公开(公告)号：US20130230857A1

公开(公告)日：2013-09-05

申请号：US13883422

申请日：2011-11-03

申请人： Andreas Gnirke ,  Peter Rogov ,  Daniel Neafsey ,  Chad Nusbaum ,  Alexandre Melnikov

发明人： Andreas Gnirke ,  Peter Rogov ,  Daniel Neafsey ,  Chad Nusbaum ,  Alexandre Melnikov

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6888 ,  C07H21/04 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6893 ,  C12Q2600/156 ,  Y02A50/58

摘要： The present invention provides methods for sequencing and genotyping of DNA useful for analysis of samples in which the target DNA represents a small portion (e.g., 10-1000-fold less) that a contaminating DNA source. Accordingly, the methods described herein are useful for sequencing or genotyping pathogen DNA, such as malaria DNA, in clinical samples taken from infected subjects.

摘要翻译： 本发明提供了可用于分析其中​​靶DNA代表污染性DNA来源的小部分（例如，少于10-1000倍）的样品的DNA的测序和基因分型方法。 因此，本文所述的方法可用于从感染的受试者获取的临床样品中对病原体DNA（例如疟疾DNA）进行测序或基因分型。

公开(公告)号：US09868982B2

公开(公告)日：2018-01-16

申请号：US12069174

申请日：2008-02-07

申请人： Niall Gormley ,  Andreas Gnirke ,  David Jaffe ,  Harris Nusbaum

发明人： Niall Gormley ,  Andreas Gnirke ,  David Jaffe ,  Harris Nusbaum

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6855 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2523/125 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2521/331

摘要： The invention relates to a method of preparing and using a library of template polynucleotides suitable for use as templates in solid-phase nucleic acid amplification and sequencing reactions to determine the methylation status of the cytosine bases in the library. In particular, the invention relates to a method of preparing and analyzing a library of template polynucleotides suitable for methylation analysis.

公开(公告)号：US09434985B2

公开(公告)日：2016-09-06

申请号：US13121158

申请日：2009-09-22

申请人： Job Dekker ,  Erez Lieberman ,  Nynke Van Berkum ,  Andreas Gnirke ,  Eric Lander ,  Chad Nusbaum ,  Louise Williams ,  Alexandre Melnikov ,  Georgia Giannoukos

发明人： Job Dekker ,  Erez Lieberman ,  Nynke Van Berkum ,  Andreas Gnirke ,  Eric Lander ,  Chad Nusbaum ,  Louise Williams ,  Alexandre Melnikov ,  Georgia Giannoukos

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/68

摘要： The disclosed Hi-C protocol can identify genomic loci that are spatially co-located in vivo. These spatial co-locations may include, but are not limited to, intrachromosomal interactions and/or interchromosomal interactions. Hi-C techniques may be applied to many different scales of interest. For example, on a large scale, Hi-C techniques can be used to identify long-range interactions between distant genomic loci.

摘要翻译： 所公开的Hi-C协议可以鉴定空间上位于体内的基因座。 这些空间共位点可以包括但不限于染色体间相互作用和/或染色体间相互作用。 Hi-C技术可以应用于许多不同的感兴趣的尺度。 例如，大规模地，Hi-C技术可用于鉴定远距离基因组基因座之间的长距离相互作用。

公开(公告)号：US20140200163A1

公开(公告)日：2014-07-17

申请号：US14115608

申请日：2012-05-04

申请人： Tarjei Mikkelsen ,  Andreas Gnirke ,  Alexandre Melnikov ,  Eric S. Lander ,  Li Wang ,  Xiaolan Zhang

发明人： Tarjei Mikkelsen ,  Andreas Gnirke ,  Alexandre Melnikov ,  Eric S. Lander ,  Li Wang ,  Xiaolan Zhang

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6897 ,  C12N15/1086 ,  C12N15/63

摘要： The invention provides methods for determining the activity of a plurality of nucleic acid regulatory elements. These methods may facilitate, e.g., the systematic reverse engineering, and optimization of mammalian cis-regulatory elements at high resolution and at a large scale. The method may include integration of multiplexed DNA synthesis and sequencing technologies to generate and quantify the transcriptional regulatory activity of e.g., thousands of arbitrary DNA sequences in parallel in cell-based as says (e.g., mammalian cell based assays).

摘要翻译： 本发明提供了确定多种核酸调节元件的活性的方法。 这些方法可以促进例如系统逆向工程，并且以高分辨率和大规模优化哺乳动物顺式调节元件。 该方法可以包括多重的DNA合成和测序技术的整合，以产生并定量例如成千上万个任意DNA序列在基于细胞的平行中的转录调节活性，如所述（例如，基于哺乳动物细胞的测定）。