公开(公告)号：US08457902B2

公开(公告)日：2013-06-04

申请号：US13100836

申请日：2011-05-04

申请人： Aimee L. Jackson ,  Steven R. Bartz ,  Julja Burchard ,  Peter S. Linsley ,  Ge Wei ,  Guy L. Cavet

发明人： Aimee L. Jackson ,  Steven R. Bartz ,  Julja Burchard ,  Peter S. Linsley ,  Ge Wei ,  Guy L. Cavet

IPC分类号： G06F7/00

CPC分类号： C12N15/111 ,  C12N2310/14 ,  C12N2320/11 ,  C12N2330/31 ,  G06F19/18 ,  G06F19/22

摘要： The present invention provides a method for identifying siRNA target motifs in a transcript using a position-specific score matrix approach. The invention also provides a method for identifying off-target genes of an siRNA using a position-specific score matrix approach. The invention further provides a method for designing siRNAs with higher silencing efficacy and specificity. The invention also provides a library of siRNAs comprising siRNAs with high silencing efficacy and specificity.

摘要翻译： 本发明提供使用位置特异性评分矩阵法来鉴定转录物中的siRNA靶基序的方法。 本发明还提供了一种使用位置特异性评分矩阵方法鉴定siRNA的靶外基因的方法。 本发明还提供了设计具有较高沉默功效和特异性的siRNA的方法。 本发明还提供了包含具有高沉默功效和特异性的siRNA的siRNA文库。

公开(公告)号：US20080234941A1

公开(公告)日：2008-09-25

申请号：US10577696

申请日：2004-10-27

申请人： Aimee L. Jackson ,  Steven R. Bartz ,  Julja Burchard ,  Peter S. Linsley ,  Ge Wei ,  Guy L. Cavet

发明人： Aimee L. Jackson ,  Steven R. Bartz ,  Julja Burchard ,  Peter S. Linsley ,  Ge Wei ,  Guy L. Cavet

IPC分类号： G01N33/48

CPC分类号： C12N15/111 ,  C12N2310/14 ,  C12N2320/11 ,  C12N2330/31 ,  G06F19/18 ,  G06F19/22

摘要： The present invention provides a method for identifying siRNA target motifs in a transcript using a position-specific score matrix approach. The invention also provides a method for identifying off-target genes of an siRNA using a position-specific score matrix approach. The invention further provides a method for designing siRNAs with higher silencing efficacy and specificity. The invention also provides a library of siRNAs comprising siRNAs with high silencing efficacy and specificity.

摘要翻译： 本发明提供使用位置特异性评分矩阵法来鉴定转录物中的siRNA靶基序的方法。 本发明还提供了一种使用位置特异性评分矩阵方法鉴定siRNA的靶外基因的方法。 本发明还提供了设计具有较高沉默功效和特异性的siRNA的方法。 本发明还提供了包含具有高沉默功效和特异性的siRNA的siRNA文库。

公开(公告)号：US20110250591A1

公开(公告)日：2011-10-13

申请号：US13100836

申请日：2011-05-04

申请人： Aimee L. Jackson ,  Steven R. Bartz ,  Julja Burchard ,  Peter S. Linsley ,  Wei Ge ,  Guy L. Cavet

发明人： Aimee L. Jackson ,  Steven R. Bartz ,  Julja Burchard ,  Peter S. Linsley ,  Wei Ge ,  Guy L. Cavet

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12N15/111 ,  C12N2310/14 ,  C12N2320/11 ,  C12N2330/31 ,  G06F19/18 ,  G06F19/22

摘要： The present invention provides a method for identifying siRNA target motifs in a transcript using a position-specific score matrix approach. The invention also provides a method for identifying off-target genes of an siRNA using a position-specific score matrix approach. The invention further provides a method for designing siRNAs with higher silencing efficacy and specificity. The invention also provides a library of siRNAs comprising siRNAs with high silencing efficacy and specificity.

