signal detected from each of the nucleotide species; defining positive incorporation values and negative incorporation values from the observed values using a carry forward value and an incomplete extension value; revising the carry forward value and the incomplete extension value using a noise value that is derived from observed values associated with the negative incorporation values; re-defining the positive incorporation values and the negative incorporation values using the revised carry forward value and the revised incomplete extension value; and repeating the steps of revising and re-defining until convergence of the positive incorporation values and the negative incorporation values

摘要翻译： 描述了用于校正与从模板分子群体生成的序列数据的相位同步相关联的错误的方法的实施例，其包括以下步骤：检测响应于在测序反应期间引入的核苷酸种类产生的信号; 产生从每个核苷酸物种检测的信号的观察值; 使用结转值和不完全扩展值从观察值中确定正合并值和负并入值; 使用从与负合并值相关联的观测值导出的噪声值来修正结转值和不完全扩展值; 使用修订的结转值和修订的不完全扩展值重新定义积极的并入价值和负的并入价值; 并重复修正和重新定义的步骤，直到正合并值和负合并值的收敛

公开(公告)号：US20090265614A1

公开(公告)日：2009-10-22

申请号：US12180599

申请日：2008-07-28

申请人： Kuo-Lung CHANG ,  Yi-Ju Chen ,  Hsing-Yung Wang ,  Li-Chin Lin

发明人： Kuo-Lung CHANG ,  Yi-Ju Chen ,  Hsing-Yung Wang ,  Li-Chin Lin

IPC分类号： G06F17/00

CPC分类号： G06F17/217

摘要： A method for converting a computerized briefing file to a PC-less briefing file is disclosed and comprises the steps of: presenting the computerized briefing file via a briefing software, wherein the computerized briefing file has a plurality of pages of briefing data; capturing the plurality of frames of the presented page of briefing data while presenting each page of briefing data, wherein if a difference block is existed between the last frame and the next frame, the difference block being stored in the PC-less file, otherwise, presenting the next frame; judging whether the pagination of the presented frame is changed or not, if not, continuously capturing, comparing and storing the present page of briefing data, otherwise, capturing, comparing and storing the next page of briefing data; and such steps are not stopped until the last page of briefing data has being done.

摘要翻译： 公开了一种将计算机简报文件转换为无PC简报文件的方法，包括以下步骤：通过简报软件呈现计算机化简报文件，其中计算机简报文件具有多页简报数据; 在呈现简报数据的每个页面的同时捕获所呈现的简报数据页面的多个帧，其中如果在最后一帧和下一帧之间存在差分块，则差分块被存储在无PC文件中，否则， 呈现下一帧; 判断所呈现的帧的分页是否改变，否则，连续地捕获，比较和存储简报数据的当前页面，否则，捕获，比较和存储简报数据的下一页; 并且直到简报数据的最后一页已经完成，这些步骤才停止。

公开(公告)号：US07035770B2

公开(公告)日：2006-04-25

申请号：US10739857

申请日：2003-12-18

申请人： Shuo-Huei Lin ,  Ruenn-Sheng Peng ,  Yi-Ju Chen ,  Kuo-Rung Hsiao

发明人： Shuo-Huei Lin ,  Ruenn-Sheng Peng ,  Yi-Ju Chen ,  Kuo-Rung Hsiao

IPC分类号： G06F15/00

CPC分类号： H01L21/67253 ,  G05B23/0281 ,  G05B2219/1112 ,  G05B2223/02

摘要： System and method for detecting suspicious process faults. A preferred embodiment comprises determining a strength relationship between wafer acceptance test (WAT) parameters and process steps. The strength relationships indicate the affect of a failed process step on the value of a WAT parameter. Thus, if a WAT parameter is not within the parameters set in the WAT, then the suspicious process steps that caused the failure are the process steps that had a strength relationship with the failed WAT parameter. Furthermore, in a preferred embodiment, negative inferences are determined and utilized to determine a degree of suspiciousness. The degree of suspiciousness is used to determine a total degree of suspiciousness.

摘要翻译： 检测可疑过程故障的系统和方法。 优选实施例包括确定晶片接受测试（WAT）参数和处理步骤之间的强度关系。 强度关系表示失败的过程步骤对WAT参数的值的影响。 因此，如果WAT参数不在WAT中设置的参数内，则导致失败的可疑进程步骤是与失败的WAT参数具有强度关系的进程步骤。 此外，在优选实施例中，确定并利用负推论来确定可疑程度。 怀疑程度用于确定总体怀疑程度。

公开(公告)号：US20130054171A1

公开(公告)日：2013-02-28

申请号：US13608841

申请日：2012-09-10

申请人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

发明人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

IPC分类号： G06F19/18

CPC分类号： C12Q1/6848 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/22 ,  G06F19/24 ,  C12Q2537/165

摘要： An embodiment of method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of substantially identical copies of a template molecule is described that comprises (a) detecting a signal generated in response to an incorporation of one or more nucleotides in a sequencing reaction; (b) generating a value for the signal; and (c) correcting the value for the phasic synchrony error using a first parameter and a second carry forward parameter.

