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    System and Method for Correcting Primer Extension Errors in Nucleic Acid Sequence Data
    4.
    发明申请
    System and Method for Correcting Primer Extension Errors in Nucleic Acid Sequence Data 有权
    用于校正核酸序列数据中引物延伸错误的系统和方法

    公开(公告)号：US20130054171A1

    公开(公告)日：2013-02-28

    申请号：US13608841

    申请日：2012-09-10

    申请人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

    发明人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

    IPC分类号： G06F19/18

    CPC分类号： C12Q1/6848 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/22 ,  G06F19/24 ,  C12Q2537/165

    摘要： An embodiment of method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of substantially identical copies of a template molecule is described that comprises (a) detecting a signal generated in response to an incorporation of one or more nucleotides in a sequencing reaction; (b) generating a value for the signal; and (c) correcting the value for the phasic synchrony error using a first parameter and a second carry forward parameter.

    摘要翻译： 描述了用于校正与从模板分子的基本相同拷贝的群体产生的序列数据的相位同步相关联的错误的方法的实施方案，其包括（a）检测响应于在一个或多个核苷酸中的并入产生的信号 测序反应; （b）产生该信号的值; 和（c）使用第一参数和第二进位参数来校正所述相位同步误差的值。

    System and method for correcting primer extension errors in nucleic acid sequence data
    5.
    发明授权
    System and method for correcting primer extension errors in nucleic acid sequence data 有权
    用于校正核酸序列数据中引物延伸误差的系统和方法

    公开(公告)号：US08301394B2

    公开(公告)日：2012-10-30

    申请号：US12224065

    申请日：2007-02-15

    申请人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

    发明人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

    IPC分类号： G06F19/00 ,  G06F15/00

    CPC分类号： C12Q1/6848 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/22 ,  G06F19/24 ,  C12Q2537/165

    摘要： An embodiment of method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of substantially identical copies of a template molecule is described that comprises (a) detecting a signal generated in response to an incorporation of one or more nucleotides in a sequencing reaction; (b) generating a value for the signal; and (c) correcting the value for the phasic synchrony error using a first parameter and a second carry forward parameter.

    摘要翻译： 描述了用于校正与从模板分子的基本相同拷贝的群体产生的序列数据的相位同步相关联的错误的方法的实施方案，其包括（a）检测响应于在一个或多个核苷酸中的一个或多个核苷酸的引入而产生的信号 测序反应; （b）产生该信号的值; 和（c）使用第一参数和第二进位参数来校正所述相位同步误差的值。

    System and method for correcting primer extension errors in nucleic acid sequence data
    6.
    发明授权
    System and method for correcting primer extension errors in nucleic acid sequence data 有权
    用于校正核酸序列数据中引物延伸误差的系统和方法

    公开(公告)号：US09587274B2

    公开(公告)日：2017-03-07

    申请号：US13608841

    申请日：2012-09-10

    申请人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

    发明人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

    IPC分类号： G06F19/20 ,  G06F15/00 ,  C12Q1/68 ,  G06F19/24 ,  G06F19/22

    CPC分类号： C12Q1/6848 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/22 ,  G06F19/24 ,  C12Q2537/165

    摘要： An embodiment of method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of substantially identical copies of a template molecule is described that comprises (a) detecting a signal generated in response to an incorporation of one or more nucleotides in a sequencing reaction; (b) generating a value for the signal; and (c) correcting the value for the phasic synchrony error using a first parameter and a second carry forward parameter.

    摘要翻译： 描述了用于校正与从模板分子的基本相同拷贝的群体产生的序列数据的相位同步相关联的错误的方法的实施方案，其包括（a）检测响应于在一个或多个核苷酸中的一个或多个核苷酸的引入而产生的信号 测序反应; （b）产生该信号的值; 和（c）使用第一参数和第二进位参数来校正所述相位同步误差的值。

    System and Method for Correcting Primer Extension Errors in Nucleic Acid Sequence Data
    7.
    发明申请
    System and Method for Correcting Primer Extension Errors in Nucleic Acid Sequence Data 有权
    用于校正核酸序列数据中引物延伸错误的系统和方法

    公开(公告)号：US20100192032A1

    公开(公告)日：2010-07-29

    申请号：US12224065

    申请日：2007-02-15

    申请人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

    发明人： Yi-Ju Chen ,  Keith McDade ,  John Simpson

    IPC分类号： G01N33/48 ,  G06F19/00 ,  G06F11/07

    CPC分类号： C12Q1/6848 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/22 ,  G06F19/24 ,  C12Q2537/165

    摘要： An embodiment of method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of substantially identical copy of a template molecule is described that comprises (a) detecting a signal generated in response to an incorporation of one or more nucleotides in a sequencing reaction; (b) generating a value for the signal; and (c) correcting the value for the phasic synchrony error using a first parameter and a second carry forward parameter.