摘要翻译： 本发明提供使用位置特异性评分矩阵法来鉴定转录物中的siRNA靶基序的方法。 本发明还提供了一种使用位置特异性评分矩阵方法鉴定siRNA的靶外基因的方法。 本发明还提供了设计具有较高沉默功效和特异性的siRNA的方法。 本发明还提供了包含具有高沉默功效和特异性的siRNA的siRNA文库。

公开(公告)号：US07962316B2

公开(公告)日：2011-06-14

申请号：US10577696

申请日：2004-10-27

申请人： Aimee L. Jackson ,  Steven R. Bartz ,  Julja Burchard ,  Peter S. Linsley ,  Wei Ge ,  Guy L. Cavet

发明人： Aimee L. Jackson ,  Steven R. Bartz ,  Julja Burchard ,  Peter S. Linsley ,  Wei Ge ,  Guy L. Cavet

IPC分类号： G06F17/10 ,  G06F7/60

CPC分类号： C12N15/111 ,  C12N2310/14 ,  C12N2320/11 ,  C12N2330/31 ,  G06F19/18 ,  G06F19/22

摘要： The present invention provides a method for identifying siRNA target motifs in a transcript using a position-specific score matrix approach. The invention also provides a method for identifying off-target genes of an siRNA using a position-specific score matrix approach. The invention further provides a method for designing siRNAs with higher silencing efficacy and specificity. The invention also provides a library of siRNAs comprising siRNAs with high silencing efficacy and specificity.

摘要翻译： 本发明提供使用位置特异性评分矩阵法来鉴定转录物中的siRNA靶基序的方法。 本发明还提供了一种使用位置特异性评分矩阵方法鉴定siRNA的靶外基因的方法。 本发明还提供了设计具有较高沉默功效和特异性的siRNA的方法。 本发明还提供了包含具有高沉默功效和特异性的siRNA的siRNA文库。

公开(公告)号：US08609830B2

公开(公告)日：2013-12-17

申请号：US10557219

申请日：2004-05-17

申请人： Aimee L. Jackson ,  Steven R. Bartz ,  Julja Burchard ,  Janell M. Schelter ,  Peter S. Linsley

发明人： Aimee L. Jackson ,  Steven R. Bartz ,  Julja Burchard ,  Janell M. Schelter ,  Peter S. Linsley

IPC分类号： C07H21/00

CPC分类号： C12N15/1137 ,  C12N15/1138 ,  C12N2310/14 ,  C12N2320/10 ,  C12N2320/12

摘要： The invention provides methods and compositions for gene silencing by RNA interference. In particular, the invention provides methods for gene silencing or RNA knockdown using small interfering RNAs (siRNAs) having partial sequence homology to its target gene. The invention also provides methods for identifying common and/or differential responses to a plurality of different siRNAs targeting a gene. The invention also provides methods for evaluating the relative activity of the two strands of an siRNA. The invention further provides methods of designing siRNAs for gene silencing. The invention further provides methods of using siRNAs as therapeutics for treatment of diseases.

摘要翻译： 本发明提供了通过RNA干扰进行基因沉默的方法和组合物。 特别地，本发明提供了使用与其靶基因具有部分序列同源性的小干扰RNA（siRNA）进行基因沉默或RNA敲低的方法。 本发明还提供了鉴定针对基因的多种不同siRNA的常见和/或差异应答的方法。 本发明还提供了评估siRNA两条链的相对活性的方法。 本发明还提供了设计用于基因沉默的siRNA的方法。 本发明还提供了使用siRNA作为治疗疾病的治疗剂的方法。

公开(公告)号：US20100227909A1

公开(公告)日：2010-09-09

申请号：US12598590

申请日：2008-05-05

申请人： Michele A. Cleary ,  Aimee L. Jackson ,  Peter S. Linsley ,  Julja Burchard ,  Lee P. Lim ,  Jill F. Magnus

发明人： Michele A. Cleary ,  Aimee L. Jackson ,  Peter S. Linsley ,  Julja Burchard ,  Lee P. Lim ,  Jill F. Magnus

IPC分类号： A61K31/713 ,  C07H21/02 ,  A61P35/00

CPC分类号： C12N15/113 ,  C12N15/111 ,  C12N2310/14 ,  C12N2310/141 ,  C12N2320/53 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/136 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/178

摘要： In one aspect, the invention generally relates to compositions comprising miR-34 and siRNAs functionally and structurally related to miR-34 for the treatment of cancer.