摘要翻译： 描述了用于校正与从模板分子的基本相同拷贝的群体产生的序列数据的相位同步相关联的错误的方法的实施方案，其包括（a）检测响应于在一个或多个核苷酸中的并入产生的信号 测序反应; （b）产生该信号的值; 和（c）使用第一参数和第二进位参数来校正所述相位同步误差的值。

公开(公告)号：US08364417B2

公开(公告)日：2013-01-29

申请号：US13043063

申请日：2011-03-08

申请人： Yi-Ju Chen ,  Chiu Tai Andrew Wong

发明人： Yi-Ju Chen ,  Chiu Tai Andrew Wong

IPC分类号： G06F19/00 ,  G06F15/00

CPC分类号： G06F19/22 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/24 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2537/165 ,  C12Q2535/113

摘要： An embodiment of a method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of template molecules is described that comprises the steps of detecting signals generated in response to nucleotide species introduced during a sequencing reaction; generating an observed value for the signal detected from each of the nucleotide species; defining positive incorporation values and negative incorporation values from the observed values using a carry forward value and an incomplete extension value; and revising the carry forward value and the incomplete extension value using a noise value that is derived from observed values associated with the negative incorporation values.

摘要翻译： 描述了用于校正与从模板分子群体生成的序列数据的相位同步相关联的错误的方法的实施例，其包括以下步骤：检测响应于在测序反应期间引入的核苷酸种类产生的信号; 产生从每个核苷酸物种检测的信号的观察值; 使用结转值和不完全扩展值从观察值中确定正合并值和负并入值; 并且使用从与负合并值相关联的观测值导出的噪声值来修正结转值和不完全扩展值。

公开(公告)号：US08301394B2

公开(公告)日：2012-10-30

申请号：US12224065

申请日：2007-02-15

申请人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

发明人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

IPC分类号： G06F19/00 ,  G06F15/00

CPC分类号： C12Q1/6848 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/22 ,  G06F19/24 ,  C12Q2537/165

摘要： An embodiment of method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of substantially identical copies of a template molecule is described that comprises (a) detecting a signal generated in response to an incorporation of one or more nucleotides in a sequencing reaction; (b) generating a value for the signal; and (c) correcting the value for the phasic synchrony error using a first parameter and a second carry forward parameter.

摘要翻译： 描述了用于校正与从模板分子的基本相同拷贝的群体产生的序列数据的相位同步相关联的错误的方法的实施方案，其包括（a）检测响应于在一个或多个核苷酸中的一个或多个核苷酸的引入而产生的信号 测序反应; （b）产生该信号的值; 和（c）使用第一参数和第二进位参数来校正所述相位同步误差的值。

公开(公告)号：US20110287432A1

公开(公告)日：2011-11-24

申请号：US13110589

申请日：2011-05-18

申请人： Chiu Tai Andrew Wong ,  Yi-Ju Chen ,  Vinod Bhagwan Makhijani

发明人： Chiu Tai Andrew Wong ,  Yi-Ju Chen ,  Vinod Bhagwan Makhijani

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12M1/34

CPC分类号： C12Q1/6869 ,  C12Q2527/137 ,  C12Q2565/301

摘要： An embodiment of a method for optimizing sequencing performance is described that comprises the steps of calculating a nucleotide species specific degradation rate of an apyrase enzyme for a plurality of nucleotide species; determining a concentration for each of the nucleotide species using the nucleotide species specific degradation rate; iteratively providing the concentration of each of the nucleotide species in a reaction environment comprising a polymerase enzyme and a species of template nucleic acid molecule, wherein one or more molecules of the nucleotide species are incorporated into a nascent molecule in a sequencing reaction and the apyrase enzyme is introduced to the reaction environment to degrade unincorporated nucleotide species molecules; and detecting a signal in response to the incorporation of the nucleotide species.

摘要翻译： 描述了用于优化测序性能的方法的实施方案，其包括以下步骤：计算多种核苷酸种类的脱酰酶的核苷酸种类特异性降解速率; 使用核苷酸种类特异性降解速率确定每个核苷酸种类的浓度; 迭代地提供在包含聚合酶和模板核酸分子的种类的反应环境中的每种核苷酸种类的浓度，其中核苷酸种类的一个或多个分子被结合到测序反应中的新生分子中，并且apyrase酶 引入反应环境以降解未掺入的核苷酸物质分子; 以及响应于核苷酸种类的掺入而检测信号。

公开(公告)号：US09587274B2

公开(公告)日：2017-03-07

申请号：US13608841

申请日：2012-09-10

申请人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

发明人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

IPC分类号： G06F19/20 ,  G06F15/00 ,  C12Q1/68 ,  G06F19/24 ,  G06F19/22

CPC分类号： C12Q1/6848 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/22 ,  G06F19/24 ,  C12Q2537/165

摘要： An embodiment of method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of substantially identical copies of a template molecule is described that comprises (a) detecting a signal generated in response to an incorporation of one or more nucleotides in a sequencing reaction; (b) generating a value for the signal; and (c) correcting the value for the phasic synchrony error using a first parameter and a second carry forward parameter.

摘要翻译： 描述了用于校正与从模板分子的基本相同拷贝的群体产生的序列数据的相位同步相关联的错误的方法的实施方案，其包括（a）检测响应于在一个或多个核苷酸中的一个或多个核苷酸的引入而产生的信号 测序反应; （b）产生该信号的值; 和（c）使用第一参数和第二进位参数来校正所述相位同步误差的值。