    摘要翻译： 描述了用于校正与基本相同的模板分子拷贝生成的序列数据的相位同步相关的误差的方法的实施方案，其包括（a）检测响应于一个或多个核苷酸的引入产生的信号 测序反应; （b）产生该信号的值; 和（c）使用第一参数和第二进位参数来校正所述相位同步误差的值。

    SYSTEM AND METHOD TO CORRECT OUT OF PHASE ERRORS IN DNA SEQUENCING DATA BY USE OF A RECURSIVE ALGORITHM
    9.
    发明申请
    SYSTEM AND METHOD TO CORRECT OUT OF PHASE ERRORS IN DNA SEQUENCING DATA BY USE OF A RECURSIVE ALGORITHM 有权
    通过使用回归算法来校正DNA序列数据中的相位误差的系统和方法

    公开(公告)号：US20110213563A1

    公开(公告)日：2011-09-01

    申请号：US13043063

    申请日：2011-03-08

    申请人： Yi-Ju Chen ,  Chiu Tai Andrew Wong

    发明人： Yi-Ju Chen ,  Chiu Tai Andrew Wong

    IPC分类号： G06F19/00

    CPC分类号： G06F19/22 ,  C12Q1/6869 ,  G06F19/24 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2537/165 ,  C12Q2535/113

    摘要： An embodiment of a method for correcting an error associated with phasic synchrony of sequence data generated from a population of template molecules is described that comprises the steps of detecting signals generated in response to nucleotide species introduced during a sequencing reaction; generating an observed value for the signal detected from each of the nucleotide species; defining positive incorporation values and negative incorporation values from the observed values using a carry forward value and an incomplete extension value; revising the carry forward value and the incomplete extension value using a noise value that is derived from observed values associated with the negative incorporation values; re-defining the positive incorporation values and the negative incorporation values using the revised carry forward value and the revised incomplete extension value; and repeating the steps of revising and re-defining until convergence of the positive incorporation values and the negative incorporation values

    摘要翻译： 描述了用于校正与从模板分子群体生成的序列数据的相位同步相关联的错误的方法的实施例，其包括以下步骤：检测响应于在测序反应期间引入的核苷酸种类产生的信号; 产生从每个核苷酸物种检测的信号的观察值; 使用结转值和不完全扩展值从观察值中确定正合并值和负并入值; 使用从与负合并值相关联的观测值导出的噪声值来修正结转值和不完全扩展值; 使用修订的结转值和修订的不完全扩展值重新定义积极的并入价值和负的并入价值; 并重复修正和重新定义的步骤，直到正合并值和负合并值的收敛

    Method for Converting A Computerized Briefing File to A PC-less Briefing File and Briefing System for Presenting the PC-less Briefing File
    10.
    发明申请
    Method for Converting A Computerized Briefing File to A PC-less Briefing File and Briefing System for Presenting the PC-less Briefing File 有权
    将计算机简报文件转换为无PC简报文件的方法和用于呈现无PC简报文件的简报系统

    公开(公告)号：US20090265614A1

    公开(公告)日：2009-10-22

    申请号：US12180599

    申请日：2008-07-28

    申请人： Kuo-Lung CHANG ,  Yi-Ju Chen ,  Hsing-Yung Wang ,  Li-Chin Lin

    发明人： Kuo-Lung CHANG ,  Yi-Ju Chen ,  Hsing-Yung Wang ,  Li-Chin Lin

    IPC分类号： G06F17/00

    CPC分类号： G06F17/217

    摘要： A method for converting a computerized briefing file to a PC-less briefing file is disclosed and comprises the steps of: presenting the computerized briefing file via a briefing software, wherein the computerized briefing file has a plurality of pages of briefing data; capturing the plurality of frames of the presented page of briefing data while presenting each page of briefing data, wherein if a difference block is existed between the last frame and the next frame, the difference block being stored in the PC-less file, otherwise, presenting the next frame; judging whether the pagination of the presented frame is changed or not, if not, continuously capturing, comparing and storing the present page of briefing data, otherwise, capturing, comparing and storing the next page of briefing data; and such steps are not stopped until the last page of briefing data has being done.

    摘要翻译： 公开了一种将计算机简报文件转换为无PC简报文件的方法，包括以下步骤：通过简报软件呈现计算机化简报文件，其中计算机简报文件具有多页简报数据; 在呈现简报数据的每个页面的同时捕获所呈现的简报数据页面的多个帧，其中如果在最后一帧和下一帧之间存在差分块，则差分块被存储在无PC文件中，否则， 呈现下一帧; 判断所呈现的帧的分页是否改变，否则，连续地捕获，比较和存储简报数据的当前页面，否则，捕获，比较和存储简报数据的下一页; 并且直到简报数据的最后一页已经完成，这些步骤才停止。