摘要翻译： 一方面，本发明一般涉及包含miR-34和在功能上和结构上与用于治疗癌症的miR-34相关的siRNA的组合物。

公开(公告)号：US08399248B2

公开(公告)日：2013-03-19

申请号：US12598563

申请日：2008-05-05

申请人： Michele A. Cleary ,  Aimee L. Jackson ,  Peter S. Linsley ,  Julja Burchard ,  Lee P. Lim ,  Jill F. Magnus ,  Lin He ,  Xingyue He ,  Scott W. Lowe ,  Gregory J. Hannon

发明人： Michele A. Cleary ,  Aimee L. Jackson ,  Peter S. Linsley ,  Julja Burchard ,  Lee P. Lim ,  Jill F. Magnus ,  Lin He ,  Xingyue He ,  Scott W. Lowe ,  Gregory J. Hannon

IPC分类号： C12N15/85 ,  C07H21/04 ,  C07H21/02

CPC分类号： C12N15/113 ,  C12N15/111 ,  C12N2310/14 ,  C12N2310/141 ,  C12N2320/53 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/136 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/178

摘要： In one aspect, the invention generally relates to use of miR-34 as a biomarker to estimate TP53 function in a cell. In another aspect, the invention generally relates to multiple uses of miR-34 and siRNAs functionally and structurally related to miR-34 for the treatment of cancer.

摘要翻译： 一方面，本发明一般涉及miR-34作为生物标志物估计细胞中TP53功能的用途。 在另一方面，本发明一般涉及miR-34和siRNA在功能上和结构上与miR-34相关的多种用途，用于治疗癌症。

公开(公告)号：US20110105583A1

公开(公告)日：2011-05-05

申请号：US12598563

申请日：2008-05-05

申请人： Michele A. Cleary ,  Aimee L. Jackson ,  Peter S. Linsley ,  Julja Burchard ,  Lee P. Lim ,  Jill F. Magnus ,  Lin He ,  Xingyue He ,  Scott W. Lowe ,  Gregory J. Hannon

发明人： Michele A. Cleary ,  Aimee L. Jackson ,  Peter S. Linsley ,  Julja Burchard ,  Lee P. Lim ,  Jill F. Magnus ,  Lin He ,  Xingyue He ,  Scott W. Lowe ,  Gregory J. Hannon

IPC分类号： A61K31/7052 ,  C12Q1/68 ,  C40B30/04 ,  C12N5/00 ,  A61P35/00

CPC分类号： C12N15/113 ,  C12N15/111 ,  C12N2310/14 ,  C12N2310/141 ,  C12N2320/53 ,  C12Q1/6886 ,  C12Q2600/136 ,  C12Q2600/158 ,  C12Q2600/178

摘要： In one aspect, the invention generally relates to use of miR-34 as a biomarker to estimate TP53 function in a cell. In another aspect, the invention generally relates to multiple uses of miR-34 and siRNAs functionally and structurally related to miR-34 for the treatment of cancer.

摘要翻译： 一方面，本发明一般涉及miR-34作为生物标志物估计细胞中TP53功能的用途。 在另一方面，本发明一般涉及miR-34和siRNA在功能上和结构上与miR-34相关的多种用途，用于治疗癌症。

公开(公告)号：US20090136957A1

公开(公告)日：2009-05-28

申请号：US12283903

申请日：2008-09-15

申请人： Irena Ivanovska ,  Michael O. Carleton ,  Aimee L. Jackson ,  Michele A. Cleary ,  Peter S. Linsley

发明人： Irena Ivanovska ,  Michael O. Carleton ,  Aimee L. Jackson ,  Michele A. Cleary ,  Peter S. Linsley

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12N5/06

CPC分类号： C12N15/113 ,  C12N2310/113 ,  C12N2310/321 ,  C12N2310/3231 ,  C12N2310/3521

摘要： In one aspect, a method is provided of inhibiting proliferation of a mammalian cell comprising introducing into said cell an effective amount of at least one microRNA-specific inhibitor of at least one miR-106b family member. In another aspect a method is provided for accelerating proliferation of a mammalian cell comprising introducing into said cell an effective amount of at least one miR-106b family member.

摘要翻译： 在一个方面，提供了抑制哺乳动物细胞增殖的方法，包括向所述细胞中引入有效量的至少一种miR-106b家族成员的至少一种微小RNA特异性抑制剂。 在另一方面，提供了一种用于促进哺乳动物细胞增殖的方法，包括将有效量的至少一种miR-106b家族成员引入所述细胞。